如何快速掌握一个生物软件

用过很多生物类软件，有做结构对接的，删除冗余序列的，序列比对，进化树构建，分子模拟，结构展示等等，不管是windows系统还是Linux系统的软件，接触到新软件，从安装到应用，用多了，就觉得都是一个套路，每用到一个新软件，我都会把它的使用教程写下来，如果罗列这些教程，对大家用处不大，毕竟每个人做的领域不同，我用的，不一定是你需要的，因此就写个基本适用于所有软件的教程吧，“授之以鱼不如授之以渔”

1.软件查找：当你想解决一个问题，期望可以找到相关的软件来帮你，建议先简单百度一下，虽然百度简单好用，但专业的信息还是很少，推荐用Google查找专业问题，然后去NCBI pubmed里找文章，发过文章的软件更靠谱，看看这个软件是否被多个文章引用过，生物软件林林总总，难免会有“浑水摸鱼”的，做好前期的调研工作，后期才不用返工重做，比如你用了一个冷门的软件，就可能会被审稿人质疑你结果的可靠性，这一步软件的调研，选择哪个软件还是至关重要的。

2.软件下载安装：下载软件就不用说了，软件安装，如果是Windows系统大家很熟悉，Linux系统如果比较生疏，也无需畏惧，软件包里一般都会有一个install/read me文件，安装步骤写得很详细，如果出现意料之外的bug，建议Google搜索你出现的bug，我每次都是这样解决的，要坚信，没有安装不上的软件。

3.软件使用：一般软件的官方网站上会有教程，但都是英文的，初看会比较费时费力，所以我都是先百度查找看看有没有人翻译过，或写过这个软件的中文教程，有的话就对照着和英文一起看，没有的话就只能硬着头皮看英文的了，使用中如果遇到问题，比如一直报错，又在网上查不到解决办法，建议你给软件开发者发Email，我之前有过几次这种情况，对方非常耐心且热心的告诉我原因和解决办法，有一次我用一个序列分析的软件，结果总出错，实在没办法，就给软件开发者发了邮件，他告诉了我这样的bug可能是因为输入文件中序列名称包含了”-”，按照他的说明，我做了修改，果然运行成功了，软件官网上都会有咨询软件问题的Email。

另附几个对大家可能有用的网址：

信号肽预测：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

分子量，静电荷计算：http://protcalc.sourceforge.net/

双系统安装教程：http://www.360doc.cn/article/7845658_525119337.html

画进化树：https://itol.embl.de/