【菜鸟博士学习】 File Conversion (Waters)总结

菜鸟博士Caesar

File Conversion (Waters)

1. Introduction 1. 引言¶
This page describes how you can convert raw data from Waters machines.
本页描述如何转换 Waters 机器的原始数据。
One of the most frequent questions from Waters users is if they can use MSe data for molecular networking. Bascially, MSe data is not available for classical molecular networking workflow, because it is a type of data-independent acquisition method so does not include precursor ion information. However, MSe data can be deconvoluted (currently MS-DIAL is the proper software for it) and applied to the FBMN workflow. You can find relevant information here.
Waters 用户最经常提出的问题之一是，他们是否可以将 MSe 数据用于分子网络。传统的分子网络工作流程基本上不能使用 MSe 数据，因为它是一种独立于数据的采集方法，所以不包含前驱离子信息。然而，MSe 数据可以去卷积(目前 MS-DIAL 是适合它的软件) ，并应用到 FBMN 工作流程。你可在此找到相关资料。
Currently, there are two different operating softwares for Waters machine, and they use entirely different file systems; thus, different data conversion pipelines are required.
目前，Waters 机器有两种不同的操作软件，它们使用完全不同的文件系统; 因此，需要不同的数据转换管道。
If you are using Waters machines operated by UNIFI software, see 2. How to convert UNIFI data for molecular networking
如果您使用的是使用 UNIFI 软件操作的 Waters 机器，请参阅2. 如何将 UNIFI 数据转换为分子网络
If you have .Raw data files acquired by MassLynx software, see 3. How to convert Waters .Raw files to .mzML
如果您有 MassLynx 软件获取的.Raw 数据文件，请参阅3. 如何将 Waters. Raw 文件转换为.mzML
2. How to convert UNIFI data for molecular networking 2. 如何将 UNIFI 数据转换为分子网络¶
UNIFI keeps spectral data in Oracle database architecture, so you cannot get your raw data by simple copy and paste. Thus, as a first step of data conversion, you should export your data as MassLynx .Raw files. It can be done throught the file explorer, as shown below. Right-click on sample dataset will open the dropdown menu.
UNIFI 将光谱数据保存在 Oracle 数据库架构中，因此不能通过简单的复制和粘贴来获得原始数据。因此，作为数据转换的第一步，应该将数据导出为 MassLynx。原始文件。可以通过文件浏览器完成，如下所示。右键单击示例数据集将打开下拉菜单。

Supported GNPS Workflow for Waters UNIFI Machines

There is a bug in the current version of UNIFI, so if you try to export DDA data as .Raw, precursor ion m/z values will disappear. Thus, as we know, the only option for building molecular networks with UNIFI-operated system is the MSDIAL-FBMN pipeline with MSe data. If anyone knows how to convert DDA data from UNIFI into mzML, let ue know.
当前版本的 UNIFI 中有一个 bug，因此如果您尝试将 DDA 数据导出为。原始的前驱离子 m/z 值将会消失。因此，我们知道，用 unifi 操作系统建立分子网络的唯一选择是具有 MSe 数据的 MSDIAL-FBMN 管道。如果有人知道如何将 DDA 数据从 UNIFI 转换为 mzML，请告诉我们。
If you open the exported .Raw files using MassLynx or other softwares, you will find that m/z values are weird. This happens, because Lockspray correction will not be applied to the exported .Raw files. Thus, Lockspray correction will be the next step of the conversion.
如果你打开了出口。使用 MassLynx 或其他软件的原始文件，您会发现 m/z 值很奇怪。这种情况会发生，因为 Lockspray 修正将不适用于出口。原始文件。因此，锁喷修正将是转换的下一步。
The Lockspray correstion can be done while you centroid your data, using MassLynx. UNIFI do not have any option for centroid mode acquisition, so your exported data will be continuum. You can perform both of centroiding and Lockspray correction via 'Accurate Mass Measure' module of MassLynx. You can find it here:
锁定喷雾相关可以做，而你的重心数据，使用 MassLynx。UNIFI 没有任何选项的质心模式获取，所以你的导出数据将是连续的。你可以通过 MassLynx 的精确质量测量模块同时进行中心定位和 Lockspray 校正。你可以在这里找到:

