【ROSALIND】【练Python，学生信】20 计算多肽链的质量

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题目：

计算多肽链的质量

Given: A protein string P of length at most 1000 aa.

所给：一条不超过1000 aa长的氨基酸序列P。

Return: The total weight of P. Consult the monoisotopic mass table.

需得：P的质量，参考单一同位素质量表。

测试数据

SKADYEK

测试输出

821.392

背景

氨基酸在形成多肽链的时候，每形成一个肽键，就需脱去一分子水，即含n个氨基酸的肽链脱去n-1分子水。氨基酸脱水后称为残基。肽链的质量为每个残基的质量加上一分子水。

自然界中各元素存在稳定同位素，单一同位素质量是用最主要的同位素质量计算得到的。质量的单位是Dalton（Da），定义为C-12原子核质量的十二分之一。

在本题中为了简化问题，假设多肽链来自蛋白中部，全部形成残基。在实际应用中这种假设很实用，因为常用串联质谱进行研究，需要将蛋白质先打碎成肽段，再进一步碎裂。

思路

由于不用考虑肽链两端未脱水的氨基酸，所以只用把所有残基的质量相加即可，用字典可以很容易的实现质量的查询。

代码

mass_table = {

    'A':  71.03711, 'C':  103.00919, 'D':  115.02694, 'E':  129.04259,

    'F': 147.06841, 'G':   57.02146, 'H':  137.05891, 'I':  113.08406,

    'K': 128.09496, 'L':  113.08406, 'M':  131.04049, 'N':  114.04293,

    'P':  97.05276, 'Q':  128.05858, 'R':  156.10111, 'S':   87.03203,

    'T': 101.04768, 'V':   99.06841, 'W':  186.07931, 'Y':   163.06333

}

f = open('rosalind_prtm.txt', 'r')

seq = f.read().replace('\n', '')

f.close()

i = 0

mass = 0

while i < len(seq):

    mass = mass + mass_table[seq[i]]

    i += 1

print(round(mass,3))