GEO数据到底需不需要标准化，看这里
尔云间 一个专门做科研的团队
最近收到果粉的一些私信，对GEO数据标准化提出了一些问题，今天小果就果粉提出的几个主要些问题进行答疑。
问题一
是不是所有的GEO数据都需要标准化，芯片数据标准化的方法有哪些？
答：不是所有的GEO数据都需要标准化。数据标准化数据四分位数标准化，均值标准化，log2标准化和TMM标准化。
问题二
哪些GEO数据不需要进行数据标准化？
答：GEO数据库有些数据是进行标准化的数据，比如说Series Matrix File(s)格式的文件和MINiML formmatted family file就是标准化之后的文件。这里小果分别对两个数据进行了截图。Series Matrix File(s)格式文件的表达矩阵：
MINiML formmatted family file格式文件的表达矩阵：
小伙伴可以观察到这两种数据的基因表达矩阵中的表达丰度值均在50之内，可以判断为是经过标准化的结果。
问题三
哪些GEO数据需要进行数据标准化？
答：上述说的这个标准不是绝对的，有时会遇到的基因表达矩阵是未经过标准化的，需要查看基因表达矩阵的表达丰度值来，有的基因表达矩阵中的表达丰度值在大于50，或者几百之间，甚至更大，此时就需要进行标准化。比如下面小果附上一个MINiML formmatted family file格式的基因矩阵，如下图
这时可以看到基因表达矩阵中的表达丰度值均在几千之间，这时就需要进行数据标准化。
另外就是对于原始的GEO数据，必须要进行数据标准化。总体来说，GEO数据标准具体要视情况而定，不能一概而论。
好了，至此答疑就结束了。小伙伴快去学起来吧。
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