如何分析杂合质粒形成的分子证据

在分析质粒的结构时，我们经常会遇到这样的情况：Blastn比对结果显示高相似性的同源序列仅与样本序列中的部分区域匹配。这种情况通常表示该质粒各部分序列分属不同的来源。而且很可能是质粒间通过同源重组等方式发生质粒融合的结果。特别是对于携带耐药基因与毒力基因的菌株而言，若是在同一质粒中同时出现多种罕见的耐药基因（如mcr-1和blaNDM-5），或是耐药基因与毒力基因共存的情况（如肺炎克雷伯菌），将会给人类带来巨大的危害，因为它代表了这些基因可能借助杂合质粒发生水平共转移的现象。那么若是我们需要对杂合质粒各部分序列片段的来源进行分析，把握基因组的细节特征，就可以借助Easyfig软件进行基因簇的图示化展示。

下图便是利用Easyfig软件展示的杂合质粒pCQ02-121及其各耐药基因的来源情况，该质粒mcr-1和blaNDM-5所在的区域分别来自pMCR1_IncX4样和pNDM5_IncX3样质粒。关于这篇文章的解读可以参考我们的软文（https://mp.weixin.qq.com/s/NSNE0n_-6ao1C67dU2yRsw）。

DOI：10.1038/nmicrobiol.2016.176

而下图的p17-15-vir质粒为耐药-毒力杂合质粒，其耐药基因部分来源于p17-16-CTX样质粒，毒力基因部分则来源于p17-16-vir样质粒。同样该图也是使用Easyfig软件进行绘制。

DOI: 10.1016/j.ijantimicag.2020.105952

我们已经上线的《基于Easyfig软件实现基因簇结构比较及杂合质粒形成分子证据研究》是一门软件教学课程，力求教会大家如何通过easyfig软件解决比较基因组研究中的常见热点问题，如杂合质粒形成的分子证据研究等。

本套课程不仅包含完整的比较基因簇图和共线性图谱的绘制教程，包括软件介绍、安装方法、基础作图、高级设置及后期美化等，还有专门的实战课程来分析示例文献中要解决的比较基因组学问题，并综合运用所学的软件使用方法还原文献中的例图。同时该课程针对前期参考序列的选择问题进行了梳理，如杂合质粒参考基因组的选择等。而对于软件使用及文件准备中的常见问题，我们也做出了详细的解答，如果在使用过程中有遇到其它的问题欢迎联系我们。课程目前正处于首发优惠中，有需要的老师请抓紧时间哦。

课程链接

扫描二维码，获取课程