用R绘制两个物种间染色体共线性
2021-12-26 20:16 作者:Albert_Xin | 我要投稿
一、加载R包
1. 安装R包[1]
2. 加载R包：
二、 准备数据
a. 染色体信息数据见图1，第一列数据为染色体名称，第二列为染色体开始位置，第三列为染色体结束为止，第三列为染色体填充颜色，第五列为物种名称，第六列是物种名称在图片中显示的大小，第七列是物种名称的颜色，支持RGB和十六进制的颜色。
图1 染色体信息数据
b.共线性数据，具体格式见图 2，第一列为图一中物种排名第一的数据如此处为Grape，且第一列为染色体ID，跟随其后的两行为所在染色体为止的信息，第二个物种就是图一中排序在后的物种的染色体ID，跟随两行为染色体位置信息，最后一列为填充的颜色，根据你感兴趣的基因，设置彩色，并将其排序到最后以方便在图片中显示。
图 2 共线性数据
三、运行R包
ideogram包中karyotype为染色体信息数据，synteny为共线性数据，output为svg图片输出路径，结果如图 3。
[1] Hao Z, Lv D, Ge Y, et al. RIdeogram: drawing SVG graphics to visualize and map genome-wide data on the idiograms[J]. PeerJ Computer Science, 2020, 6: e251.
