巴拿马国防力量历史与现状介绍（上）
如题，这期来看巴拿马
早期历史
根据目前的考古发现，目前人们普遍相信来自亚洲的原住民祖先曾经经过巴拿马地峡前往南美洲。居住在巴拿马地峡区的印第安人人数估计有很大差异。 根据一些说法，其人口比当代巴拿马的人口要多得多。 一些巴拿马历史学家认为，可能有来自大约60个部落的500,000名印第安人居住在这里，但其他研究人员得出的结论是，仅库纳就有大约750,000人存在。
在欧洲人到达巴拿马前，这一带住著的是一些美洲原住民土著，主要为棋壁参人、卓科恩人和库埃瓦人。而其中人口最多的为库埃瓦人。和临近的哥斯达黎加一样，巴拿马的原住民并没有发展出文明，而是过着简单的农耕生活，在这三个印第安部落里，人们在公有的土地上种植玉米、棉花、可可、各种块根作物以及其他蔬菜和水果，并同时进行狩猎和捕鱼活动。 他们住在圆形的茅草屋里——许多人现在仍然如此，睡在屋子里悬挂的吊床上。 村庄里的陶工、石匠、金匠和银匠等工匠还会生产一些装饰品，然后由商人们乘坐独木舟沿着河流和沿海水域在村庄之间互相买卖。 他们佩戴的装饰品，包括胸甲和打金耳环，在后来给所谓黄金之城埃尔多拉多的传说添加了几分真实性。
1501年，来自塞维利亚的西班牙商人罗德里戈·德·巴斯蒂达斯为了寻找黄金，从委内瑞拉一路向西航行，在这期间探索了巴拿马沿海地区，然后前往西印度群岛，成为第一个达到巴拿马地区的欧洲人，一年后，克里斯托弗·哥伦布也在他第四次前往新大陆的航行中实地考察了巴拿马地峡上的几个地点。在1510年，已经有约800名西班牙人居住在巴拿马地峡附近，但丛林中的许多危险，特别是疟疾和黄热病让西班牙定居者伤亡惨重，最终只有60人存活。同样在当年，一位名叫瓦斯科·努涅斯·德·巴尔博亚的西班牙船员为了躲避债主的追杀，而从海地逃亡到了巴拿马，之后他逐渐在当地建立起了威信，并最终被当地的西班牙人选举为领导，之后他们在巴拿马建立了第一个永久定居点：安提瓜。
事实证明，巴尔博亚是一位优秀的管理者。 他坚持要求定居者种植庄稼，而不是仅仅依靠补给船，安提瓜因此成为一个繁荣的城镇。 像其他征服者一样，巴尔博亚指挥了对印第安人定居点的一连串袭击，但与大多数人不同的是，他开始与被征服的部落交朋友，并且他娶了一位酋长的女儿为终生情妇。 1513年9月1日，巴尔博亚带着190名西班牙人（其中包括后来征服秘鲁印加帝国的弗朗西斯科.皮萨罗）、一群狗和1000名印度奴隶出发。 在丛林中行军了二十五天之后抵达太平洋海岸。
1514年1月，巴尔博亚带着全部190名士兵以及棉布、珍珠和40,000比索黄金返回安提瓜。 与此同时，巴尔博亚的敌人在西班牙法庭上谴责了他，国王斐迪南II世随后任命了一位新的殖民地总督：佩德罗.阿里亚斯德.阿维拉，新总督立刻下令以叛国罪逮捕巴尔博亚。 1517 年，巴尔博亚被捕，之后被带到佩德拉里亚斯的法庭受审，并最终被处决。
1519年，阿里亚斯德将巴拿马殖民地的迁至太平洋沿岸的一个渔村（距今首都以东约4公里），并将其改称为巴拿马（Panamá），这个词汇来源于当地印第安人的称呼，是“渔乡、鱼群”的意思，而这座新首都就是现在的巴拿马城。在经济上，新的巴拿马殖民地最重要的用途则是作为美洲黄金运往西班牙中转站， 一条被称皇家之路的小径将巴拿马和西班牙的南美洲殖民地连接起来。沿着这条至今仍留有痕迹的小径，毛驴商队会将来自秘鲁的黄金运送到其境内的农布雷德迪奥斯港，在哪里货物会被装载到西班牙大帆船上，然后运回西班牙本土。由于地峡对运输黄金的重要性日益增加，西班牙王室在1520年代和1530年代下令进行调查，以确定在当地建造运河的可行性。 这个想法最终被菲利普二世国王（1556-98年）放弃，他得出的结论是，如果上帝想要那里有一条运河，那他早就应该在哪里建好了，所以西班牙人还是不要去违抗他老人家的旨意了（....）。
与此同时，阿里亚斯德在巴拿马执行残酷的统治方法，对印第安人进行疯狂的图沙和掠夺，成千上万的印第安人遭到奴役和杀害，还有许多印第安人死于他们没有免疫力的欧洲疾病。 在西班牙新总督的暴行之后，大多数印第安人不得不逃往偏远地区以躲避西班牙人的迫害。由于本地印第安人的人口锐减，西班牙最终决定在当地引进黑人奴隶来作为取代，而巴拿马则成为奴隶前往大陆其他地方的主要分配点。 在经过地峡期间，有大量奴隶趁机逃入了丛林，并在森林里仿照他们的非洲家乡建立了许多村庄，这些人后来被称为“栗色人”，以经常袭击其他的贩奴队伍或者沿路的旅行者而出名。根据1610年巴拿马城的官方人口普查，那一年该城的常驻人口为548名西班牙公民、303名妇女、156名儿童、146名混血儿、148名安的列斯群岛黑人和3,500名非洲奴隶。
1567年后，巴拿马的管理权被转给了新建立的秘鲁总督辖区，但它保留了自己的地方政府和法院等行事机构，从16世纪初开始，巴拿马的农布雷德迪奥斯港、墨西哥的维拉克鲁斯和哥伦比亚的卡塔赫纳是西属美洲仅有的三个经王室授权与本国进行贸易的港口，但巴拿马的主要用途是作为运输中转站，而它自己对船队货物的贡献相对较小。因为本地的黄金产量从来都不高，可供出口的农林产品也很少，而且也没有制造业基础。 因此，殖民地的经济随着贸易量而波动，当印加黄金最终耗尽时，秘鲁开采的大量白银替代了黄金贸易长达150年，后来又补充了糖、棉花、葡萄酒、靛蓝、金鸡纳、香草和可可等货物。
巴拿马本地所堆积的巨量财富很快吸引了其他欧洲国家的注意，而第一个对当地发动攻击的则是英格兰人，从1572年到1597年，弗朗西斯·德雷克指挥的英国舰队多次袭击了巴拿马，并且在其中一次攻击中劫掠了农布雷德迪奥斯港，在将货物抢劫一空后一把火烧掉了这座港口城市。 由于这次袭击造成的损失，1597年，跨地峡航线的大西洋终点站被移至波托韦洛，这是西班牙主要地区（西班牙美洲大陆）最好的天然港口之一。
尽管面临海盗的持续袭击，但在1550年至1600年间，巴拿马当地注册的合法进出口仍然增加了三倍。巴拿马的繁荣在17世纪上半叶达到顶峰。 这是波托贝洛著名的集市繁荣时代，尼加拉瓜以南整个西海岸的商业贸易都集中在这里。 而当这个繁荣时期结束时，波托贝洛恢复了其作为一个小海港和驻军城镇的安静存在。巴拿马城也因贸易利润而繁荣。 在1644年大火灾后的重建里，当时的账目表明巴拿马城拥有1,400座“各种类型”的住宅（可能包括奴隶小屋）； 大多数商业场所、宗教场所和大量住宅都是用石头重建的。 巴拿马城被认为是继墨西哥城和利马之后西印度群岛最美丽、最富丽堂皇的定居点。
与此同时，欧洲海盗仍然持续骚扰着巴拿马附近的航运，并且经常会袭击该地区的海岸线和沿海城镇。1671年1月29日，英国海盗亨利.摩根率军攻打了巴拿马城。 在城外的激战中，他带着1,400名士兵击败了2,600名驻军，然后将该城洗劫一空后将其烧毁。 4周后，摩根带着175 头骡子装载的战利品和600名俘虏离开了。 两年后，一座新城市在今天的首都所在地建立，并得到了严密的防御。
