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尔云间生信代码|你与生信大佬的距离,只差2分钟搞定预后模型构建和性能评估

2022-07-21 11:15 作者:尔云间  | 我要投稿

小云发现近年来,预后模型相关研究的生信文章越来越多,有高到20分的SCI。今天,小云来分解这篇影响因子 > 9分简单纯生信文章的代码。

科研有捷径,输入代码,一键获取科研成果!就是这么省事,来具体看下有多方便!

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预后模型(Prognostic Model)

定义:用来预测个体患者在未来某一时刻发生某件事的概率。

预后模型侧重于研究疾病在特定时间段内复发、死亡、伤残和并发症等结果发生的概率。这种模型在研究中非常常见,即

1)患者处于同样起始状态(如确诊为某疾病)

2)结局变量:患者将来是否发生某一事件(如:死亡)

3)基线时间点:有时间维度(如1,3,5年生存率)

预后模型相关论文的特点:

1)标题:

prognostic,prediction,5-year survival;

结局事件:death,relapse;

2)摘要/关键字:

follow-up,survival probability,risk group;

discrimination,C statistics ,Calibration (校准)指标

小编发现近年来,预后模型相关研究的生信文章越来越多,有高到20分的SCI。如下图。这篇影响因子 > 9分简单纯生信文章。

但是具体要如何实现预后模型的构建??? 今天,小编以代码提供的数据为例进行说明。

代码具体包括:

Step1输入数据并构建预后模型

Step2 输出风险评分

Step3 预后模型性能评估(K-M和ROC曲线)

下面是代码中附带数据预后模型图例

forest图
Survival (K-M) 图
Survival (ROC) 图

神奇吧,就是如此简单,我们用的都是入门级函数,稍微懂点R语言就能实现2分钟就可以实现,不懂也没关系,可以直接复制粘贴代码就可以实现。

以下是我们做的预后模型构建与性能评估,想要复现的,找我

预后模型构建与性能评估

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