免疫沉淀（姊妹篇）：常见问题&解决方案

免疫沉淀技术可以与基因组技术、放射同位素技术、聚合酶链式反应、免疫印迹等实验方法相结合，对较复杂的蛋白质与DNA/RNA的关系和定位提供非常好的解决方法。先了解这几种方法的区别：

当然，再结合其他技术还可以衍生出更多的技术，本篇先来剖析一下染色质免疫沉淀（CHIP）。

染色质免疫沉淀 (ChIP) 是研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。其原理是在活细胞状态下固定蛋白质-DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段。后期通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。

应用：ChIP可以用来检测体内反式作用因子与DNA的动态作用，还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。而且，ChIP与其他方法的结合扩大了其应用范围：ChIP与基因芯片相结合建立的ChIP-on-chip方法已广泛用于特定反式因子靶基因的高通量筛选；ChIP与体内足迹法相结合，用于寻找反式因子的体内结合位点；RNA-ChIP用于研究RNA在基因表达调控中的作用。

操作也可以很简单

1

甲醛处理细胞

2

收集细胞，超声破碎

3

加入目的蛋白的抗体，与靶蛋白-DNA复合物相互结合

4

加入ProteinA，结合抗体-靶蛋白-DNA复合物，沉淀

5

对沉淀下来的复合物进行清洗，除去一些非特异性结合

6

洗脱，得到富集的靶蛋白-DNA复合物

7

解交联，纯化富集的DNA-片断

8

PCR或基因芯片分析

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勤勤恳恳，辛辛苦苦操作了老半天

翘首以待实验成果

然后有人欢喜有人忧

怎么把“惊吓”变成“惊喜”

this is a question

只要找到破解方法，

所有的问题都不是问题！

今天我们就来一一击破

免疫沉淀系列实验中那些揪心的问题。

1 WB结果背景高且不均匀

2 WB结果信号弱或无信号

3 杂带较多/特异性条带异常

如果你的WB实验出现了这些问题，

这些方案供你参考，

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问题多，方法更多。

小编更希望你们实验开挂，这些问题统统木有！