【名柯の主线大分析！】和谐发展共赢未来版
红与黑篇到漫画第609话（动画TV版第504集，拆分版第551集）赤井秀一疑似牺牲时结束，从漫画第622话（动画TV版第509集，拆分版第556集）水无怜奈给FBI发来情报，黑衣组织有一个代号波本的人物开始行动起，漫画进入了“谁是波本”三选一的模式，这段剧情被称为波本篇。
波本嫌疑人有自称大学研究生，住进了工藤家的冲矢昴（男），
自称从美国留学归来，转到毛利兰班上的高中生世良真纯（女，不过看起来像男），
在毛利小五郎楼下咖啡馆打工的安室透（男）；
三个人都有很强的推理能力和不俗的武功，都有可疑的举动。与此同时，有一个长相酷似赤井秀一但脸上有伤疤的神秘男人出现。
在波本篇的一个篇章——列车篇——里，主角团队和三个波本嫌疑人都上了铃木号特快列车，车上又出现了伤疤赤井，而琴酒正在列车终点处等待，灰原哀有危险。
赤井秀一疑似牺牲之后，FBI得到了水无怜奈发来的情报，黑衣组织有一个代号波本的人物开始了行动。
本堂瑛佑发现了柯南疑似工藤新一，假意追求毛利兰，于是柯南对本堂瑛佑说出了自己的真实身份。本堂瑛佑随后回到了美国，立志加入CIA。
一个叫冲矢昴的人物出现，他自称是大学研究生。此人推理能力很强，又有武功，他的住宅在一次火灾事故中被毁，后来住进了工藤家。他是波本嫌疑人之一。
有人寄信说工藤新一在一年前处理发生在某山村的一桩案件时推理错误，于是柯南、毛利兰等人去了那里。这期间柯南感冒，并且误把A药的解药当成了感冒药，因此第三次恢复成工藤新一。这次他险些暴露身份，在服部平次和灰原哀的帮助之下瞒过了毛利兰等人。处理完案件（证实工藤新一没有推理错误）之后几个人踏上归途，期间再次遭遇案件，解决完了案件，工藤新一没有来得及对毛利兰表白就变回了柯南。
在某次案件中，一个长相酷似赤井秀一但是脸上有伤疤的男人出现，茱蒂惊讶赤井秀一竟然没死，但解决完案件之后，茱蒂没有得到和伤疤赤井进一步交谈的机会（后来证明，这个伤疤赤井是波本假扮的，用来试探茱蒂的反应，以此判断赤井秀一到底是不是死了）。
伤疤赤井出现之后，琴酒怀疑赤井秀一已死有假，并怀疑水无怜奈，但得到了贝尔摩德的消息之后放下了对准水无怜奈的枪。
毛利小五郎、毛利兰、柯南和阿笠博士受邀去伦敦，柯南由于身份有假，无法出国，于是找灰原哀要了解药，第四次恢复（在出入境时变回了工藤新一）。在伦敦，几个人得到了某犯人发来的谜题，在破解谜题的过程中，柯南以工藤新一的身份跟毛利兰通电话，并被毛利兰发现身处伦敦；为了不暴露身份，他服下返回时用的解药，变回工藤新一，并向毛利兰表白，这次表白没有得到回应。随后柯南破解了谜题，确认犯人将在温网女单决赛中杀人；柯南想办法避免了杀人。最后柯南得到了工藤有希子送来的解药，回到了日本。
一个叫世良真纯的女高中生转到了毛利兰的班上。她推理能力很强，还会截拳道，自称是刚从美国回来，而且还在打探工藤新一的消息，是波本嫌疑人之二。
世良真纯长相像男性，打扮中性，其他人第一眼看见她都误以为她是男的，但詹姆斯一看就知道她是女的，疑似认识她。
有一个叫安室透的人，推理能力很强，武功也不错，在毛利小五郎楼下的咖啡馆打工，兼职私家侦探，但自称能力不如毛利小五郎，于是拜毛利小五郎为师，疑似有意接近毛利小五郎，是波本嫌疑人之三。
在一次事件中，毛利兰到了工藤家，给工藤新一打电话，柯南在厕所接了电话，用了变声器，冲矢昴观察到了这件事。
主角团队受邀搭乘铃木号特快列车去名古屋。而在之前的一次事件中，灰原哀为了救自己和少年侦探团，服下了A药的解药，变回了宫野志保，而她变回宫野志保时手上仍然戴着搭乘铃木号特快列车所需要的戒指（戒指是通行证），这一点被冲矢昴、世良真纯和安室透发现，其中波本（在这三个人当中）知道了宫野志保要搭乘铃木号特快列车，并告诉了琴酒。琴酒准备在名古屋车站炸毁列车，杀掉宫野志保。