17世纪90年代晚期，苏格兰王国意图在巴拿马地峡和达连湾附近建立被称为“新喀里多尼亚”的殖民地，使得苏格兰成为一个国际贸易国家，称之为“达连计划”。威廉·帕特森组织了一家苏格兰公司，于1698年晚些时候带着大约1,200人在达连河的加勒比海岸登陆。 尽管受到印第安人的欢迎，但殖民者对热带地区的生活以及随之而来的疾病并没有做好充分的准备。 印第安人对他们的商品概念——欧洲服装、假发和英文圣经，也兴趣不大。 这些殖民者在六个月后放弃了计划，等到从苏格兰本土出发的另外1600人抵达巴拿马的“新爱丁堡”时候，他们只看见了成片的墓地，人影都见不到一个，西班牙人通过建立海上封锁来应对这些新来者。最终苏格兰人于1700年4月放弃了这个计划，残余的人则向西班牙军队投降，许多人在这个计划中丧命，主要是由于营养不良和疾病。
17世纪初，菲利普三世国王（1598-1621年）重新唤起了对运河工程的兴趣。 但是议会劝阻国王放弃这一计划，认为运河会招来其他欧洲国家的攻击——这是西班牙海上力量衰落的一个标志。到此时为止，从巴拿马到达西班牙的注册贵金属量从1600年的峰值开始急剧下降；秘鲁矿山的枯竭、走私的增加和海盗是导致衰落的原因。经济上的衰落导致巴拿马从1718年到 1722年暂时失去其独立的管辖权，秘鲁总督辖区的官员和商人们对巴拿马官员的唯利是图及其在镇压海盗方面的无能感到不满。 巴拿马的弱点进一步表现为它无法保护自己免受尼加拉瓜的米斯基托印第安人的入侵，他们从拉古纳德奇里基发动进攻。 而在图伊拉河山谷发生的另一场印第安人起义导致西班牙人人放弃了达里安的定居点。
18世纪中叶之前，巴拿马对拉丁美洲和西班牙之间的过境贸易的控制权不断缩减，这给巴拿马带来了最后一击。 作为1713年西班牙王位继承战争结束时《乌得勒支条约》的一项规定，英国获得了向西班牙殖民地供应非洲奴隶的权利（每年4,800 人，为期30年），并且每年派遣 1 艘船前往西班牙 波托韦洛。 奴隶贸易条款显然让两国都满意，但货物贸易却没有。 英国船只的走私活动仍在继续，以牙买加为基地的组织严密的违禁品贸易——在巴拿马商人的勾结下——几乎消灭了合法贸易。 到1739年，地峡对西班牙的重要性已经严重下降； 西班牙再次压制巴拿马的自治，使该地区成为新格拉纳达总督辖区的一部分（包括今哥伦比亚、委内瑞拉、厄瓜多尔和巴拿马）。
同年，英国与西班牙爆发战争。 一支英国军队占领了波托韦洛并将其摧毁。 巴拿马历史学家认为，这次袭击使西班牙将主要贸易贸易从跨地峡路线转移。此后，巴拿马失去了他在经济上的重要性，变成了一滩安静的死水，成为新格拉纳达总督辖区在地理上与世隔绝的附属物，即使在粮食方面也几乎无法自给自足，而且几乎没有任何可以用于出口的产品。在美洲独立运动的烈火燃烧之势，由于除了西班牙人普遍控制的海上交通之外，巴拿马缺乏其他交通手段，因此对西班牙殖民地早期试图从西班牙分离出来的努力保持冷漠态度。 然而，其他殖民地的革命者毫不犹豫地利用巴拿马的战略潜力作为革命的筹码。 早在1797年就为革命活动争取支持的委内瑞拉将军弗朗西斯科·德·米兰达就曾向英国提供运河特许权以换取援助。 后来成为美国总统的托马斯·杰斐逊在担任法国公使时也对在当地修建运河表现出兴趣，但美国的孤立主义政策以及在大陆扩张中吸收能源和资本的做法阻碍了这一计划的实施。
在美洲独立运动期间，来自卡塔赫纳的爱国者分别于1814年和1819年试图夺取波托贝洛，智利海军则成功占领了巴拿马湾的塔博加岛。当西蒙·玻利瓦尔于1819年8月7日在博亚卡取得胜利，新格拉纳达获得解放后，当地的西班牙总督逃离哥伦比亚前往巴拿马，在那里他实行严厉统治，直至1821年去世。他在巴拿马的继任者是一位自由立宪主义者，允许新闻自由和爱国协会的成立，在招募了一支部队后，他就启航出发去增援在厄瓜多尔的西班牙军队了，留下巴拿马本地人何塞·德·法布雷加上校担任代理州长。
巴拿马城立即启动了宣布独立的计划，但洛斯桑托斯市先发制人，于1821年11月10日宣布脱离西班牙统治。该法案促成了11月28日在巴拿马城举行的会议，这一天被庆祝为正式的独立日。
一条运河，一个国家
在独立之后，巴拿马国民很快就该国是否应该成为哥伦比亚的一部分或与秘鲁联合进行了大量讨论。 巴拿马主教是一位土生土长的秘鲁人，他意识到可以与他的国家发展商业联系，他主张后一种解决方案，但被否决了。第三种可能的行动方案，即墨西哥使者提议的与墨西哥结盟，也同样被否决了。巴拿马因此成为哥伦比亚的一部分，然后根据1821年的库库塔宪法进行管辖，其国土被划分为两个省，即巴拿马和贝拉瓜斯。 随着后来厄瓜多尔的加入，整个国家被改称为大哥伦比亚。巴拿马还另外派出700人的部队前往秘鲁与西蒙·玻利瓦尔会合，以支援秘鲁独立战争。
1824年对保皇党的敌对行动的终止未能给大哥伦比亚带来安宁。 玻利瓦尔为玻利维亚起草的宪法由他提出，将在大哥伦比亚通过。 该国主要在总统终身任职的提议上存在分歧。 总统不对立法机关负责，并有权选择他的副总统。 其他条款通常倾向于中央集权，一些人对此感到反感，而一些人则希望君主制，或者是建立联邦制国家。 巴拿马在宪法问题上逃脱了相关的武装冲突，但与其他地区一起请愿玻利瓦尔在召开会议之前行使独裁权力。 巴拿马随后宣布与大哥伦比亚结盟为“汉萨同盟国”，即在会议举行之前作为一个拥有特殊贸易特权的自治区，后来在1826年，大哥伦比亚的第一次国会也在巴拿马召开。
在随后大哥伦比亚解体的过程中，1830年至1840年间，三次将巴拿马从哥伦比亚分离出来的尝试均以失败告终。第一次是由反对总统政策的巴拿马代理州长进行的，但巴拿马领导人在玻利瓦尔的敦促下重新合并了巴拿马省。 第二次企图分离是一个不受欢迎的独裁者的计划，他很快被罢免并被处决。 第三次分裂是对哥伦比亚内战的回应，由民众集会宣布，但一年后两者再次重新融合。在这段混乱时期中，巴拿马先是成为了地峡省，而后来在联邦制期间，它又成为了巴拿马州。
到了19世纪，有关修建巴拿马运河的提议又开始兴盛起来，1843年8月24日的《纽约论坛报》报道伦敦霸菱银行和新格拉纳达共和国签订了建设跨越达里恩地峡（巴拿马地峡）的合同，双方将建成“大西洋和太平洋运河”；整项工程由英国执行，计划在五年内建成，但从未被执行。与此同时，人们还提出了其他的主意，包括穿越墨西哥特万特佩克地峡的运河（及铁路），但这一计划同样从未被执行。尽管如此，哥伦比亚仍然表示有兴趣与美国就修建运河问题进行谈判，1846年，美国和新格拉纳达共和国签署了《马利亚里诺-比德莱克条约》，在该条约中，美国保证在巴拿马问题上保持“中立”，以换取美国通过巴拿马地峡以及对当地进行军事干预的权利。
在1849年发现加利福尼亚金矿后，人们对在大西洋和太平洋间穿行产生了极大兴趣， 纽约市的一群金融家组建了巴拿马铁路公司，并获得了哥伦比亚的特许经营权，并在1850年获得了一份合同，允许该公司修建一条铁路，以便将将大西洋侧的科隆和太平洋侧近巴拿马城的巴尔波亚连接起来，这条铁路于1855年竣工后成为著名的巴拿马铁路。
