湿实验大盘点，助力您的生信分析文章档次提升，快快收藏！

小云：师兄，就上次那篇纯生信分析的文章，这都投出去一个月了，我都有些不敢登邮箱了。。。今天审稿意见终于回来了，审稿人让我补充实验，悲伤，该补什么实验？补多少实验了？又需要请你出山，指导下小师妹了。

胖师兄：没事，这算常规操作了，我收到的好人卡比这种审稿意见还多，你看我这不也挺过来了，慢慢你也会习惯的，哈哈哈。说起数据分析+验证试验，这就是我们常说的“干湿结合”了。其实这个“干湿”之间的关系和“阴阳”之间的关系有点相似，所谓“阴阳”即表明两者之间是一种此消彼长的动态平衡状态，也就是既对立又统一的关系。。。

小云：师兄，我是请教你文章的事情，也不是来找你算命，你这边说边摇头、悠闲自得的样子，我都快急死了。

胖师兄：好好好，不扯了，说结论，我的意思是生信分析需要用实验来论证结论，实验可以用生信分析来拓展和拔高，两者可以很高的整合。具体到“干湿结合”来说，第一条，通过数据库进行验证，比如将数据集分为筛选数据集和验证数据集，或者将GEO与TCGA数据集进行相互验证。当然，严格意义来说，这个算不上是湿实验，毕竟没动手做实验，手也没有湿，但确实是性价比非常高的方法，能够自成体系且达到验证的目的，毕竟我也算是验证了，能够堵住部分审稿人的嘴（见下图，训练集VS验证集），特别适合那种收集样本实在困难的情况。

小云：哦，这个办法确实好，不用做具体的实验，还是比较方便的。那如果审稿人还是不认可，一定要让做实验了？

胖师兄：嗯，那就到了使用情况最多的第二条，基因表达量验证，包括对临床样本、细胞/动物样本中筛选出的关键基因（hub基因或者通路基因）进行qPCR（mRNA/基因表达）、WB/IHC/IF（蛋白表达）等检测（见下图）。这里面，大部分“干湿结合”的文章，湿实验一般都是做到这一步。具体使用临床样本还是细胞/动物样本，取决于样本获取难度以及数据集中所使用的的样本类型，通常是需要保持样本类型一致的。

小云：哦，那湿实验是不是做到这一步基本就够用了？

胖师兄：嗯，大部分情况是这样，那如果继续做，那就是第三条，基因功能试验，包括在体外（细胞系）、体内（一般是动物模型）中进行目的基因的敲低/过表达，进而检测细胞表型（增殖、凋亡、侵袭、迁移、克隆形成、细胞周期、特定分子指标变化等）和动物表型（疾病指标变化）（见下图）。如何选择实验对象和检测指标，取决于实验条件（是否有细胞/动物模型）、经费和研究关注点等。

小云：啊，原来可以做这么多内容。那做到这一步总该可以结束了吧？ 

胖师兄：哈哈，我们还可以再推荐一步，第四条，验证了基因功能之后，探讨基因发挥功能的分子信号通路或者说是分子机制，这就算是终极目标了。原则上，我们可以在上一步实验基础上，从体内、体外去检测一些热门信号通路，但是更简单粗暴，且成功率高，性价比高的思路，是做完基因敲低/过表达之后，再做一个转录组测序，哪个通路有差异，就找哪个通路，比我们一个个通路去试错，其实效率更高。比如下图，CPEB3过表达细胞株VS 对照细胞株的转录组测序。

小云：师兄，我真是佩服你可以把一件事情能这么有逻辑的理出这么多条目。那我现在可以按照你这4条，结合我自己的样本、经费和预期IF情况，来选择适合我自己的湿实验内容了。

小云有话说

理论上，“干湿结合”是属于政治正确的事情，但限于湿实验的周期、成本和风险等因素，基于文章发表等实操层面的考虑，性价比更高的方式依然以实现纯数据分析就能发表文章，而这也正是我们擅长的内容。我们通过最大限度的整合公共数据、选择更好的分析角度、提供更完整的数据分析思路，以最大限度的利用数据分析“短、平、快”的优势，助力您的文章发表。有需要的读者，快来咨询小云吧！