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spm-处理fmri静息态数据的步骤和batch处理的方法

2023-09-20 12:03 作者:信女发大愿  | 我要投稿

本次处理的数据的结构是:before+after;

before和after下面各有3组,group1、2、3.

每个group下面有多个subject,每个subject下有结构像、静息态fmri、任务态fmri;

先处理静息态fmri, 步骤是slice timing、realign、coregister、segment、normalised、smooth.

单独的步骤百度下都有,例如https://blog.csdn.net/kakaviuviu/article/details/129322259

这里直接通过batch角度讲述,就会包含各个步骤的参数设计和含义。

第一步时间层校正
第2步头动校正,只取数据其他参数保持不变
第2步 头动校正的输入参数为一步slice生成的数据
第3步配准,source输入空着后续从程序中读取,refer输入从deppendency中选择mean
第3步配准
第4步分割,输入为步骤3配准后的结构像,修改save bias值为save bias corrected,修改Deformation field为forward

第5步 normalised write-功能像标准化到MNI空间

第5步 功能像标准化到MNI空间

第5步 normalised write-结构像标准化到MNI空间

第5步 结构像标准化到MNI空间,选择的结构像为分割生成的经过校正后的图像
第6步 平滑 平滑的图像为标准化到MNI空间的功能像

设置完batch步骤后,点击file-save batch and script,保存生成2个mat程序

其中一个为变量输入程序名字为自己保存时候的名字,另外一个为执行程序带 job 后缀,从变量输入程度中读取参数执行任务,实际中不需要动job程序,只需要执行batch程序。

将MATLAB_CODE_TO_FILL_INPUT替换为实际的影像学数据所在路径,例如cellstr('F:\XXXXX');或者用变量替换,下面是实际运行的一个代码。


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