在铁路的竣工以及淘金热导致的的交通潮下，巴拿马又呈现出繁荣的景象。 1848年至1869年间，约有375,000人从大西洋穿越地峡进入太平洋，另有225,000人从相反方向返回。 食品和服务的价格大幅上涨，让当地从餐饮和住宿中获得了巨额利润。铁路的出现还导致在该线的大西洋终点站上一个新的城市和港口的出现，以容纳铁路办公室、仓库、码头和商店，并为铁路工人和乘客提供住宿，很快发展成为该国的第二大城镇，即今天的科隆。但与此同时，淘金热和铁路也把美国的“狂野西部”带到了地峡。 这些四十岁的淘金者往往是一群不守规矩的人，他们通常在等待前往加利福尼亚的船时感到无聊，于是就在当地买醉，加上经常携带武器，许多人还表现出对其他种族和文化近乎蔑视的偏见，因此与巴拿马本地居民冲突不断。 1856年的西瓜暴动就造成至少16人死亡，是当时最严重的种族和文化冲突。
与此同时，英国和美国就运河利益的问题继续发生冲突，特别是在尼加拉瓜，英国和美国试图通过1850年的克莱顿-布尔沃条约来缓和紧张局势。两国政府明确同意，双方都不会在没有对方参与的情况下修建尼加拉瓜运河。 这一一般原则扩展到中美洲的任何运河或铁路，包括墨西哥和巴拿马的特万特佩克地峡。 实际上，由于当时两国政府都不愿意或无法开凿运河，该条约当时只是一种中立的工具。
哥伦比亚试图吸引海外投资者建造运河的举动最终引起了法国对巴拿马的关注。1877年，法国海军军官阿曼德·雷克吕斯和工程师吕西安·波拿巴-威斯勘查了巴拿马地峡并出版了法语的运河建设计划书。法国人在建设苏伊士运河上取得的成功也鼓舞了他们提出跨越巴拿马地峡的规划。1879年，建造苏伊士运河的负责人，74岁的法国人斐迪南·德·雷赛布组织了巴拿马洋际运河环球公司。1881年1月1日，巴拿马运河动工，雷赛布设计了8套开凿运河的方案，预算为6.58亿法郎。
然而，雷赛布过分低估了工程的难度，更忽略了气候、地形的差异对于开凿运河的影响。尽管巴拿马运河的长度最终仅为苏伊士运河的40%，建造前者工程上的挑战却比后者更大。巴拿马地区属于热带丛林气候，天气潮湿闷热，暴雨、洪水多发，不利工程进行；另外地形亦更复杂，开凿运河所挖出的土石体积高达2亿5千9百万立方米，远超苏伊士运河工程的总量。雷赛布原本计划按苏伊士运河的经验，建造与海平面等高的运河，但他仅在每年四个月的旱季内造访过巴拿马地区几次。整个工程团队对雨季没有做任何准备，就遇上运河起点处的查格雷斯河水位暴涨；同时，工地密林中遍布毒蛇、昆虫和蜘蛛。当地肆虐的黄热病、疟疾以及其他热带疾病共夺去了数千名工人的生命。单在1884年以前，每个月就有超过200名工人死亡。由于当时人们并未了解蚊子是传染病媒，公司采取的公共卫生措施成效甚微。尽管当地的恶劣情况在法国国内被轻描淡写，以免难以招募工人，但极高的工人死亡率，仍使公司极难维持具经验的劳动力。
开凿库雷布拉山的工程需要不断拓宽，同时需要减小坡度以防止滑坡。工程主要使用由贝城工业公司生产的蒸汽挖土机，而只有限地使用其他机电设备，但钢结构设备在潮湿的环境下迅速锈蚀。最终在经过8年的工作后，这个项目最终耗尽了资金，并于1889年2月4日宣告破产。据报此时项目已经花费了2.87亿美元，共80万名投资者的积蓄化为乌有，还因为疾病和工程意外损失了22,000名人员的性命。工程被迫于1889年5月15日中断，接著巴拿马丑闻曝光，政府起诉大批被指须为此事负责的人，当中包括古斯塔夫·埃菲尔。雷赛布和儿子查尔斯被控挪用公款罪名成立，获刑五年；但判决后来被推翻，时年88岁的雷赛布也没有入狱。
尽管这家法国公司遭遇了灾难性的失败，但据估计，最终运河所需的挖掘工作到那时已经完成了五分之二。 许多港务建筑和医院大楼已经完工。 留在现场的一些机械也可以在后来继续使用，铁路也得到了维护。 这家法国公司破产的另一个遗产是为了修建运动期间雇佣的大量工人，虽然项目失败导致的失业潮导致其中一半以上被遣返，但仍有数千人选择留下。
与此同时在19世纪后半叶，哥伦比亚自由党和保守党的支持者之间的激烈冲突使地峡地区陷入不断的动荡之中。 巴拿马省的地方自治政府在自由党执政时得到扩展，而在保守党获胜时被撤销，天主教会也在自由党统治下解散，然后又在保守党统治下重建，并且如此反复的折腾了数十次。根据一项估计，这一时期见证了巴拿马省的四十次行政管理更迭、五十次骚乱和叛乱、五次分裂企图以及美国根据比德拉克-马拉里诺条约的规定进行的十三次干预。
党派冲突和外国干预加剧了当地的种族对立和经济问题，加剧了当地对哥伦比亚中央政府的不满。从1863年到1886年，地峡地区足足更换了26次地方长官，政变、叛乱和暴力冲突几乎是持续不断的，由中央政府的军队、当地公民反对中央颁布的法令以及失去权力的派系发动，最终则招来了美国的军事干预。在1885年的巴拿马危机之中，一场以激进的自由党将军为首、以巴拿马城为中心的叛乱很快发展成了一场三方斗争。 科隆市在各方的混战中几乎被摧毁，美国政府则援引《马利亚里诺-比德莱克条约》，下令美军在科隆登陆。 美国、法国和英国的公司和公民则很快提交了数百万美元的索赔，但哥伦比亚成功地辩称其不承担责任。
不久之后，美国海军陆战队占领了科隆和巴拿马城，并负责守卫巴拿马铁路以确保运输不间断，直到哥伦比亚军队随后赶来接管这一地区为止。 1886年的新宪法将哥伦比亚共和国确立为一个单一制国家，各部门明显从属于中央政府。 巴拿马被单独列为受政府直接管辖。法国在巴拿马修建运河的举动，以及巴拿马内部的持续混乱则让美国看到了可乘之机，美国总领事报告说，四分之三的巴拿马人希望从哥伦比亚独立，如果他们能够获得武器并确保不受美国干预，那么他们就会反抗，在此之后，美国加紧了支持巴拿马独立的举动。
不久之后，巴拿马又被在尼加拉瓜避难的激进自由主义者卷入了哥伦比亚的千日战争（1899-1902年）之中。 与哥伦比亚其他地区一样，巴拿马的舆论也存在分歧，1900年年中，当尼加拉瓜的自由党入侵太平洋沿岸地区并险些成功占领巴拿马城时，西南部的叛乱几乎没有受到镇压。战争的命运各不相同，尽管当地的停战协议使哥伦比亚政府的支持者在巴拿马-科隆地区获得了暂时的安全，但叛军仍控制了整个地峡。 与此同时，到1902年初，叛军在哥伦比亚本土的大部分地区被击败。 那时，哥伦比亚政府要求美国在巴拿马进行调解并促成停战，1902年，双方在停泊于巴拿马湾的美国海军威斯康星号战列舰上达成了这一协议，后称为《威斯康星协议》。在千日战争期间，驻扎在巴拿马当地的哥伦比亚营在卡洛斯·阿尔班将军的指挥下与保守势力并肩作战，1902年晚些时候，在巴拿马湾的一场海军对抗中，卡洛斯·阿尔班将军在战斗中阵亡，炮兵上校埃斯特万·赫尔塔斯随后接任了哥伦比亚营司令的位置，千日战争结束后，埃斯特万·赫尔塔斯继续担任哥伦比亚营司令，该营作为常设驻军驻扎在巴拿马。
1894年，另一家法国公司“新巴拿马运河公司”成立，旨在接手巴拿马运河的建设工作。公司雇佣了至少数千工人，主要用作运营巴拿马铁路，并维护既有的挖掘成果和设备以便随时出售；另外，公司标价1.09亿美元，四处寻找下家接手项目，同时继续保有开发特权。而到了1901年，美国国会参议院和新上任的总统西奥多·罗斯福认为巴拿马运河对美国的军事和经济意义重大，尽管同时一部分人更支持在尼加拉瓜建造运河，还有一部分人建议购买法国在巴拿马的利益，但美国还是决定接手这个项目。新巴拿马运河公司的法国经理费利佩-让·比诺·瓦里拉正在寻求美国的介入，他为工程开价1亿美元，但由于面临着尼加拉瓜运河项目的竞争，他最终接受了四千万美元的价格。1902年6月，美国国会参议院投票通过了购买巴拿马运河项目的提案。
