突破FFPE限制，进入单细胞+空间组学研究新时代

福尔马林固定石蜡包埋（Formalin Fixed Paraffin Embedded，FFPE）是医学病理研究中保存临床组织样本的标准方法，利用该方法存档着大量生物样品。通过这种方法保存的样本承载着众多疾病学信息，但因其 RNA 质量下降，转录本降解等原因，解析 FFPE 样本的宝贵信息一直困难重重。针对这一难点，博奥晶典重磅推出 FFPE 样本单细胞+空间组学解决方案，多维度解析 FFPE 样本中的珍贵信息！

FFPE 样本单细胞基因表达 Flex 解决方案

与之前只适用于新鲜样本有完整 polyA 尾的 3’ 单细胞转录组相比，单细胞基因表达 Flex 技术通过对人、小鼠设计专用特异性探针芯片来实现靶基因捕获，对 RNA 质量及转录本完整度要求大大降低。Flex 技术特异芯片上带 Probe Barcode 的探针与 FFPE 样本脱蜡解离后获得的细胞悬液杂交，可直接捕获靶基因，再通过 10x Genomics Chromium X 系统微流控通道与含有 10x Barcode 的凝胶珠（Gel beads）结合，被油滴包裹形成油包水结构的微体系（GEMs），从而实现在单细胞水平上获取FFPE样本中保存的珍贵信息。

单细胞基因表达 Flex 数据表现

通过单细胞基因表达Flex技术对多种类型的FFPE样本（包括人类肺癌、结直肠癌、胶质母细胞瘤FFPE样本等）测序分析，其中8个不同类型样本最终获得的基因数最高约2300个，UMI中值最高约4200，保存时间、捕获细胞数、基因中位数等具体结果表现展示如下：

表1 人体组织 FFPE 样本数据结果展示

利用单细胞基因表达 Flex 技术对浸润性导管癌 FFPE 样本测序分析，最终得到的数据显示基因数为 1203 个，UMI 中位数为 1802，细胞图谱分析得到 13 种细胞类型（包括成纤维细胞、T 细胞、B 细胞、巨噬细胞等）。具体表现如下：

FFPE样本空间转录组测序解决方案

基于 CytAssist 系统进行的 10x CytAssist FFPE 空间转录组测序可以同时获得同一 FFPE 组织切片中的组织学相关信息。首先在普通玻片上进行 FFPE 组织切片的脱蜡、染色、成像、解交联和探针杂交，再通过 Visium CytAssist 仪器捕捉明场图像，确定感兴趣的病理区域，最后 Visium CytAssist 系统将普通玻片组织切片上的转录组信息转移到 Visium 捕获区域，通过带有不同位置标签的探针捕获转录组信息，从而获取 FFPE 切片不同空间位置的转录表达水平。

CytAssist 空间转录组数据表现
分别对人类卵巢癌、皮肤黑色素瘤 FFPE 样本进行 CytAssist 空间转录组测序分析，得到的 Spot 基因数中值最高可达 8792，满足后续数据分析与深度挖掘的需求。详细的组织覆盖 Spots 数、Spot 基因中位数及 Reads 中位数等数据结果如下：

长期以来，针对 FFPE 样本中宝贵信息的破译十分有限，博奥晶典推出的 FFPE 样本单细胞+空间组学技术服务体系，可以最大限度的将最先进的研究方法结合起来，挖掘更深层次的 FFPE 样本信息，一份样本多维度解析，唤醒沉睡的 FFPE 样本库！

博奥晶典科研服务

博奥晶典单细胞组学技术服务已经完成了 12000 多例样品、几百种不同样品类型的服务，覆盖的物种和样品类型包括人、小鼠、鸡、斑马鱼、猪、水稻、拟南芥、油菜、白菜、橄榄等，以及肝脏、肺脏、皮肤、心脏、脑、肾脏、血液、卵巢、神经等组织类型；空间组学技术已经完成了 600 多个冰冻或石蜡样品、50 多种不同组织类型的服务，是目前国内大规模单细胞及空间测序经验极丰富的公司。2022 年博奥晶典已经在单细胞及空间组学领域累计支持发文 130 余篇，总影响因子超过 2500 分，一年内支持登顶三篇 Nature 期刊重磅文章！博奥晶典在单细胞及空间方面所做开拓性的产品布局为您的项目保驾护航，所取得的优异成绩让我们有充足的信心进一步服务好广大客户。
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