1939年9月，二战爆发，埃姆登参战，负责北海海域的水雷部署，4日，由于船上的水雷用尽，所以埃姆登返航回到威廉港进行补充，却遭到了英国轰炸机的空袭，埃姆登不幸被一只被击落的飞机击中，导致了29人的死亡或受伤。

       1940年4月8日，德国开始了挪威战役，埃姆登被编入第五舰队负责奥斯陆地区，在其旗舰重巡洋舰布吕歇尔被击沉的情况下，埃姆登和吕佐夫号装甲舰依旧占领了奥斯陆峡湾，进入港口后，埃姆登成为了此次战役的联合通信中心，负责协调海军，国防军和空军的作战，而在挪威被完全占领后，埃姆登返回德国，再次成为了训练舰。

       1941年9月，埃姆登再次走上前线，此次她负责对里加湾德军进行炮火支援。之后，埃姆登又被调到波罗的海舰队，与提尔比茨一同防止苏军突破波罗的海。埃姆登在波罗的海只待了十几天，29日，埃姆登再次被调回德国进行训练任务。

     1944年9月，经过改造后的埃姆登被部署到挪威，并担任了当地布雷部队的旗舰，10月时，埃姆登又成为了运输船队的护航船只。1944年底到1945年初，在苏联红军步步进逼的情况下，埃姆登号参加了从东普鲁士撤出军队和平民的行动。1945年1月，它执行了一项极其特殊的任务，将冯·兴登堡陆军元帅的灵柩从位于柯尼斯堡的坦嫩贝格墓地迁出，运回更为安全的后方。1945年4月，埃姆登号在基尔军港被盟军飞机击伤。1949年，埃姆登号被拆解。

     在德国海军史上，还有一艘埃姆登号巡洋舰。该舰为德累斯顿级巡洋舰2号舰-埃姆登号。在第一次世界大战期间这艘埃姆登号为德国东亚舰队效力。

     这艘埃姆登号在1908年5月26日下水，并于1909年7月10日加入德意志帝国海军服役。以赞助该舰建造的埃姆斯河口城市埃姆登市命名，装备10门105mm口径主炮，是德国最后一艘使用往复式蒸汽机的巡洋舰。1910年4月1日，埃姆登号正式加入舰队，并被派往德国位于中国胶州湾的殖民地青岛。在青岛，埃姆登号因其优美的线型得到了“东方天鹅”的美名。1911年1月埃姆登号参加她的第一次作战行动，镇压德属加罗林群岛上的土著叛乱。她同纽伦堡号一起使用主炮轰击叛军的防御工事，并派武装水手登陆占领了叛军的据点。1913年5月，埃姆登号迎来了它的最后一任舰长卡尔·冯·穆勒少校。穆勒舰长上任几个月后，埃姆登号被派往长江镇压中国二次革命期间的一次叛乱。1913年8月，她连同长江上的几艘英国和日本战舰一起炮击一座叛军要塞，并在8月13日使其屈服。

     一战爆发后，埃姆登号在1914年7月31离开青岛，其首先前往德属帕劳群岛，遇上炮艇Geier号并得知最新的战争消息。当埃姆登号在荷属东印度群岛帝汶附近加煤时，被5300吨的荷兰海军“迷你战列舰”Tromp号拦截。因穆勒舰长的军衔低于对方且在荷兰殖民地海域，穆勒舰长登上Tromp号，被礼貌地告知荷兰的中立立场并受到茶点的招待。完成加煤后，埃姆登号离开了现场，但截获了一份荷兰电报，报告一艘破坏荷兰中立的四烟囱英国战舰通过。为迷惑混淆对方，埃姆登号制作了假的第四根烟囱伪装成英国巡洋舰Yarmouth号。

    1914年8月28日，埃姆登号成功穿越巴厘岛和Lombok岛之间的狭窄海峡进入印度洋，她的运煤船跟随在她几英里之后。9月10日，埃姆登号开始对没有护航的英国和协约国商船进行袭击。在1914年9月间，埃姆登号共捕获7艘商船，除两艘意大利和挪威的中立国商船外（均立即释放），都是英国商船。大多数被捕获的英国商船都立即被埃姆登号105毫米的主炮或在船底安置的炸药给击沉。穆勒舰长很绅士的对待了每一位被俘的船长，并保证所有被俘的英国船员受到善待。而英国海军部直到9月14日才注意到埃姆登号的存在，并立即中止了科伦坡到新加坡之间航线。这在印度洋上的英国和协约国的航运公司间造成恐慌。商船的保险费率暴涨，船只不敢离港。对英国和协约国来说，尴尬的是一艘德国巡洋舰竟然瘫痪了整个印度洋的航运。

     9月22日，该舰袭击马德拉斯，埃姆登号在发射了125发炮弹后毫发无损地离开了当地。虽然这次行动没有造成大的损伤，但沉重地打击了英国的士气，并导致数千人逃离该地。

     10月28日早晨，埃姆登号靠假烟囱伪装成英国巡洋舰，全速驶入英属马来亚的槟榔屿港内。在这场槟榔屿海战中，埃姆登号在港内升起德国军旗，并向停泊在港内的俄国巡洋舰珍珠号（对马海战的幸存者）发射了鱼雷，紧接着的主炮齐射将俄舰打得千疮百孔。埃姆登号转身离开时发射了第二枚鱼雷，引起了大爆炸而使俄舰沉没。珍珠号的舰长在攻击发生时并不在舰上，事后被降职并遭监禁。埃姆登号离开港口时，一艘法国驱逐舰莫斯奎号误将她认作英国巡洋舰而尾随她。到了外海，埃姆登号就突然向法舰开火，并很快将其击沉。36名法国水兵被埃姆登号救起，其中3人后因伤重身亡。2天后，埃姆登号截停了英国商船Newburn号，并将剩余法国水兵移交给她带回苏门答腊。截至此时，该舰击沉了总重约70000吨的商船以及战舰。

    埃姆登号的好运在11月9号到头了，一艘装备8门6英寸主炮的澳大利亚轻巡洋舰悉尼号舰抓住了埃姆登号。战斗持续将近一个半小时。埃姆登号击毁了悉尼号的一门主炮和测距仪，自己也受了重伤，被悉尼号击中100次以上。舰长为避免军舰沉没下令抢滩搁浅，之后仍升着战旗，表明要继续抵抗。悉尼号发出了要对方投降的信号，但没有答复于是继续开火。此战最后131名德国水兵阵亡，65人受伤。舰长和剩余的船员被俘虏，但军官被允许保留象征荣誉的佩剑。战后，埃姆登号上所有的军官都被德皇威廉二世授予了一级铁十字勋章，另有50名船员被授予了二级铁十字勋章。