不久之后，哥伦比亚自由党领袖维克妥瑞·洛伦佐拒绝接受《威斯康星协议》条款，并于1903年5月15日被处决，此后巴拿马再度陷入天下大乱的情况。1903年7月25日，巴拿马报纸《铅笔》的总部遭到巴拿马地区军事指挥官，时任哥伦比亚战争部长的弟弟何塞·巴斯克斯·科博将军属下部队的袭击，以报复他们就洛伦佐的事件发表详尽叙述的行为。此事让巴拿马自由主义者对波哥大保守党政府彻底失去信任，此后他们便开始计划脱离哥伦比亚独立。
1903年1月22日，美国国务卿海约翰和当时统治巴拿马地区的哥伦比亚代办托马斯·艾兰签署了《海-艾兰条约》，美国以一千万美元外加额外的分期付款的价格，获得了可永续更新的巴拿马运河沿线地区租借权。1903年3月14日，美国参议院批准了条约，但哥伦比亚参议院不批准此条约。于是比诺·瓦里拉告诉西奥多·罗斯福和海约翰，一批巴拿马人正在谋划从哥伦比亚独立，希望美国能以军事力量和资金支持这批反叛者。于是罗斯福改变了策略，基于1846年的《马利亚里诺-比德莱克条约》，派人接触争取脱离哥伦比亚独立的巴拿马独立派武装，答应帮助他们取得独立。
在得到美国的支持后，巴拿马政客何塞·多明各·德·欧巴拉迪亚获选续任巴拿马州长。另一名叫何塞·阿古斯丁·阿兰戈的巴拿马政客则开始计划革命和独立。由于哥伦比亚政府态度消极，分离主义者想直接与美国谈判建造巴拿马运河。
分离主义网络由阿兰戈、曼努埃尔·阿马多尔·格雷罗博士、尼卡诺·德·奥巴里奥将军、里卡多·阿里亚斯、费德里科·博伊特、卡洛斯·康斯坦丁诺·阿罗斯梅纳、托马斯·阿里亚斯、曼努埃尔·埃斯皮诺萨·巴蒂斯塔等人组成。阿马多尔·格雷罗负责去美国争取独立计划的支持。他还获得了一些重要巴拿马自由主义领袖的支持，埃斯特万·赫尔塔斯和他率领的哥伦比亚营自从千日战争结束后就一直驻扎在巴拿马地区，这会也表达了他们对独立运动的支持。
在强而有力的支持下，独立运动最终将1903年11月定为起事时间。然而，谣言已经在哥伦比亚四处流传，不过由哥伦比亚政府认为尼加拉瓜正计划入侵巴拿马北部一个名为卡洛韦博拉的地区。政府于是从巴兰基亚哪里调去了蒂拉多雷斯营，并指示指挥官顶替政府不信任的巴拿马州长何塞·多明各·德·欧巴拉迪亚和埃斯特万·赫尔塔斯将军。
蒂拉多雷斯营由胡安·托瓦尔将军和拉蒙·阿玛亚将军率领，于1903年11月3日早晨抵达巴拿马城市科隆。然而部队在前往巴拿马城的途中出了麻烦，因为巴拿马铁路当局同情分离主义运动，而造成了延误。抵达巴拿马城后，部队交由上校埃利塞奥·托雷斯指挥。哥伦比亚营的指挥官赫尔塔斯将军则迅速下令逮捕托瓦尔和跟随他的其他指挥官，并调来哥伦比亚营增援，迅速解除了蒂拉多雷斯营的武装，在附近海域的美国海军炮舰纳什维尔号则从海上封锁了科隆，以切断哥伦比亚后续援军抵达巴拿马的路线。
革命军政府随后迅速宣布地峡省从哥伦比亚分离，并成为巴拿马共和国，巴拿马市政委员会的主席德梅特里奥·H·布里成为“事实上的”巴拿马总统，并于1903年11月4日任命了一个临时军政府，直到1904年2月制宪国民大会选举选出曼努埃尔·阿马多尔·格雷罗成为宪法上的第一位总统。 由于海底电缆出了问题，巴拿马脱离哥伦比亚的消息直到1903年11月6日才传达波哥大。
1903年11月13日，美国正式承认巴拿马共和国独立（在11月6日和7日非正式承认巴拿马共和国之后）。1903年11月18日，美国国务卿海约翰与法国人菲利普·让·布诺·瓦里拉签署了《美巴条约》，该条约规定巴拿马以1000万美元的价格向美国出让运河主权，以及运河两侧各8公里，面积1673平方公里的土地以并转交给美国永久使用，并给予美国在运河周围建立防御设施的权利。没有任何巴拿马人签署该条约，只有布诺·瓦里拉是以巴拿马的外交代表身份出席（官职是他向叛军提供财政援助而购得的），即使他在独立前的十七年来并非在巴拿马生活，而之后也从未回到当地。该条约后来得到了巴拿马政府和美国参议院的批准。
哥伦比亚政府随后派遣了一个外交使团前往巴拿马，尝试让他们重新考虑。他们建议让哥伦比亚参议院批准工程，只要他们重新考虑《海－埃兰条约》而不是《美巴条约》，兼提议将巴拿马城定为哥伦比亚的首都，但这个提议最终被巴拿马拒绝，巴拿马的独立至此成为既成事实。
从独立早期到第二次世界大战
在独立后的巴拿马，其宪法大部分仿照美国宪法，要求总统和立法机构国民议会实行三权分立和直接选举，然而，议会可以选举了三人，在必要时候接替总统职位。 这一规定一直持续到1946年，当时新宪法规定副总统可以直接选举。 新共和国的市政府可以选举自己的官员，而省政府官员则由中央政府任命。 而宪法中最具争议的条款则是赋予美国在“必要时候”进行军事干预的权利，这使得巴拿马在事实上沦为美国的一个保护国。
巴拿马的自由党和保守党的两党制则继承自哥伦比亚，但党派政治在该国的意识形态意义其实并不大。 到20年代初，大多数独立一代的保守党领导人都已去世，没有留下政治继承人。 因此，自由党内部的分裂导致了一个新的个人主义政党体系在不断变化的联盟中产生，这些政党都没有群众基础。政治仍然是寡头们的专属领地，这些政治寡头由少数富有的白人家庭组成。
在宣布独立几天后，临时军政府于1903年11月5日在其政府麾下成立了战争和海军部成立，并任命尼卡诺·德·奥巴里奥将军为战争和海军部长，至于原来的哥伦比亚营则成为其新军队的基础，并被正式命名为巴拿马国民军。埃斯特万·赫尔塔斯将军则成为了国民军的总司令，由于来自哥伦比亚时代的自由党和保守党之争问题，他们都希望赢得赫尔塔斯将军的友谊和同情，于是便纷纷通过送礼、聚会、和言语赞美等手段来巴结这位将军，而赫尔塔斯自然是对此全部笑纳了。具有讽刺意味的是，来自保守党的政治家，即赫尔塔斯将军自己所属的政党，并不认为新的巴拿马需要一支军队，并认为他们应该将国家的安全全权委托给美国，因此在赫尔塔斯将军很快就和保守党发生了冲突。
1904年2月，巴拿马举行建国后第一次正式选举，曼努埃尔·阿马多尔·格雷罗最终获胜并成为巴拿马的第一位正式总统，他任命的战争和海军部长托马斯·阿里亚斯很快开始了裁减国民军的计划，截至当年4月1日，国民军的人被减少到仅有250人，其余人员则被遣散，以作为完全解散军队的第一步。 赫尔塔斯将军则对此极其不满，多次在公开场合批评政府的这一决定，甚至暗示他可能会发动政变。这导致美国驻巴拿马特使兼全权公使威廉.布坎南很快向巴拿马政府提出他的意见，即巴拿马国民军应该被完全解散，由农村卫队和城市警察取而代之，以避免未来政府因此出现问题和混乱。
1904年11月，在巴拿马独立一周年的庆祝活动结束后，赫尔塔斯将军向总统阿马多尔·格雷罗泄露了一封意味深长的信，陆军总司令在信中提出更多来自自由党的意见，还要求总统罢免教育部长尼古拉斯·维多利亚和外交部长托马斯·阿里亚斯，因为他们被赫尔塔斯认为是无能之辈。 格雷罗总统发现自己进退两难，虽然他仍然赞成废除国民军，但总统不知道如何处理这些问题。 由于赫尔塔斯将军的支持者与坚持寻求解散国民军并相信美国能够保证其安全的巴拿马政府之间的紧张气氛，政府的反对者很快收到一条消息，警告美国将以最大的不满看待任何推翻巴拿马政府的企图，并威胁如果真的发生政变，那么美国将立刻进行武装干预。
