FASTA

• 又称Pearson格式，主要发明人是威廉·皮尔森（William Raymond Pearson）和戴维德.李普曼（David J. Lipman）。

• 一个文件可储存一条或多条序列信息。

• 每条序列信息包括两部分：

  ①序列描述header，即该序列的身份信息identifiers，仅有一行，以>开头；

  ②序列组成。

FASTQ

• 一般用于表示测序结果。测序必有误差，因此fastq相较于fasta文件引入了序列信息的准确性。

• 每条序列有4行：

• 第一行等同于fasta的header，以@开头；

• 第二行为测序结果的序列信息；

• 第三行一般只有一个加号+，有时也会包含一些描述内容；

• 第四行是与第二行对应的测序质量信息，即每个测序碱基结果的准确性。

• 双端测序一般储存在两个fastq文件中。

Phred Quality

• 碱基测序质量（Base call quality）用错误率（error probability，e或P）表示（如e=0.001表示，平均1000次测序中有一个碱基为错误结果）。

• e一般较小，为表示方便会进行换算：

  ①首先进行对数转换， Q = -10 x lg(e)；

  ②再进行ASCII值转换，通常将 Q值+33 后再转换为对应的ASCII码，即fastq格式第四行的测序质量结果。