关卡“编号”是根据剧情推测的，未必绝对准确。

盟军第12.5关 数码守护神

毁灭装甲刚出场就没了，只活了不到一集，实在是短命。

太平洋阵线在盟军中相对独立（四分五裂），这一行动也为后续剧情埋下了伏笔。

盟军第15.1关 顽疾

335以前的设定是悖论计划“似乎”完全没泄露，336是除了传导器以外没泄露。

盟军获得的这两条情报，前者导致了一个致命失误，后者包含了一个致命失误，而这两个失误比盟军情报员的任何一个错误都要严重——盟军情报员只是战术性错误，而这是战略性错误。第一条情报导致了伦敦要塞被突袭，盟军反攻欧洲的计划流产；后一条情报看似影响不大，但在最终决战中，盟军最优秀的指挥官和王牌武器悖论引擎都因此被葬送。

盟军最后一关“罪与罚”也被翻译成“致命失误”，或许这两个失误也是其中一部分吧。

盟军第18.5关 殊途同归

从叙述视角上能看出来玩家扮演的角色是太平洋阵线的指挥官，更准确的说是跟着友川纪夫一起撤离的指挥官，和数码守护神里面的指挥官是同一个人也不一定。

盟军第20.1关 金属盛宴

三年前，异教以拉老板的名义找美军“借”了价值1万美元的石油（美军的石油也是偷的）；三年后，拉老板25倍偿还了这笔“债务“。

盟军第20.5关 交通管制

对悖论引擎的核威胁被彻底解除了，不过盟军对“火箭核弹”也没做进一步研究。如果利用太空船的功能前往外太空探索，或者改造核弹用来对付尤里，虽然未必会对战局起到决定性作用，但至少可以多一些选择吧。

盟军第22.5关 永眠

336版本对“妹妹”的描述更详细了一些，但也有一部分内容由于系统原因没显示出来。

简报分成两部分来看。第一部分是对第一阶段战斗的总结，时间上和EP22晴天霹雳基本平行。盟军为打开通往极点的路付出了惨痛的伤亡，对应晴天霹雳中异教给盟军造成了重大杀伤。

第二部分，盟军捕获了“妹妹们”，但不久后她们也间接给盟军带来了灭顶之灾。

指挥了这两场战斗的指挥官，不久后也阵亡了，他也是所有战役中唯二确认死亡的指挥官。