由于来自美国的压力，赫尔塔斯将军最终放弃了发起政变的计划，在格雷罗总统要求其辞职后，赫尔塔斯在11月18日递交了他的辞呈，在当时，巴拿马国民军的总人数已经根据4月份的计划裁撤到了250人，在给每个人发了一个月的薪水后，这支部队最终也在当年年底解散，战争和海军部也在12月被裁撤。取代国民军的则是巴拿马国家警察部队，该部队也继承了国民军的武器，后来在1912年，贝利萨里奥·波拉斯总统为警察部队购买了大口径步枪，但由于这被认为增加了巴拿马警察部队和驻巴拿马美军发生冲突的可能性，为此美国政府很快要求巴拿马政府交出所有大口径武器给美国军方以防止这些冲突继续发生，此后直到1947年为止，巴拿马都是一个没有军队的国家，对外安全事务完全交给了驻巴拿马美军负责。
与此同时，美国于1904年5月4日正式掌控运河工程资产，继承了法国人留下的残余劳动力和一堆近乎废弃的工地建筑、基础设施和工程设备。美国政府成立了地峡运河委员会，以控制巴拿马运河区和监督工程进展。这个委员会直接向战争部长威廉·霍华德·塔夫特报告，以免一直困扰法国公司的低效率和腐败问题重现。
1904年5月6日，西奥多·罗斯福总统任命伊利诺伊中央铁路前总工程师和总经理约翰·芬德利·华莱士为巴拿马运河项目总工程师。由于饱受巴拿马的传染病困扰，加上被迫使用法国人的残旧基建和设备，以及受到极度官僚的地峡运河委员会掣肘，华莱士于1905年6月突然辞职，由自学成才并曾建造大北方铁路的约翰·弗兰克·史蒂文斯接任。史蒂文斯不是地峡运河委员会的成员，并越发认为这个官僚机构阻碍工作，于是绕过委员会直接向华盛顿的总统行政团队报告。
史蒂文斯同时对原先的设计方案进行了重新规划，采用法国人曾经尝试过的、和海平面高度一致的设计方案，并提出附建船闸的方案，包括建造当时世界上最大的水坝（加通水坝）和面积最大、水位在海拔26米的人工湖（加通湖），并透过控制巨型闸门调节填满船闸的湖水，以升高和降低船只，加通湖将通过库雷布拉山开凿工程与太平洋相连，这个设计方案最终被华盛顿政府所采用。并迅速替换及更新了法国遗留的陈旧工程设备，包括从马里昂电铲公司购买了约102台新型轨道式蒸汽挖掘机，以及运来巨大的蒸汽起重机、液压碎石机、水泥搅拌机、挖泥船和气动钻头。铁路亦需要彻底升级为双轨载重系统，以承载新的货运车辆。由于新生的加通湖淹没了不少旧铁路沿线地区，因此需要在高于湖面水位的地方兴建新的线路。
1907年，史蒂文斯辞去总工程师一职，罗斯福总统任命美国陆军工程兵团少校乔治·华盛顿·戈索尔斯接替他。戈索尔斯有别于前任，是一名西点军校毕业军官和土木工程师，并具建设运河的经验。他将工程和挖掘工作划分为三段：大西洋段、中央段和太平洋段。大西洋段由陆军少校威廉·L·希尔伯特指挥，负责建造利蒙湾处的巨大防波堤、加通船闸、5.6千米长的进港航道和巨大的加通水坝；太平洋段由西尼·B·威廉姆森（工程高层中的唯一平民）指挥，负责建设巴拿马湾沿岸长4.8千米的防波堤，进港航道和船闸及其附属水坝和水库；中央段由陆军工程兵部队少校大卫·杜翰西·盖拉德指挥，负责最艰巨的工作之一：开凿库雷布拉山以连接加通湖和太平洋的巴拿马湾船闸。
1913年10月10日，新上任的威尔逊总统在白宫通过电报信号引爆了摧毁甘博亚大堤的炸药，大水漫过库雷布拉山开凿的河道，将大西洋和太平洋连接在了一起。此后，亚历山大峡谷号（一艘于1887年下水的浮式起重机）成为第一艘通过运河跨越两大洋的自驱动船只，它从大西洋一侧正在施工的河道进入运河，最终在1914年1月7日到达太平洋。克里斯托瓦尔号（一艘由马里兰钢铁厂建造的客货两用船，于1902年以特里蒙特号的名字下水）则于1914年8月3日成为第一艘完整通过运河的轮船，此后巴拿马运河正式通航。美国在建设工程上花费了大约5亿美元（折合现在约91.7亿美元），是当时美洲最大的工程项目。运河于1914年8月15日正式开通，之后首艘通过的船只则是安孔号货船。
与此同时，在《海-艾兰条约》签订的第一年，美国和巴拿马就主权问题已经出现分歧。 根据对条约的理解，美国对运河入境口岸的海上交通实施了特殊规定，并在该地区建立了自己的海关、关税和邮政服务。 这些措施遭到巴拿马政府的反对。越来越多的摩擦最终导致罗斯福于 1904年11月派遣战争部长威廉·霍华德·塔夫脱前往巴拿马。他的访问达成了一项妥协协议，根据该协议，美国保留了对安孔和克里斯托巴尔港口的控制权，但任何船只都可以使用它们的设施进入巴拿马城和科隆。 该协议还涉及相互降低关税以及人员和货物从运河区自由进入共和国的协议，并在其他领域达成了妥协，因此，双方的大部分不满即使没有完全解决，也至少得到了缓和。
在独立的第一年过去之后，干预问题也使双方的关系复杂化。 到1920年，美国已四次干预巴拿马的内政。 这些干预几乎不涉及军事冲突，而且除一个例外外，都是应巴拿马某个派系或其他派系的要求进行的。这是因为在当时巴拿马内部政治斗争中，对当前情况心怀不满的派系经常援引美巴条约里那些模糊不清的条款要求美国进行干预，以确保其利益不受损失。 另外，美国驻巴拿马外交人员还担任巴拿马官员的顾问，这一政策遭到民族主义者的不满。直到1921年，巴拿马政府才正式提出干涉问题。 当被要求对相关条约条款做出明确的书面解释时，国务卿查尔斯.埃文斯.休斯回避了这个问题，以所谓“固有的困难”将其糊弄了过去，并解释说美国的主要目标是采取行动保护运河区，以及该国两个主要城市的非巴拿马人的安全。
一战结束后，为了保护奇里基省的美国人，从运河区出发的占领军曾经在那里驻扎了两年，以应对巴拿马人的抗议和骚乱，尽管这一行动违反了之前条款里美军只能在两个主要城市行动的协议。 随后美国卷入1925年巴拿马城的房租骚乱也引起了广泛的不满。在当年10月的暴力抗议之后，应巴拿马政府的要求，600名美军士兵奉命驱散了正在举行示威的民众。
尽管风平浪静的渡过了一战时期，但战后巴拿马却面临分离主义的威胁，其领土内圣布拉斯群岛的库纳不愿接受巴拿马的权威，就像他们不愿接受哥伦比亚或西班牙的权威一样。 而且巴拿马政府直到1915年才建立了省级政府，因此能够对这些岛屿行使行政控制权，并在岛上派遣了几个由黑人组成的警察部队，这引起了岛民的不满，并最终引发了1925年的叛乱，但很快就被巴拿马警察部队给扑灭了。此外，在1921年的科托战争中，巴拿马国家警察部队以及民兵和邻国哥斯达黎加爆发了一场短暂的边境冲突，这场小规模的战争很快在美国干预下结束，哥斯达黎加拿下了争议区核心科托的领土，但博卡斯德尔托罗仍然归巴拿马所有。
在巴拿马运河完工后不久，根据1912年5月24日的《巴拿马运河法》，伍德罗·威尔逊总统于 1914年1月27日发布了1885号行政命令，将巴拿马运河区置于战争部长的管理下，至于当地的行政管理权平时由运河区总督负责，战时则任命一名陆军军官负责防卫事宜，该军官将“对巴拿马运河的运营和运河区政府拥有专属权力”，运河区的防御工作则由美国陆军和美国海军共同承担，总督府和司令部都设在运河区内的巴尔博亚。
