病毒传开宗明义——病毒进化史

          病毒传开宗明义第一章，病毒进化史。

         首先，让我们认识一下病毒(Virus)。病毒是最原始的生命体，早在没有细胞之前就有病毒存在，那时的病毒还只限于蛋白质和核酸这类简单化学物质，没有表现出病毒的寄生特征，当一部分病毒进化成为细胞——既细胞体生物出现之后，个别这种蛋白质和核酸或它们的复合体表现出寄生性，然后进化成现代病毒。

       让我们从原始的始祖病毒开始我们神圣的进化之路，终点是如今的大千世界！

这是病毒的进化史，理由如下：

1，类病毒与德尔塔病毒(以下简称丁肝病毒)繁殖方式一样，只是丁肝病毒多了一个德尔塔抗原。(蛇丁肝病毒多了一个疑似德尔塔棘突蛋白)

2，丁肝病毒的RNA是反义RNA，繁殖方式与反义RNA病毒一样(丁肝病毒：转录——德尔塔抗原催化RNA复制；反义RNA病毒：转录——基质蛋白催化RNA复制)。

3，丁肝病毒生活需要细胞的DNA依赖的RNA聚合酶(主要是RNA聚合酶II——转录mRNA的RNA聚合酶)进行RNA复制(可见细胞的RNA聚合酶祖先是RNA依赖的RNA聚合酶)。

4，正义RNA病毒、反义RNA病毒的RNA依赖的RNA聚合酶与逆转录病毒的逆转录酶拥有共同结构。

5，正义RNA病毒RNA复制时首先形成双链RNA，然后双链RNA转录形成正义RNA；双链RNA病毒首先进行转录形成正义RNA，最终正义RNA转录成为双链RNA，可谓是“师出同门”。

6，正义RNA病毒复制时在细胞内形成小体，双链RNA病毒可直接作为小体。

7，反义RNA病毒复制时不形成双链RNA，与正义RNA病毒完全不同。

8，人体内有内源性博尔纳病毒基因(EBLN-1/2/3P)，而博尔纳病毒正是反义RNA病毒，可见反义RNA病毒可以整合在宿主DNA基因组中，这与逆转录病毒是一样的(可见，反义RNA病毒是逆转录病毒的祖先)。

9，反义RNA病毒、逆转录病毒、拟逆转录病毒、单链DNA病毒与双链DNA病毒均可以通过内含子剪辑RNA来改变外显子的表达，这与细胞是一样的

10，逆转录病毒中的泡沫病毒有20%的概率会形成拥有双链DNA的病毒，这种病毒的生活方式与乙肝病毒一样(泡沫病毒中拥有双链DNA的病毒遗传信息流与乙肝病毒均为DNA→RNA→DNA，泡沫病毒中拥有双正义RNA的病毒遗传信息流为RNA→DNA→RNA)。

11，乙肝病毒（DR1与DR2）、花椰菜花叶病毒（19S与35S）的DNA上均有两个正向重复序列（direct repeat），用以mRNA转录、pgRNA合成与病毒DNA合成。逆转录病毒的DNA上也有两个重复序列（long terminal repeat），用以mRNA转录、正义RNA合成与病毒DNA合成。

12，无论是以HIV为代表的逆转录病毒(Retrovirus)，还是以乙肝病毒为代表的拟逆转录病毒(Pararetrovirus)，它们合成双链DNA的逆转录过程中，均会形成单链DNA，而且单链DNA也含有重复序列。而腺相关病毒这种无害的人细小病毒的单链DNA也含有重复序列(Inverted Repeat)。

13，无论是拥有线型单链DNA的腺相关病毒，还是拥有环状单链DNA的M13噬菌体，它们在进行DNA复制时均会形成双链DNA。而逆转录病毒与拟逆转录病毒也会形成双链DNA。

14，人体细胞内的DNA很多都是逆转录病毒(少数为反义RNA病毒)整合而来。

15，反义RNA病毒的RNA依赖的RNA聚合酶与逆转录酶、DNA聚合酶和RNA聚合酶结构相似

16，非洲猪瘟病毒与原始细胞的DNA聚合酶均缺失外切酶修复校正功能，由此可知，原始细胞由原始双链DNA病毒进化而来。

17，原始DNA病毒的DNA聚合酶开始没有外切酶修复校正功能，修复校正功能是后期进化而来。而原始细胞的DNA细胞的DNA聚合酶也是如此。

18，最早出现的外切酶修复校正功能为3'→5'外切酶，最晚出现的外切酶修复校正功能为5'→3'外切酶。

19，真核细胞的染色体与现代双链DNA病毒的DNA均为线型，而细胞的末端为由重复序列组成的端粒，现代双链DNA病毒DNA的末端为重复序列。

20，真核细胞的端粒上有端粒酶用以合成替换引物的DNA，腺病毒的DNA末端有磷蛋白作为DNA复制的引物。

以上仅为个人猜想。