一些分析学习记录（结果是失败了）

2022.10.21

一．实验名称：第一批粪便宏基因组数据的分析

 

二．实验目的：通过第一批宏基因组数据的分析，熟悉宏基因组分析流程，为后续数据分析积累经验

 

三．实验方法：用Trimgalore、FastQC/0.11.9 软件对数据进行质控分析

此次处理数据名称：D2201105561（小鼠编号1F109L）

此次数据处理的软件使用：trim_galore --paired --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC -a2 AGATCGGAAGAGC --length 20 -o outdir DP8450000276BL_L01_429_1.fq.gz  DP8450000276BL_L01_429_2.fq.gz（下图为过程截图）

接着用FastQC/0.11.9 软件进行质控

处理数据名：DP8450000276BL_L01_429_1_val_1.fq.gz DP8450000276BL_L01_429_2_val_2.fq.gz

此次数据处理的软件使用：fastqc *DP8450000276BL_L01_429_1_val_1.fq.gz DP8450000276BL_L01_429_2_val_2.fq.gz -o result（下图为过程截图）

四．实验结果

Trimgalore运行结束（见下图）

Fastqc运行结束（见下图）

HTML数据已经存于桌面文件夹：HTML数据—第一批（17个）—1F109L_1_val_1_fastqc和1F109R_2_val_2_fastqc；

实验名称：kneaddate的下载和数据库构建

Kneaddate下载：conda install -c "bioconda/label/cf201901" kneaddata（下载截图如下）

Kneaddate的数据库下载（截图如下）：

mkdir kneaddata_database

cd kneaddata_database/

kneaddata_database --download human_genome bowtie2 ./

kneaddata_database --download mouse_C57BL bowtie2 ./

kneaddata_database --download human_transcriptome bowtie2 ./

kneaddata_database --download ribosomal_RNA bowtie2 ./

kneaddata_database --download ribosomal_RNA bowtie2 ./下载失败

Kneaddate的使用：

单端数据：

kneaddata -i D84-1.fastq.gz  -o ./D84-1 -t 20 -p 20 -db $KNEADDATA_DB_HUMAN_GENOME（指定数据库）

双端数据：

kneaddata -i D84-1.R1.fastq.gz -i D84-1.R2.fastq.gz -o ./D84-1 --output-prefix D84-1 -t 20 -p 20 --cat-final-output --serial -db $KNEADDATA_DB_HUMAN_GENOME -db $KNEADDATA_DB_RNOR_6 -db $KNEADDATA_DB_RIBOSOMAL_RNA（可指定多个数据库）