自从运河完工后不久，美国同时也开始在运河区建设一系列的基地和防御工事，分别归美国海军和陆军所有。其中，美国海军将巴拿马运河区划为第15海军区，海军在当地最大的基地是于1918年完工的可可索罗潜艇基地，它位于巴拿马运河区的大西洋（西北）一侧，靠近巴拿马科隆，并拥有附属的海军医院、潜艇船坞和水上飞机基地等设施。从1914年开始，美国海军在这个基地派驻了5艘C级潜艇，成为第一批常驻巴拿马的美军舰艇，此后美国海军仍然继续在这里部署潜艇作为常驻舰艇。附近的海军航空站则于1931年迎来了第一批常驻部队——一批来自VP-5S反潜中队的PM2水上飞机。
此外，美国海军还在巴尔博亚建立了一个大型的海军造船厂，这个船厂有三个大型的干船坞，其中最大的一号干船坞具备修理战列舰的能力，1917年，巴尔博亚造船厂建造了第一艘船：小号号巡逻舰。除了可可索罗潜艇基地和在巴尔博亚的海军船坞外，美国海军还在1932年于运河区中的巴尔博亚建造了罗德曼海军基地，并于1937年完工，负责为通过巴拿马运河的军舰提供燃料、给养和其他支持，同时还有一些海军通信设施和油库等其他附属设施存在于当地。
驻巴拿马的美国陆军常设部队是1921年成立的巴拿马运河师，该师由第一次世界大战后未解散的第10步兵师的单位改组而成。它最初的组成包括下属第14和第65步兵团的第19步兵旅，其中第65步兵团驻扎在波多黎各，以及下属第33和第42步兵团的第20步兵旅，该师最终在1932年解散，下属陆军部队则直接划分给了运河区司令部。驻当地的美国陆军航空兵部队则是第19综合联队，它于1929年6月30日成立于运河区中的法兰西机场，下设第6和第9轰炸机大队、第16，第20和第37战斗机大队，拥有大约28架中型轰炸机、14架轻型轰炸机、24架战斗机，以及一些教练机和通用飞机。除了这些部队外，陆军在当地还有一个战斗工兵团，以及信号、补给和军械单位，外加其他服务和行政分队等。
驻巴拿马的海岸炮兵部队则同样归陆军管辖，其中，伦道夫堡和谢尔曼堡负责把守靠近大西洋一侧的入口，由第1海岸炮兵团负责把守，其中兰道夫堡拥有8门305毫米臼炮、2门356毫米岸炮和2门155毫米岸炮，另外还有4门75毫米炮、4门155毫米炮可以作为机动火力部署，并为406毫米M1920列车炮准备了两个炮位。谢尔曼堡则有8门305毫米臼炮、2门356毫米岸炮、2门155毫米岸炮，以及4门老旧的M1895式356毫米岸炮，另外还有4门155毫米炮和4门75毫米炮在一战爆发后被部署到附近的野战炮位作为补充。
驻太平洋一侧的防御则由第4海岸炮兵团和第2海岸炮兵营负责，其主要的防御核心集中在巴尔博亚附近的阿马多尔堡，不过由于其防御比起靠大西洋一侧要弱得多，仅有4门152毫米岸炮作为固定岸炮，其他的则大多是可移动的普通野炮。美国陆军还在运河区里拥有两个空军基地，包括科隆空军基地，以及在巴尔博亚附近的阿尔布鲁克基地，在二战前还又另外建设了霍华德空军基地。并在古力克堡、戴维斯堡和加尔戈斯等地拥有兵营、学校和医院等其他设施，在二战爆发前，驻运河区的美军总人数大约在12000人左右。
与此同时到20年代末，美国对巴拿马传统的干预政策发生了变化。 1928年，国务卿弗兰克·B·凯洛格表示，美国政府拒绝支持巴拿马政府的非法更迭。 同年，华盛顿拒绝干预当年导致弗洛伦西奥·H·阿罗塞梅纳上任的全国大选。当1931年国家警察发起推翻阿罗塞梅纳的政变发生时，美国再次拒绝干预。 尽管没有正式宣布政策转变，但1931年的政变——巴拿马历史上第一次成功的政变——标志着美国对巴拿马干预历史上的一个分水岭。与此同时，从1930年代后期开始，国家警察吸收了几名曾在其他拉丁美洲国家的军事学院就读过的新兵。 加上警察开支的增加，开始了逐步的军事化进程。
双方普遍要求修改条约的情绪则导致了1925年的凯洛格-阿尔法罗条约。美国在该文书中同意限制运河区的私人商业活动。 但与此同时，美国在安全方面要求巴拿马做出了多项让步，包括，巴拿马同意自动参与任何涉及美国的战争，并同意美国监督和控制共和国境内的军事行动。 这些条款在巴拿马国内引起强烈反对，国民议会最终于1927年1月26日拒绝审议条约草案。流产的凯洛格-阿尔法罗条约使两国最终决定让国际联盟进行仲裁。 1927年秋天，国联大会认为巴拿马的主张有理，大会表示，自动宣战将违反巴拿马根据联盟盟约的义务，即在诉诸战争之前等待三个月以对任何争端作出仲裁决定。尽管该条约实际上已被拒绝，但巴拿马提议将运河区主权争端提交国际仲裁的提议被美国驳回。
在20年代后期，美国政府注意到它对拉丁美洲一直以来的干预政策没能起到预想的作用。其对多米尼加共和国、海地和尼加拉瓜的占领并没有产生自己所希望的模范政治制度，也没有导致对美国贸易和投资的广泛接受，并且招致了整个拉丁美洲对美国的普遍反感和厌恶，特别是30年代法西斯主义运动在拉丁美洲蓬勃发展的情况下更是如此。因此从1928年开始，美国开始转变其对拉丁美洲各国的态度，在1933年的就职演说中，富兰克林·D·罗斯福总统阐明了其新提出的睦邻政策，表示此后将致力于建设一个团结的美洲。 同年，在蒙得维的亚举行的第七届美洲会议上，美国表示有条件地接受不干涉原则； 1936年美国则更进一步，毫无保留地认可了这一原则。
在1930年代，巴拿马与西方世界的大多数国家一样，正遭受经济萧条的持续打击，而经济危机加上巴拿马作为美国保护国的现实则在这个时期内为巴拿马政治注入了一些新鲜血液，以反寡头政治、反美主义和巴拿马民族主义为核心的个人或者政治运动开始在该国涌现。 在这种情况下，哈莫迪奥·阿里亚斯成为第一位为孤立和贫困的农村开展救济工作的巴拿马总统。 后来他建立了巴拿马大学，该大学很快成为该国中产阶级以及民族主义者的政治活动中心。1932年，一次关于啤酒销售的问题则又把美巴关系推到了风口浪尖上，在当年美国为了运河区销售美国啤酒，向巴拿马要求其让出运河区内3.2%的市场份额，专供美国啤酒销售，巴拿马政府则很快拒绝了这一要求。
1933年，当巴拿马的失业率达到危险水平，并且围绕运河区商店问题的摩擦重新燃起时，总统哈莫迪奥·阿里亚斯决定前往华盛顿与罗斯福总统就这些问题进行谈判。结果就许多问题达成了一致。 美国承诺对未来涉及不影响运河运营重要方面的经济问题的仲裁请求给予同情考虑。 并将采取特别措施保护巴拿马的商业利益免受从该地区走私廉价购买的小卖部商品的影响。 华盛顿还承诺向国会寻求拨款，以资助遣返众多加剧失业状况的移民运河工人。 然而，最重要的是罗斯福总统在与哈莫迪奥·阿里亚斯的联合声明中承诺，美国在该地区的权利仅适用于运河的“维护、运营、卫生和保护”。 这个长期存在的问题的解决，以及对巴拿马作为一个主权国家的明确承认，是巴拿马取得的一项重要胜利，对后来1977年的巴拿马运河条约打下了基础。
该协议虽然在巴拿马受到欢迎，但对于解决与250,000美元年金有关的重大问题来说还为时过早。 由于1934年美元贬值使其含金量降至原值的59.6%。 这意味着以新贬值的美元计算，25万美元的付款几乎减少了一半。 结果，巴拿马政府拒绝接受以新美元支付的年金。罗斯福于 1934年夏天访问了巴拿马，为就此和其他事项展开谈判铺平了道路。
