记录一次Crackling安装教程
2023-08-01 13:03 作者:Albert_Xin | 我要投稿

记录原因,目前进行查找cas9所用的pam序列有很多,但是大多数都是web版本的,如果想进行全基因组的off-target 的Check的话,不是很方便。所以经过查阅一些文献找到了一个软件,Crackling,可能进行本地的全基因组PAM扫描,所以在此记录一下。参考文献:http://doi.org/10.1089/crispr.2021.0102
安装crackling
下载地址:https://github.com/bmds-lab/Crackling/releases
安装环境:
还有一个依赖包需要手动安装:
在这里找到https://anaconda.org/bioconda/viennarna/files与你系统符合的版本,下载下来(格式为:*.tar.bz2),然后不要解压,用conda直接安装你下载的文件
然后解压你下载的Crackling,我下载的是tar.gz的格式,所以用以下命令解压
然后进入加压后的目录执行一下命令
安装完成后,就可以根据基因组文件来找到你想用的pam序列了。