关于charmm36-jul2022.ff报错的问题（Fatal error:atom C1 not found in buid

在gmx官网教程中 使用 gmx pdb2gmx -f 3htb.pdb -o 3htb.gro 开端基的报错的问题

而使用charmm36-jul2021.ff就不会报错。

如果你打开力场里面的aminoacids.c.tdb。会发现他们两个处理端基有点不一样。你也可以自己修改。不过这两个精度没有什么差别，改有点麻烦，charmm36-jul2021.ff 还是用的gmx pdb2gmx 默认的处理方式端基 Default termini are ionized (NH3+ and COO-),端基处理。N端 加氢 C端去氢 

直接加三个氢也就是NH3+ ，在topol.top开头文件里面也可以看到

末端同理。

gmx pdb2gmx -f 3htb.pdb -o 3htb.gro -ter   加 -ter 可选择处理端基的模式

做一下对比

在选完水模型以后，可以很清楚的看到charm2022ff的 0选项 是1MET，也就是照应着报错的地方，我猜“ 0选项 ”是这个力场选择处理端基的默认方式。

所以改过来就好了，gmx pdb2gmx -f 3htb.pdb -o 3htb.gro -ter  选完水模型以后，选择 1  回车

然后在选 0 以酸根的方式处理C端 ，就可以解决了。

而处理完以后 再细看topol.top的 charm2022ff 对比charm2021ff 处理的端基的带电量一模一样，其实继续charm2021ff也没什么问题。

    这些力场定义的带电荷 mass等信息才是影响模拟精度的关键，都是研究人员研究开发出来的，如果这里面的信息你改了一些，并发现和实际的实验数据更接近，那绝对是一个很棒的发现。

至于选择MET1有什么特殊的用处，我暂时还没发现，欢迎补充指教。