巴拿马使团后来于11月抵达华盛顿，与美国进行有关撤销或者重新修订《海-艾兰条约》的谈判。双方的谈判一直持续到1935年。1936年3月2日，国务卿科德尔.赫尔和助理国务卿萨姆纳.威尔斯与巴拿马谈判代表一起签署了一项新条约——《赫尔-阿尔法罗修正案》，以及三项相关公约。 这些公约规范了双方在运河区内的无线电通信，并规定美国将负责承建一条连接巴拿马城和科隆的新跨地峡公路。该条约为两国关系提供了新的转机。
由于《海-艾兰条约》 实际上被废除了，因此巴拿马此后在法律上不再是美国的保护国，此后，美国将以谈判和购买区外土地的方式取代其原有的征用权。 关于年金的争议通过同意将其固定在430,000巴尔博亚（巴尔博亚相当于贬值的美元）而得到解决，这使原始年金的黄金价值增加了7,500美元。此外，附加的各种商业和商业条款处理了巴拿马长期存在的投诉。 运河区内所有与运河运营无关的私人商业运营被禁止。 这项政策和该区对外国商业的关闭旨在为巴拿马商人提供免于竞争的机会。 此后巴拿马货物可自由进入该区，巴拿马海关将在该区入口处设立，以监管最终运往巴拿马的货物的入境。
不过，《赫尔-阿尔法罗修正案》虽然受到两国政府的欢迎，但从根本上改变了美国在地峡的特殊权利，美国参议院因此不愿接受这些修正案，最终在谈判后，又加入了一条额外的第十条，这一条款规定，如两国安全受到任何威胁，在交换解释性外交照会后，经两国协商可采取共同措施。1939年7月25日，经过双方进一步谈判和参议院同意，外交关系委员会主席、参议员基皮特曼向他的同事们表示，巴拿马愿意根据这一条款允许美国单方面在运河区采取行动。
在1939年批准赫尔-阿尔法罗条约后不久，纳粹德国便于当年9月1日入侵波兰，引爆了第二次世界大战。由于战火愈演愈烈，巴拿马运河区的重要地位让美国加强了和巴拿马的合作，双方的合作顺利进行了一年多，巴拿马参加了一系列会议、宣言和议定书，直到1940年，因为阿努尔福.阿里亚斯的就职而宣告停止。阿里亚斯立场偏向巴拿马民族主义和反美主义，并且是一位公开的轴心国同情者和法西斯主义者，曾和意大利以及纳粹德国来往密切，他还曾在公开场合扬言，要清除巴拿马的所有非西班牙裔人口。
1939年，美国军方要求巴拿马将运河区的租期增加到999年，并要求在运河区外建造100多个设施，例如机场、防空炮台和雷达站，这些地点将用于保卫运河。阿里亚斯要求以现金形式赔偿，或者也可以以实物交付，但对美国来说，巴拿马的开价太高了。因此谈判拖延了两年。 最终，在1941年2月13日，由于迟迟不能达成协议，美国政府宣布运河安全面临迫在眉睫的威胁。 同一天，国务卿科德尔.赫尔发表了以下声明：
“美国政府已经得出结论，根据1936年条约第十条的规定，一场国际战争已经爆发，随之而来的是对美国和巴拿马运河区安全的威胁，因此美国政府将采取措施保卫运河。”
2月18日，巴拿马政府发布了一份备忘录，其中包括十二项具体要求以换取基本租约：
免费转让巴拿马和科隆市的卫生系统
转让巴拿马城和科隆属于巴拿马铁路的所有土地，价值约1200万美元
两国政府一起努力防止运河区的违禁品进入巴拿马领土
建造横跨运河的桥梁
美国承担所有费用的三分之一用于改善和维护其军队在巴拿马使用的所有道路和高速公路
停止让加勒比黑人到运河区工作
美国宪兵和区域警察在运河区外执行任务时不得携带枪支
根据巴拿马政府的要求，运河运营产生的多余电力将分配给巴拿马城和科隆
美国承担建设通往里奥哈托公路的全部费用，并支付巴拿马200万美元的经费作为建设费
美国将巴拿马城火车站移交给巴拿马政府
美国在战后赔偿战时因为美军调动中断的正常运河交通所产生的一切经济损失
美国提供工人在巴拿马城和巴尔博亚港之间修建输油管道
满足这些要求的成本估计为25-30百万美元，这也是谈判持续这么久的原因之一。 在新防御地点的租约期限上也存在严重分歧。 大多数巴拿马人认为999年的租期实在是太长了，基本等同于美国直接永久拥有了整个运河区。 因此，在放弃999年租约的要求后，美国军方寻求至少十年的租约，只要运河受到威胁，国务院就想要租用它们，而阿里亚斯希望在战争结束后尽快收回基地。 另一个有争议的问题是美国政府要求在巴拿马注册船只，大西洋之战对从美国到英国的补给线造成了损失，一些船只在离开运河后不久就沉没了。 由于巴拿马此时在战争中还保持中立，德国潜艇无法合法地攻击悬挂巴拿马国旗的船只。 然而，阿里亚斯总统拒绝提供帮助，美国使用悬挂巴拿马国旗的美国船只向英国供应物资的计划被打断了。
由于阿里亚斯拒绝通过让盟国商船悬挂巴拿马国旗的办法来帮助盟军，以及他在防御地点谈判期间的强硬立场，导致美国政府中的许多人得出结论认为“他必须离开”。 一名美国官员谈到美国可能入侵以驱逐阿里亚斯时说：“目前的情况被认为对运河的安全是危险的，人们认为应该尽快纠正这些情况。不过，用一场地方革命推翻不正当的亲轴心国领导人。比美国军队的干预更可取。” 此后不久，即1941年10月7日，巴拿马国家警察以一场不流血的政变推翻了阿里亚斯，美国人如愿以偿。
随着里卡多·阿道夫·德拉瓜迪亚成为新总统，基地选址谈判迅速向前推进。 随后不久，日本海军袭击了在夏威夷珍珠港的太平洋舰队后，双方之间谈判的进程迅速加快。 新的巴拿马政府于1941年12月7日向日本宣战，就在袭击珍珠港的同一天，也就是美国正式参战的前一天。 1941年12月13日，巴拿马与其他几个拉丁美洲国家一起向德国和意大利宣战。
在1930年代，海军技术发展开始挑战运河防御所依据的旧理论。 针对船闸和水坝的破坏性攻击，无论是通过陆地渗透破坏行为还是通过海军炮击，一直被认为是唯一需要防范的真正危险。 然而到1940年代，由于航空母舰和远程轰炸机的出现，空袭已经成为对运河安全的最严重威胁。 敌军在运河区或者附近的巴拿马登陆后，通过陆路进攻到运河区也被认为是一种可能，但大西洋一侧缺乏合适的登陆点和太平洋低地茂密的丛林的事实被认为会阻止任何此类攻击。 美国陆军相应地部署了防御工事。 运河的每一端都受到密集的沿海炮台的严密保护，这些火炮一度被认为是世界上最强大和最有效的。 此外，位于加通、佩德罗米格尔和米拉弗洛雷斯的船闸区则受到陆地防御工事的保
军队的任务是保护运河免受破坏，并从运河区内的阵地防御运河。 因此，除了两项具体任务外，近距离防御是陆军的责任：为通过运河的船只提供武装护卫，以及在运河入口处维持港口巡逻，而近海防御的主要责任则委托给了美国海军。 巴拿马的空军部队负责协助海军完成其主要任务，即侦察和击退海上敌军，但仅限于运河区内的空军基地允许的范围内，并且仅限于双方同意的范围内。陆军在当地最高层则是巴拿马运河司令部的指挥官，他将负责指挥驻巴拿马的所有美国陆军作战部队，海军则由第15海军区司令部负责指挥。
在1940年，驻扎在巴拿马的美军被分配到两个区域：大西洋区域，由第1海岸炮兵团和第14 步兵团守卫着运河的北部（大西洋）入口，太平洋区域，由第4海岸炮兵团、第33步兵团和第 2野战炮兵营守卫着南端（太平洋）入口。 航空部队包括陆军第19综合联队和海军VP-5S反潜中队，美国海军在可可索罗潜艇基地驻扎了3艘V级潜艇作为驻巴拿马的常驻舰艇，加上其他一些附属单位， 驻巴拿马的美军总共有13,500人左右。
