太平天国的最高统帅为天王洪秀全，太平天国初期设立军师，杨秀清为左辅正军师，萧朝贵为右弼又正军师，冯云山为前导副军师。在永安时又对众人封王。太平军在建立军队制度时借鉴了《周礼》。

在太平天国中，朝廷内以丞相官位为最高，还分为天、地、春、夏、秋、冬六官，并且也有正、又正、副、又副四人，共有二十四人；以下另设有检点三十六人，指挥七十二人，将军一百人。

太平军分陆营、水营、土营，陆营由步兵炮兵骑兵组成，也拥有一定的工兵，分为中、前、后、左、右五翼。每翼下辖有19军，每军各设立一名军帅和监军，每军有五个师，各师由师帅统领；每师还会拥有五旅，每旅由旅帅管辖；每旅有五个卒队，各卒队由卒长统帅；各卒有四两，每两有一两司马；每两下有五个伍队，每伍由伍长所领有四人。每军共有师帅五人，旅帅二十五人，卒长一百二十五人，两司马五百人。

女营就是女军，女军与陆营分级不同，女军分为军、卒、伍三级，女营共有40个军，每军设总制、军帅、监军一名，下面管辖25个卒队，每卒下辖4个两司马。女营平时也会陪同陆营一起作战，或是负责守城。

太平天国在民间也按照军事化结构建立，12500家组成一军由军帅统领，下面有五个师，每师有2500家分成五个旅，每旅有500家分为100家为一卒。下面分成四两，每两有25人有两司马统领。然后每4家成一伍由一名伍长管理。

有警则首领统领成兵杀敌捕贼，无事则首领督之为兵耕田奉尚。

太平军的训练分为集体操练和个人武艺，军中将领还被要求熟读兵书懂兵法，军中的土营就是工兵，土营负责搭筑营垒还在攻城时爆破城墙。

军队后勤还设立典旗帜、典炮、典铅码、典红粉、典硝、典铁匠、典木匠、典绳索、典圣库、典圣粮、典买办、典油盐，这些典官都直属于各军总制指挥，并不属于军帅指挥。