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中华民国皖系军阀（1912～1927）

袁世凯死后，北洋军阀发生严重分裂，全国陷入混战状态。依据袁世凯生前遗嘱，三名继承人成为领导人，其中黎元洪和段祺瑞掌控国家大权，但黎元洪此时已非军阀，处处受到段祺瑞牵制。段祺瑞为巩固自身势力而向日本靠拢，并希望对德宣战以收复德国在中国德租界及驱逐德奥势力，积极整军备战并将亲信安插在政府中，矛盾逐渐演变成“府院之争”。被请来居中调停的张勋，导演了一场复辟闹剧，他和他的辫子兵随后被北洋军击溃。

得胜归来的段祺瑞完全控制了北洋政府，皖系军阀的势力达到了最高峰。为了更加牢固地掌控全国政权，段祺瑞向南进攻孙中山领导的南方护法运动，同时以“合法”手段操控国会。但是，南线作战陷入僵局，皖军损失惨重，让直系有了反扑的机会。为了威慑直系，段祺瑞选择引奉系势力入关，直系果然不敢轻举妄动。

但是，奉军入关并非为了帮皖系军阀剿灭护法运动或南方反对派，因此皖系军阀的敌人在事实上变多了而非减少。冯国璋去世后，直系军阀和皖系军阀的矛盾公开化，加上段祺瑞的手下飞扬跋扈，皖系军阀自身也发生严重分裂。1920年，直皖战争爆发，皖系军阀一败涂地，吴佩孚凭借此次战争飞黄腾达。段祺瑞大势已去，通电下野，皖系军阀残部以后被其他军阀势力吸收。

大清国皖系军阀（1927～1936）

清国在德意志帝国支持下复辟后，南方八省被孙传芳控制，而当时各省几乎都有自己的军阀作为首领，孙传芳实际上也只能算这个更松散的联盟的共主。其中，湖南、两广的独立性相对而言更高，说孙传芳依旧只是“五省联帅”也未尝不可。新皖系军阀首领是陈调元，他在保存实力上耗费的心思远比出工出力帮八省联合剿匪多。虽然孙传芳数次以功名和利益引诱陈调元出战，甚至委任陈调元为南方的剿匪总司令，陈调元不为所动，他当然知道自己能受孙传芳重视的根本原因是手中的皖军。

在此期间，皖系的亲日派传统又一次暴露，新皖系最终全面倒向了奉天政府和日本帝国。

中华民国皖系军阀（1936～1943）

1936年，陈调元在南方起义，归顺奉天政府。此时，皖系军阀控制着安徽和浙北地区，和周边反清势力都存在矛盾。在北方，皖系军阀和鲁系军阀争夺江苏；南方，国民革命军的扩张和土改让皖系军阀感到恐惧。同时，使馆城市的特殊地位和安徽的地理位置使得这里后来成为各方势力争夺最激烈的区域之一。

奉天政府正式对清国宣战后，皖系军阀处境十分险恶。在当时尚未完全剿灭南方清军的情况下，皖系军阀从背后受到清军主力部队袭击，并在随后的数年中陷入苦战。作为皖系军阀的首领，陈调元本人并不擅长指挥战争，而他麾下的将领中那些能征善战者又产生分化。最重要的是，原浙系军阀上官云相和陈仪逐渐脱离陈调元的控制，而前者更好地充当了奉天政府牵制国民革命军的工具。

因此，当奉天政府和国民政府当对抗开始变得激烈时，手中毫无兵权的陈调元既不能响应奉天政府也不能协助国民政府，他在南方充当了一个并不被各方欢迎的老好人的角色。陈调元和日本的合作主要通过浙江来进行，这种交易变相地养肥了上官云相和陈仪。值得一提的是，皖南事变发生时，陈调元手下的皖军几乎不复存在，他作为奉天政府在南方总代理的角色也逐渐淡化了。随着原本依托于皖系军阀的浙系军阀更多地直接向奉天政府效忠而非听命于陈调元，加上皖军损失殆尽，皖系军阀已经不能作为一支独立的政治势力存在。当陈调元在1943年去世后，皖系军阀立即成为了历史名词，它的指挥官们不是投靠了奉天政府就是投靠国民革命军。