docker镜像之alphafold运用
一 alphafold简介alphafold2应该算是彻底改变计算生物学在生物学家心中地位的利器了。这是一个可以媲美冷冻电镜的人工智能算法，在诸多生物学领域得到了应用。比如药物开发、复合物解析、蛋白质功能解析等诸多领域得到了深刻而广泛的认识。并且，诸多论文只要能够蹭上一点alphafole，给人的感觉也会变得高大上起来。因此，本人将从一个生信小白的角度，教大家如何使用这一分析利器，为自己的论文添砖加瓦。二 调用延续之前的推文，首先，读者需要在自己的服务器上安装GPU的驱动，随后安装dock（需要安装nvidia-docker2才能调用GPU）
按照前一篇推文《docker初探》的命令进入docker容器中
随后，进入app->alphafold目录中。
此时，按照提示安装对应的依赖。
报错：AttributeError: module 'jaxlib.pocketfft' has no attribute 'pocketfft'
解决方法：官方调用的包会有问题，需要升级相应的包和安装相应的包。
然后，调用run_alphafold_test.py，即可实现alphafold的初步测试。
运行结果如下，可以看出测试部分还是很很快运行结束的
需要注意的是，alphafold的真正使用需要安装相应的数据集才能完成准确的预测，这里仅仅是测试一下。如下图所示，一个完成的alphafold运行需要极大的存储空间（不少于两个T的空间）。
三 惯例小结
可以看出，使用docker进行运算，可以避免系统环境的改变，同时通过安装已有docker，满足了相应软件的安装环境，实在是一举两得的好方法。只是，这个也会消耗过多的内存，不建议在自己的电脑上这样使用。
PS：封面图来自AI（stable-diffusion）绘图理解的蛋白质折叠（典型的人工智障）
Multi-omics Hammer软件下载地址：
https://github.com/wangjun258/Multi-omics-Hammer
Multi-omics Visual软件下载地址：https://github.com/wangjun258/Multi_omics_Visual/releases/tag/Multi_omics_Visual_v1.03
PS：因为本软件是用python脚本撰写，调用了部分依赖包，用户首次使用需要安装python以及对应的包，安装之后便可永久使用。
本公众号开发的相关软件，Multi-omics Hammer软件和Multi-omics Visual软件欢迎大家使用。文末是本公众号在其他平台的账户，也欢迎大家关注并多提意见。
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最后，也欢迎各位大佬能够在本平台上：1传播和讲解自己发表的论文；2：发表对某一科研领域的看法；3：想要达成的合作或者相应的招聘信息；4：展示自己以寻找博后工作或者博士就读的机会;5:博导提供博后工作或者博士攻读机会，都可以后台给笔者留言。希望本平台在进行生信知识分享的同时，能够成为生信分析者的交流平台，能够实现相应的利益互补和双赢（不一定能实现，但是梦想总得是有的吧）。
另外，怎么说呢，投币也可，不强求，但奢求。