主角团队、冲矢昴、世良真纯和安室透登上了铃木号特快列车。车上发生了案件，处理案件时，伤疤赤井再次出现，伤疤赤井把世良真纯电晕；贝尔摩德给灰原哀发了恐吓短信，灰原哀准备一个人去面对黑衣组织（这里出现了灰原哀的回忆，宫野艾琳娜留给宫野志保的录音带当中，宫野志保18岁的录音带里，宫野艾琳娜提到了她和宫野厚司要研制神秘药物银色子弹）。车上的伤疤赤井是贝尔摩德假扮的，与此同时，工藤有希子出现在了列车上，贝尔摩德和工藤有希子对峙时，贝尔摩德提到了板仓卓（确认当初要求板仓卓做软件的人是她）。柯南解决了案件，而波本制造了火灾事故，把其他人逼到前排车厢，宫野志保则独自前往最后一节车厢面对波本。原来安室透是波本，他想活捉宫野志保，但贝尔摩德在最后一节车厢*****，想要炸死宫野志保（炸弹是贝尔摩德找伏特加要的，安装在列车上，而琴酒想的是在车站下手）。列车到站之前，一个眼睛像赤井秀一的人用炸弹逼最后一节车厢停下，随后贝尔摩德启动了炸弹，最后一节车厢爆炸，工藤有希子的表现让贝尔摩德感到自己胜利了，宫野志保死了。然而贝尔摩德还是被柯南等人算计了——柯南在解决案件时发现基德在车上，于是以不把基德交给警察为条件要求基德扮成宫野志保去面对波本，而灰原哀被保护了起来，基德在车厢爆炸之前飞走了。不过贝尔摩德最后还是在车站发现灰原哀还活着（这段还揭露了，世良真纯是赤井秀一的妹妹），而安室透表示要重新调查赤井秀一的死。
警视厅的恋情发展，剧情揭示宫本由美的男朋友是将棋高手羽田秀吉，交警三池苗子的CP是警官千叶和伸。
安室透制造事件，从事件中套出了卡迈尔的话，发现赤井秀一很可能没有死，并且冲矢昴很可能是赤井秀一，于是亲自去工藤家面对冲矢昴，而另一群人则去追赶茱蒂和卡迈尔。不过此时柯南已经通过安室透的表现觉察出他的身份没那么简单，原来安室透本名降谷零，真实身份是日本公安派往黑衣组织的卧底，而追赶茱蒂和卡迈尔的是日本公安的人。安室透发现工藤家的冲矢昴不是赤井秀一，而赤井秀一出现在了茱蒂和卡迈尔的车上，并直面日本公安，还和安室透通了电话，原来他们虽然都是卧底，但有过节（日本公安还曾经有另一个卧底，代号苏格兰威士忌，简称苏格兰，苏格兰在身份暴露之时选择了自杀，这个时间点赤井秀一化名诸星大，也潜入了黑衣组织当卧底，且当时在场，安室透认为是赤井秀一害了苏格兰），而安室透想抓住赤井秀一，以此博得黑衣组织的信任，从而接近黑衣组织高层；赤井秀一则提醒他，不要把目标搞错了。之前的冲矢昴是赤井秀一假扮的，他在工藤家暗中保护隔壁的灰原哀，但这次出现在工藤家的冲矢昴是工藤优作假扮的。
波本篇后续剧情的最后，红方得到情报，代号朗姆的黑衣组织二把手出动了！漫画第898话（对应动画TV版第783集，拆分版第836集）波本篇结束，同时《名侦探柯南》又无缝对接地开启了朗姆篇。
朗姆的身份神秘，特征为独眼，其嫌疑人有警视厅的警官黑田兵卫（男，警衔为警部），柯南班上的副班主任老师若狭留美（女），毛利小五郎楼下的一家寿司店的厨师胁田兼则（男），三个人都似乎在试探什么。
一个神秘少女出现了柯南周围，她被某个人称作“领域外的妹妹”，简称“领妹”，她似乎想试探柯南，又似乎在回避柯南。
而与此同时，一个1997年就被作者埋好的伏笔（虽然读者怎么看都像是作者无意中翻以前的漫画，发现这是一个可以挖掘出来的点，于是就挖掘出来了）被挖了出来，柯南和灰原哀通过某个（一度被认为是非主线人物的）人注意到了一个17年前（指的是这件事发生在《名侦探柯南》的故事开始之前17年，不是说作者17年前创作的这件事，所以不要用公元2018年或其他年份减去17年）被黑衣组织害死的人（参见漫画第945——947话，动画TV版第849——850集，海外版第904——905集），他死的时候，一个叫浅香的可疑的人下落不明，他留的死亡讯息似乎指向浅香（参见漫画第948——950话，动画TV版第861——862集，海外版第916——917集）。
