科研代码大全|基于R包[非负矩阵分解NMF]对样本进行分型分析

科研有捷径,输入代码,一键获取科研成果!就是这么省事,来具体看下有多方便!
搜索http://985.so/a9kb查看全部代码(目前共计50+持续新增中),也可以点击右侧【目录】,可以看到更多有趣的代码~
真香提示:文末可以知道如何获取代码~
NMF介绍:
非负矩阵分解 (Nonnegative Matrix Factorizatio,NMF) 是一种无监督学习技术,已成功应用于多个领域,包括信号处理、人脸识别和文本挖掘。 NMF 在生物信息学中的最新应用已证明其能够从高维数据(如基因表达微阵列)中提取有意义的信息。
使用非负矩阵分解 (NMF),一种基于部分分解的算法,可以将表达数据的维度从数千个基因减少到少数元基因。 结合模型选举机制,适用于任何随机聚类算法,NMF 是识别不同分子模式的有效方法,并为聚类发现提供了强大的方法。
分析目的:
使用NMF算法进行样本分型并实现类似下图。

场景需求:
基于R语言利用NMF(非负矩阵分解)对肿瘤样本进行分型。
算法介绍:
Nonnegative Matrix Factorizatio算法:

结果展示:
通过本文中代码的学习,可以获得将样本进行分型,得到以下图表结果:
1. 所需R包的安装及示例数据
2. 计算最佳rank。rank=2:7(rank在2-7之间)

3. 输出判断rank数的图片

4. 元基因表达谱矩阵的热图

5. 查看并保存分类结果

扫码,聊天框回复“B06”,查看原文,可以免费获取代码!

