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文献晶体数据改进示例13(特戊酸无序)

2023-10-19 09:04 作者:DJ_Tokyo  | 我要投稿

案例来源:

Dalton Trans.

2023

,

52

, 175–184. DOI:10.1039/d2dt03492a CCDC:2211477   图形用户界面:Olex2

[1]

(版本:Olex2-1.5) 精修程序:SHELXL

[2]

(版本:SHELXL-2019/2) CIF文件下载:CCDC

[3]

官网   根据CCDC号从CCDC官网下到2211477.cif文件,用Olex2打开并提取其hkl和res文件查看,如

图1

所示,特戊酸中叔丁基做了无序拆分处理,但是其占有率固定为0.5,而电子云密度图看起来也很有问题。

▲图1 CCDC 2211477数据概览

  引入自由变量,精修至收敛后,如

图2

所示,表明该叔丁基是一个0.14:0.86的无序比例,而不是原来的0.5:0.5。

▲图2 引入自由变量精修结果

  结构中另一个特戊酸上的叔丁基用PART 1做了分组,但是没有做无序拆分,如

图3

所示,可能是一个未完成状态。

▲图3 分组但未做无序拆分的叔丁基

  对该叔丁基做常规无需拆分,并辅以

SAME指令

SIMU指令

限制,最终结果如

图4

所示。

▲图4 CCDC 2211477数据重新处理结果

  视频操作演示请参阅:https://www.bilibili.com/video/BV1pz4y1F7Wb   结语 通常情况下,无序组分的占有率通过精修自由变量来确定,很少采用直接固定的方式精修,除非有强有力的证据支持,例如元素分析、热重分析、电荷平衡等,不过这些大多适用于不同物种的共占位无序(如无机化合物中的参杂),游离溶剂(如水等)。像本案例中的构象无序这种的,一般都用自由变量来精修无序占比。(当然,也可以在精修收敛后固定其占有率。)   参考文献 [1] Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H.

OLEX2: A complete structure solution, refinement and analysis program. J. Appl. Cryst.

2009

,

42

, 339–341. [2] (a) Sheldrick, G. M.

SHELXL-2019/2

,

Program for Crystal Structure Refinement

, University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history of

SHELX

.

Acta Cryst.

2008

,

A64

, 112–122. (c) Sheldrick, G. M. Crystal structure refinement with

SHELXL

.

Acta Cryst

.

2015

,

C71

, 3–8. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical scattering factors for

SHELXL

– model, implementation and application.

Acta Cryst.

2019

,

A75

, 50–62. [3] (a) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising.

Acta Cryst.

2002

,

B58

, 380–388. (b) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising.

Acta Cryst.

2016

,

B72

, 171–179.    

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