在接下来的战争期间，驻巴拿马的美军部队得到了众多增援，以强化运河区的防御，在战争最激烈的时候，有65,000名美国士兵驻扎在巴拿马，外加数万名文职雇员和其他军事人员。陆军方面上，美军自从1939年就开始强化运河区的岸防火力，包括向当地运去了十几门M1919型406毫米岸炮，并大幅强化了驻军人数，在当地现有的基地也进行了扩建，并新建了一个霍华德空军基地，以容纳更新的现代化飞机。驻巴拿马运河区的美国陆军航空兵部队则于1940年升格为巴拿马运河区空军，后来又在1942年再改编为第六航空队，负责运河区以及加勒比海附近地区的巡逻和反潜任务。
在袭击珍珠港后的几个月里，美军还加强了两个入口周围的空中和海上巡逻，并竖起了拦阻气球和反潜网。 1942年8月，第88海岸（防空）炮兵营也抵达了巴拿马，以帮助抵御空袭。
在战争期间，美国海军在当地的几个基地也进行了扩建，可可索罗潜艇基地还被用作新潜艇官兵的训练所使用，而巴尔博亚的海军造船厂则在珍珠港事件后被用于修理受损的船只，这些基地在二战期间非常繁忙，承担了众多巡逻、训练、加油和修理船只的工作，1944年，美国海军还在可可索罗潜艇基地附近又建造了一个鱼雷艇基地。
开战后不久，VP-32反潜中队则奉命进驻位于可可索罗的水上飞机基地，接替了之前的VP5S，负责在周边地区进行反潜巡逻，1942年初，VP32共拥有28架PBY“卡特琳娜”水上飞机，后来又换装了更大和更新的马丁PBM“水手”水上飞机，大大增强了该部队的作战效能，1943年7月，VP32曾在这个月一连击沉了3艘德国潜艇： U-159在海地以南； U-759在牙买加以东；外加波多黎各以南的U-359。直到1944年，该部队才离开巴拿马调往美国东海岸。
1942年后，美国海军不再在可可索罗驻扎常驻的潜艇，取而代之的是在新建立的可可索罗鱼雷艇基地哪里部署鱼雷艇作为代替，因为后者比潜艇更加适合近海防御和巡逻。 1942年，美军在太平洋入口处建成了一个小型的前进基地，拥有两条小型海上铁路和一个鱼雷艇锚地兼训练基地，后来又陆续建成了一个鱼雷车间和弹药库，这些设施于1944年全部完工。基地有常驻鱼雷艇47艘，驻军1200人，除了负责运河区的巡逻和警戒任务外，该基地也被用于训练。除了这些常驻舰艇外，美国海军的其他舰艇也会定期在运河区附近巡逻，以确保航道安全，击退可能来犯的轴心国潜艇或者水面舰艇。最后，美国海军的“海蜂”建设部队也在当地派驻有常设人员，负责建造新的基地设施并维护现有设施的运转等任务。1939年，美国还曾著手拓宽运河航道，并建造新的船闸，以让当时计划中的蒙大拿级战列舰能够通过运河，这项工程持续了几年时间，同时还开始挖掘新的进港航道，但整项计划在第二次世界大战结束后被取消。
尽管防御严密，而且运河对盟军的战争努力很重要，但巴拿马从未受到轴心国的攻击，而且随着战争的进行，轴心国的威胁似乎越来越小。 然而，德国人和日本人确实制定了用潜艇部署的飞机轰炸运河的计划。 1943年中后期，德国制定了一项名为金百利行动（也称14号方案）的计划，打算用两艘潜艇将两架带有折叠机翼的Ju 87斯图卡带到巴拿马海岸附近的一个未命名的哥伦比亚岛屿，然后重新组装飞机，用“特殊炸弹”武装它们，然后派出他们攻击加通大坝。 完成任务后，飞行员将飞往中立国寻求拘留。然而，德国在最后一刻不知何故取消了该计划。策划这次破坏活动的德国人之间有传言说，由于走漏了消息，破坏活动被取消了。
而日本方面，在1943年8月视察拉包尔之后，日本海军开始计划使用潜艇对巴拿马运河进行攻击，以试图切断美国通往太平洋的补给线和阻碍美国船只在两洋之间的转移，并于同年晚些时候开始收集有关拟议目标的情报。 尽管日本人知道运河周围防御严密，然而，随着战争的继续和日本的节节败退，运河周围的安全变得越来越松懈。 1944年1月，负责行动的藤森康夫少将亲自审问了一名曾在那里担任看守任务的美国战俘。 他告诉藤森，防御性空中巡逻实际上已经停止，因为人们认为轴心国越来越不可能攻击水闸。 这进一步使日本人相信他们的计划是可行的。
一位在运河建设期间曾在运河上工作的日本工程师向海军提交了数百份文件，包括运河结构和施工方法的蓝图。 一个由三名航运工程师组成的小组研究了这些文件并得出结论，太平洋一侧的米拉弗洛雷斯船闸最容易受到空袭，但攻击大西洋一侧的加通船闸有可能造成更大的破坏，他们估计运河在成功攻击船闸后至少六个月内无法使用。为了准备这次攻击，日本海军准备了四艘载机潜艇：伊-400、伊-401、伊-13和伊-14，两艘伊400级各自能携带3架晴岚水上轰炸机，而伊13和伊14两艘潜艇也为行动进行了特别改装，各自能够携带2架晴岚。这四艘潜艇将向东航行穿过太平洋到达巴拿马湾，预计需要两个月的时间。 在距厄瓜多尔海岸100海里的地点，潜艇将在月夜0300时上浮以出动他们的舰载机。这些去除浮筒的晴岚将在4,000米的高度飞越哥伦比亚北部海岸，到达科隆附近。然后他们将以270度的航向西转向，然后转向西南，并在黎明时最后接近运河船闸。 完成轰炸后，飞机将返回指定的会合点，并与等待的潜艇汇合，机组人员将被接上潜艇撤离。
1945年4月左右，被任命执行攻击的有泉大尉决定更改攻击计划，飞行员将对船闸进行自杀式的神风攻击，而不是常规的轰炸。到1945年6月5日，所有四艘载有飞机的潜艇都已抵达七尾湾，在那里，舞鹤海军兵工厂建造了一个全尺寸的船闸木门模型，放置在木筏上并拖入海湾，随后飞行员以此为目标进行了几次关于攻击船闸的训练。然而，在攻击开始之前，冲绳便被美军占领，并且有消息传到日本，盟军正准备攻击日本本土岛屿。 日本海军随后得出结论，袭击巴拿马运河对战争的结果影响不大，因此决定改派这些潜艇去攻击正在乌利希环礁的美军舰队，于是行动最终破产了。
1942年5月18日，美国和巴拿马终于签署了租用134块土地用于保护运河的协议。 该协议要求在战争结束一年后结束对这些地点的占领，并要求美国每年为基地支付每公顷50美元的费用，但里奥阿托除外，它每年支付10,000美元。最后，巴拿马获得了完成各种公共工程项目的承诺，包括里奥阿托公路、运河大桥和运河本身的第三套船闸。 而由于战争导致需求增加，巴拿马的国内产量在二战期间有所上升。 糖、牛奶和牛肉的产量在1939年至1946年间几乎翻了一番，加上美国投资的大量涌入，使得巴拿马经济在战时得到了迅速发展，政府收入达到 5.14亿美元，是战前的三倍，主要集中在银行业和公用事业领域，美军基地的大量增加则让许多巴拿马人受雇在其哪里工作，解决了失业问题。
具有讽刺意味的是，尽管德拉瓜迪亚一直与美国合作，但在整个战争期间，美国政府一再拒绝巴拿马提出的租借援助请求。 一位国务院官员引述说：“[最好]在我们的巴拿马朋友的鼻子拿出一点晃来晃去的东西吸引他们的注意力。给现任政府所有的东西对我们没有任何好处。” 然而，为了奖励德拉瓜迪亚的行为，也为了巩固总统在国内的地位，美国向新政府提供了数百支自动武器和手枪、船只以及其他战争物资，此外还提供了永久性武器。并协助训练巴拿马国家警察的军事任务。 美国提供的一些武器很快就被用于镇压武装政变。 1943年9月，一群持不同政见的警察和平民策划了一场叛乱，但很快就被忠诚于政府的警察发现，并以被镇压告终。
（由于有一周左右没更新了，为了保证更新频率，加上运河相关的东西略微有点多，临时分两篇，剩下的东西下次再说）
