紧跟热点！细胞花式死亡中PANoptosis（广泛凋亡）相关的生信分析文章已经发表了

PANoptosis（广泛凋亡）是什么？

PANoptosis相关的生信分析怎么做？

    这篇文章统统告诉你！

小云小云，听说你们公司开了一个新的培训课程？细胞死亡相关的？

你的消息还挺灵通，是线粒体与细胞死亡相关的培训课，不得不说细胞死亡的方式还真的多，除了单一的死亡方式，最近还出了个组合式死法，叫PANoptosis（广泛凋亡）。

这是什么？为什么叫组合式死法？

是在2019年提出的广泛凋亡PANoptosis的概念，定义为一种炎性程序性细胞死亡途径，由广泛凋亡复合体（PANoptosome）调控，这种死亡方式同时具有细胞焦亡、凋亡和坏死性凋亡的关键特征。这不就是三种死亡方式的组合嘛

哦哦，那这个方向研究的多吗？

从2019年提出后，以每年大概20篇的数量增长，目前发现广泛凋亡与许多疾病密切相关。而且我最近发现了一篇广泛凋亡相关的生信分析文章！这不也是一个不错的分析思路吗？趁着现在文章还不多，想研究PANoptosis（广泛凋亡）的要抓紧哦！

有同学要问了：那我咋想不到呢？小云帮你想啊，我们这里有超多的个性化、创新性高的分析思路，任你挑选！

听着还不错，那具体怎么分析呢？分析完还能接着往下做实验吗？

当然可以，生信分析就是为我们提供课题思路的有力工具，我就以最新的这篇PANoptosis（广泛凋亡）的生信文章为例，给你讲讲怎么做吧。

这是今年5月份发表的5分+的文章，题目是：PANoptosis（广泛凋亡）相关LncRNA-miRNA -mRNA网络分析揭示LncRNA SNHG7参与结肠腺癌（COAD）的化疗耐药。

作者用的到数据就是TCGA和GEO中结肠腺癌的数据，我们重点看一下分析用到的14个PANoptosis（广泛凋亡）相关的基因，这些基因主要是广泛凋亡复合体（PANoptosome）组分的基因，通过查阅文献获得相关基因。

作者从TCGA和GEO数据库中获取结肠腺癌和转移性结肠癌的转录组数据。分析差异表达基因。同时对14个广泛凋亡相关基因进行了单基因相关分析，以确定广泛凋亡相关的lncRNA，然后与TCGA和GEO数据的差异基因共同分析，得到9个lncRNAs，这些lncRNA是与结肠腺癌（COAD）转移和PANoptosis相关的lncRNAs。

图1. 筛选结肠腺癌中广泛凋亡和转移相关的lncRNA

接下来的分析思路都比较常规，并不复杂，可以看一下文章的分析流程图（图2）。针对这9个lncRNA构建lncRNA-miRNA-mRNA网络，对lncRNA相关mRNA进行功能富集分析，使用单样本基因集富集分析（ssGSEA）方法来分析lncRNA表达与免疫细胞浸润的相关性分析。通过多因素Cox分析发现1个lncRNA (SNHG7)与结肠腺癌的预后显著相关。随后的分析显示其表达与肿瘤分期和淋巴结转移有关。此外，药敏分析和体外细胞实验表明lncRNA SNHG7参与了结肠腺癌COAD的化疗耐药。

图2. 分析流程图

这篇文章就是广泛凋亡的生信分析思路，通过生信分析筛选出与广泛凋亡相关的lncRNA后，可以以此为基础设计后续的实验内容，比如设计一个“lncRNA通过广泛凋亡影响肿瘤的生长、转移和化疗耐药”的课题思路。做完生信分析，除了发篇生信文章，连后续的课题思路都有了，是不是性价比很高？如果对广泛凋亡感兴趣的话，欢迎咨询小云哦！