R|利用rTASSEL进行全基因组关联分析(三)

原名：R|rTASSEL进行基因组分析（三）

上节回顾：利用CMplot，qqman进行曼哈顿图绘制。

本节主要内容是：数据前处理，过滤最小等位基因频率≤0.05的SNP位点。

仍然使用内置数据包进行。

一、代码为第一节内容（快速抄写）

到这一步，基因型数据与表型数据均读取进入。

*内置数据为279份样品，3093个SNP位点

二、去除单态性和低覆盖的位点

*过滤后为2555个SNP位点

 预告：

1.使用自己的数据进行分析。

2.CMplot、qqman代码简介。

……【后续想起来再补充】

安装rTASSEL以及利用内置数据进行可视化分析：R|rTASSEL进行基因组分析(一)

利用CMplot，qqman进行曼哈顿图绘制（内置数据包）：R|rTASSEL进行基因组分析(二)

【最复杂的代码，做最简单的事。】