BAMM 性状进化速率 入门学习的第二部分
BAMM官网的quick-start部分除了介绍了物种多样化速率的简要分析过程外,还有性状进化速率分析的简要过程。

分析之前需要保证以下文件在同一目录下:
BAMM运行程序以及其.dll文件
时间树,以百万年为单位的严格二分树
性状描述文件,文本文件,每一行为tip(物种名)+Tab(隔位)+trait(性状数值)
control文件
这里的control文件跟多样化速率分析的不太一样,建议将示例文件的traitcontrol.txt复制过来修改使用。
大致步骤与多样化分析的一致,这里用软件给的鲸的数据示例来试一下
先用R里的BAMMtools获取先验参数
获取了先验参数模块如下
需要注意的是替换的是对应的命令行,在control文件里这一部分有还有其他参数设置,不要覆盖消除了
打开命令提示符
再回到R实行可视化

还可以从bamdata对象计算95%(或任何其他%)可信的宏进化速率移配置集。


下面码一点目前为止看完这一部分后的个人疑问:
可以发现,给的示例的性状都是连续的数量性状,那么BAMM能分析质量性状吗,目前还没有看到解说和实例。相对于更加稳定的质量性状,数量性状的变异幅度大,统计上取样上存在难度,工作量更大而数据的代表性却偏低,各方面而言都是质量性状在进化分析中更占优势。像这种体长体重的数据可能存在波动范围,拿我们自己来举例,我们这一代营养比较好,在身高上普遍超过上一代,这样的短时间内较大波动在以百万年尺度的种间研究时应该是无法识别的,当然这是所有这类分析和软件的共有情况,推测分析并不能代表实际情况。
说这么多实际上想讲的是,仅做这样的性状进化速率分析可能比较孱弱,从credibleShiftSet函数置信区间缩小到30%筛选后依旧有3个完全不一样的结果也可以看出来这一点:每个分析结果仅仅是一个个根据观测数据推出来的猜想。那么就要想一下,要分析的性状是否具有代表性,跟物种的遗传进化是否是紧密关联的。
文献看得少,目前还没有看到哪项研究有利用这个性状进化速率分析的,所以对如何利用这一功能的实际作用和如何深入分析探讨还没有很好的概念。可能要结合祖先状态重建以及系统发信号分析,甚至要结合古气候模型,才能强有力的去解释性状的演化过程。