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SurePrint寡核苷酸文库——专属定制,百变应用

2023-05-12 10:10 作者:分子科普小feng子  | 我要投稿

Agilent SurePrint 寡核苷酸文库合成平台提供先进可靠的基于阵列的 DNA 合成。通过

利用 SurePrint 平台来改进 DNA 打印过程,能够为您的重要研究创建更长的寡核苷酸文库。高复杂度寡核苷酸库的高一致度合成可确保文库具有出色的保真度和完整呈现性,从而可改善功能性实验结果并缩短筛选时间。全面定制的超高质量寡核苷酸文库可与任何应用或实验方法兼容,帮助您更轻松地启动试验。

 

SurePrint文库制备工艺

● 基于SurePrint技术,使用ATCG四种碱基作为“墨水”

● 碱基均匀地沉积在特殊制备的芯片上

●在整个芯片上,寡核苷酸以一次一个碱基的方式堆积, 直到达到所需的长度

● 将合成好的序列从芯片上切割下来,混合、冻干后以单管形式提供

● Oligo文库可通过重悬、扩增,被应用于任何下游实验应用

图1. 安捷伦喷墨打印技术工作流程

文库质量

寡核苷酸文库的选择和设计,有多个参数需要考虑,其中最重要的两点:

1)保真度:直接涉及文库错误率(多少碱基出现1个错误):

图2. 通过MiSeq测序验证保真度,平均错误率1/2265

2)序列均一度:安捷伦DNA合成技术通过合理的算法保证所有序列分布均一,即使是合成序列非常复杂的文库

图3. MiSeq测序分析验证序列均一度

文库优势

● 一致、高复杂性、平行合成

● 行业领先的保真度和均一性

● 可为几乎任何应用或实验方法提供定制设计

● 最多可合成244,000 寡核苷酸

● 支持30-230 nt的寡核苷酸长度

 

百变应用

● CRISPR文库筛选:靶点发现、功能基因组研究


图 4. 安捷伦的大规模并行寡核苷酸合成平台是获得 CRISPR 文库的基础。此外,还提供多种多样的仪器和试剂帮助您获得理想的 CRISPR 筛选结果


● 蛋白质设计:一种了解蛋白质工作原理的创新方法

美国华盛顿大学David Baker团队使用SurePrint 230bp oligo文库设计针对目标蛋白的迷你粘合剂(minibinder)肽序列,用来高通量筛选最合适的序列。Dr. Coventry认为安捷伦是帮助科研工作者通往真实世界的大门,在安捷伦提供寡核苷酸文库之前,他所做的工作都是停留在电脑端、不真实的。在使用安捷伦寡核苷酸文库后,团队先后设计和表达了数百万种蛋白质。

图5. 数以百万计的蛋白质实验表征和优化步骤[1]

● 突变发生

● 酶工程

● 基因组装

● 疾病治疗和测试

● 大规模平行报告分析(MPRA) 

● 合成生物学、生物传感器

● DNA数字存储

● 传染病研究

● …………

更多精彩应用,期待您的探索发现~

Reference:

[1] Cao, L., Coventry, B., Goreshnik, I. et al. Design of protein-binding proteins from the target structure alone. Nature 605, 551–560 (2022). https://doi.org/10.1038/s41586-022-04654-9

 

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