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尔云间生信代码|R可视化:对两个矩阵进行相关性可视化分析

2022-03-03 11:14 作者:尔云间  | 我要投稿

科研有捷径,输入代码,一键获取科研成果!就是这么省事,来具体看下有多方便!

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场景需求:

之前的推文我们介绍了R语言绘制基础的相关性分析,但是当我们想分析两种特征之间的相关性时,则需要对2个矩阵(如基因表达矩阵和免疫细胞含量矩阵、或物种丰度矩阵和理化因子数据矩阵)进行相关性计算,那之前的脚本是满足不了的,今天我们来详细介绍这种情况该如何分析,并复现文献中下图。免费代码获取方式,在文末。

先来看下文献中的图长什么样:

接下来就是复现该图做法:

输入文件:

1.      gene.expr.csv:基因表达矩阵

2.      ssgseaOut.csv:免疫细胞结果矩阵

3.      genelist.txt:目的基因列表

 

结果展示:

通过本文中代码的学习,可以获得文献中的效果,得到下图结果并输出相关性结果表格。其本质是计算两种特征之间的相关性,此处的免疫浸润可以换成其他变量,例如临床表型、理化因子等等。需要本文全部数据和代码的可通过文末看到获取方式。

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