1. Select files by double-clicking, or Operations > Select. If you want to move to other directory, close the module window, and open any datafile in MassLynx. Then the working directory will be changed.双击选择文件，或操作 > 选择。如果要移动到其他目录，请关闭模块窗口，并打开 MassLynx 中的任何数据文件。然后，工作目录将被改变。

2. When files are selected, change the 'Process type' to 'Automatic Peak Detection'.选择文件后，将“进程类型”更改为“自动峰值检测”。

3. go to Parameters > Automatic Peak Detection Parameters, and select proper ion mode.点击参数 > 自动峰值检测参数，选择合适的离子模式。

1. Check the both options 'Set Peak Detection Paramters Automatically' and "perform Lock Mass Correction' on.检查两个选项“自动设置峰值检测参数”和“执行锁定质量校正”。

2. Put a proper Lock Mass m/z value into the "Lock Mass" window. If you are using leucine enkephalin, 556.2771 for positive ion mode, and 554.2615 for negative ion mode.在“锁质量”窗口中设置一个合适的锁质量 m/z 值。如果你使用亮氨酸脑啡肽，556.2771为正离子模式，554.2615为负离子模式。

3. Click 'OK' to close the parameter setting window, then click "Process".单击“确定”关闭参数设置窗口，然后单击“进程”。

Centroiding and Lock mass correction does not support multithreading, so this will take a long time. We recommend to run this on high-performanced workstations.
Centroiding 和 Lock mass correction 不支持多线程，所以这将花费很长时间。我们建议在高性能的工作站上运行这个程序。
When the processing is finished, you are ready to apply the files into the FBMN with MS-DIAL workflow. You can find detailed guideline here.
当处理完成后，您就可以准备应用的文件到与 MS-DIAL 工作流程的 FBMN。你可以在这里找到详细的指南。
3. How to convert Waters .Raw files to .mzML 3. 如何将 Waters. Raw 文件转换为.mzML¶
ProteoWizard msConvert has been updated several times, and the recent version resolved many problems known for Waters data conversion.
已经更新了好几次，最近的版本解决了 Waters 数据转换的许多问题。
Here is an updated version (with Proteowizard Release 3.0.21120) of the double-click converter we provided in our guideline. Convert files with 'Double-Click_To-Convert_waters.bat'.
这是我们在指南中提供的双击转换器的更新版本(具有 Proteowizard 版本3.0.21120)。用“双击 _ to-Convert _ waters.bat”转换文件。
There is a known issue on precursor ion m/z values when Waters .Raw data are converted to .mzML. The precursor ion fields of MS/MS scans will have m/z values of quadrupole isolation windows, instead of accurate mass values. Unfortunately, we do not have any solution for this issue. Thus, if you will use converted .mzML files directly for classical MN, remember that every m/z values are drifted from the original data.
前兆离子的 m/z 值是一个已知的问题。原始数据被转换为。mzML.MS/MS 扫描的前驱体离子场不再具有精确的质量值，而是具有四极隔离窗的 m/z 值。不幸的是，我们对这个问题没有任何解决办法。因此，如果您将使用。mzML 文件直接为经典的 MN，请记住，每个 m/z 值是从原始数据漂移。
If we will use the FBMN workflow, you can detour this issue by using .Raw files for MZmine processing, without converting them to .mzML files. However, the direct import of Waters .Raw into MZmine is not possible in MZmine ver 2.53 due to a bug; so try it with old releases.
如果我们将使用 FBMN 工作流，您可以绕道这个问题使用。用于 MZmine 处理的原始文件，无需将其转换为。文件。然而，直接进口的水。在 MZmine 的2.53版本中，由于一个 bug，不可能使用 Raw 进入 MZmine; 因此，可以使用旧版本进行尝试。