(生境)影像组学平台免费试用:原发性中枢神经系统淋巴瘤中的低血管细胞肿瘤与治疗耐
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练习数据及公共数据
01
公共数据集网站,可以从里面挑自己感兴趣的数据下载练手
https://grand-challenge.org/challenges/?page=1
https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetoverview


实验过程需要解决的问题
02
一、 勾画roi需要保存原始数据,原始数据一个文件夹,roi一个文件夹,文件名字一一对应即可,不能含有中文
二、基于勾画的ROI做癌症患者早期反应和预测模型任务具体步骤
1、将识别出来的ROI区域进行预测模型建立。
2、采⽤影像组学的思路进行临床预测模型建立。具体
1) 对影像(nii或者nii.gz)数据,使用pyradiomics进行特征提取,得到rad_feature。
2) 对这些特征进行正则化(Z-score),将数据服从 N~(0, 1)。
3) 对提取的组学特征rad_feature,使用spearman相关系数,计算特征之间的相关性。对于相关系数大于0.9的特征,两者保留其一,得到rad_sel_feature。
4) 使用Lasso对数据进行交叉验证,筛选最好的惩罚系数lambda。
5) 筛选出系数不为0的特征,对rad_sel_feature进行进一步降维得到rad_final。系数不为0的特征,组合成rad_score公式。
6) 采用5折交叉验证,使用多种机器学习算法模型(LR、SVM、DT、RF、ExtraTree、XGBoos等)对rad_final_train进行训练。
3、在rad_final_val上进行不同算法模型验证。得到常见指标验证以及结果可视化
4、准确率、AUC、ROC曲线、DCA、校准曲线,混淆矩阵等结合临床数据,给出预测结果
一站式的工具组件直接用
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参考文献及视频讲解
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扫码观看视频讲解及论文

一键成论文介绍
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