另一条主线，柯南变回工藤新一之后参加了帝丹高中的修学旅行，并赶在重新变小之前向毛利兰表白；但这次旅行工藤新一还活着的信息暴露了（参见漫画第1000——1005话）虽然工藤优作想办法将这件事压了下去，但朗姆还是注意到了；不过工藤优作随后发现了死亡讯息的真正意思——死亡讯息直指黑衣组织BOSS（参见漫画第1006——1008话）
安室透和冲矢昴的身份揭晓之后，水无怜奈给赤井秀一的手机发了朗姆（RUM）的信息，而朗姆是组织二把手，特征为独眼。朗姆的身份十分隐秘，有人说此人是一个大汉，有人说此人是一个女人，有人说此人是一个老头。
有一个叫黑田兵卫的人很可疑。他是警视厅的一名警官，警衔为警视，推理能力很强，且独眼，且他之前曾在长野县工作并跟柯南有接触，是朗姆嫌疑人之一。
世良真纯身边出现了一个被称为“领域外的妹妹”（简称“领妹”）的少女，推力能力很强且身手不凡，身份十分可疑，且她头发是金色的，长相跟灰原哀有几分相似。
世良真纯声称她有一个二哥，后来二哥的身份揭晓，是羽田秀吉，羽田秀吉有个叫羽田浩司的义兄，17年前去美国时卷入了一起案件，案件中黑衣组织杀害了美国资本家阿曼达休斯，并给羽田浩司灌下了A药，羽田浩司的名字出现在了A药死亡名单上（参见漫画第179话，动画TV版第129集，拆分版第138集）；案件之后阿曼达休斯的保镖浅香下落不明，且羽田浩司留下了疑似“浅香 朗姆”的死亡讯息，因此浅香十分可疑。
领妹身份揭晓，原来她是世良真纯的母亲，名叫玛丽，吃了A药变小了，现在隐藏着身份，正在想办法跟黑衣组织对抗。
赤井秀一、羽田秀吉、世良真纯的父亲叫赤井务武，十七年前疑似在跟黑衣组织的对抗中牺牲，随后玛丽、赤井秀一、羽田秀吉、世良真纯被送到日本保护了起来。赤井秀一为了调查父亲死因，去了美国，加入了美国国籍，并加入了FBI。赤井一家与英国关系密切。
一个叫若狭留美的女人到了一年B班当上了副班主任老师，并有意接触柯南和灰原哀，她看似冒冒失失，实则有不凡的推理能力，武功高强，还是独眼，她是朗姆嫌疑人之二。
毛利小五郎楼下的一家寿司店出现了一名叫胁田兼则的厨师，此人有意接触毛利小五郎；他有一定的推理能力，又是独眼，是朗姆嫌疑人之三。
黑田兵卫、胁田兼则似乎都认识若狭留美，而若狭留美和黑田兵卫疑似有过节。
帝丹高中组织修学旅行，柯南第五次恢复成工藤新一，参加了这次旅行，并向毛利兰表白，之后得到了毛利兰的回应；这次旅行遭遇案件，工藤新一参与了破案，并被媒体注意到，朗姆也发现了工藤新一可能还活着，于是催促安室透调查这件事，后来工藤优作和服部平次想办法把这件事平息了下去，但朗姆仍然不信（漫画中显示黑田兵卫、胁田兼则和若狭留美都看到了工藤新一活着的消息，且胁田兼则去了阿笠博士家，疑似试探，若狭留美则通过不明渠道看到了A药死亡名单，之后安室透收到了朗姆的邮件，邮件催促他调查工藤新一，随后工藤优作和服部平次把事情平息了下去，但安室透又收到了朗姆的邮件，再次催促他调查工藤新一）。
世良真纯发现了工藤新一变成柯南的情况，并告诉了领妹。
工藤优作夫妇回到日本，和赤井秀一商谈之后发现羽田浩司留下的死亡讯息不是“浅香 朗姆”，而是“乌丸”，由此可见乌丸莲耶是组织BOSS。工藤优作决定留在日本帮助柯南对抗组织。
安室透回忆起小时候的情况，原来宫野厚司是个科学家兼医生，和妻子宫野艾琳娜（剧情交代她是混血）开了一家诊所，宫野厚司想从事他的研究，但他们的收入不足以实现这一点，而此时乌丸集团愿意赞助宫野厚司，于是宫野厚司决定带着妻子和女儿一起投奔乌丸集团（这个时间节点是宫野艾琳娜怀宫野志保怀到三个月时，此外还有一个细节——宫野艾琳娜的姐姐说乌丸集团不可靠）。
安室透又发现了冲矢昴为赤井秀一假扮的线索，于是持枪上门，跟赤井秀一对峙，被工藤优作阻止。
截止到第1012话的主要剧情就是这些，次要剧情包括服部平次和远山和叶的恋情进展、高木涉和佐藤美和子的恋情进展、妃英理被绑架并威胁拍裸照（最终被柯南救下）等。
