建筑工程企业发票缺失、税负重的具体的原因有以下3点：

建筑行业是我国国民经济的基础性行业，解决了很多劳动力的就业问题。但是建筑行业的业务流程是繁多而复杂的。涉及到的项目也非常的广泛，同样建筑企业涉及的人员构成复杂，那么就会面临缺成本票的严重问题。具体的原因可以归纳为以下三个：

1、企业在购进材料的时候，供应商为一些小商户或是个体经营者，不能开票或者不愿意开票，导致企业缺失大量的票据，导致企业利润虚高，背负高额的税负。

2、建筑行业难免的会涉及都设备的使用，一般情况下这些设备价格高昂，那么就会涉及到租用设备，同时还会涉及到运输的设备，这类又多为个体或是个人所有，正常情况下个人不具备开票的能力，或者不愿意提供票据，从而导致企业的缺票问题十分严重。

3、建筑企业规模大涉及的项目比较的多，人员流动巨大，企业的支出巨大劳务费用，难以取得对应的发票。

建筑工程企业发票缺失、税负高，有以下3种解决方案：

1、自然人代开；

个人给建筑公司提供劳务服务、居间服务、工程设计服务、以及其他个人业务等，和公司签订协议，自然可以到税局申请代开发票。一般情况下是需要按照20-40%的劳务报酬所得预扣预缴个人所得税，次年再合并到个人的综合所得汇算清缴，如果在个人工资不是很高的情况下，大概率是会退税的。

而如果在税收优惠园区所在地税局申请代开发票，可以按照个人生产经营所得进行核定，综合税负不超过3%。最快当天即开具发票并交税，有完税凭证，次年也需合并到个人综合所得汇算。

2、个体户、个人独资企业的核定征收；

对于部分无票支出的业务，可以进行合理分拆剥离，在税收优惠地园区设立个体工商户或个人独资企业来进行合理外包承接。因为个体户、个独企业这类市场主体组织形式的特殊性，没有25%的企业所得税，仅需要增值税和个税，一些地区个税还可以采取核定征收的方式。个税核定为1-1.5%，综合税率1-2.5%，完税之后，即可合理的公转私。

例如一家核定个体工商户，分包了450万的业务，按照税负2.5%完税，450万*2.5%=11.25万。（这里包含了增值税、个税、附加税等）

3、有限公司的税收优惠；

另外针对建筑企业大量缺进项，增值税过高的部分业务，可以通过在税收优惠园区内设立一家新的公司来分流业务，例如建筑工程项目管理、、工程设计、材料采购等贸易、以及建筑劳务等业务板块，正常经营纳税，享受地方财政的对企业的不同比例的财政扶持奖励。

除此以外，部分地区还有针对有限公司的视同核定方式，增值税享地方扶持一定比例返还，企业所得税和个税视同核定综合不超3.5%。

以上的3种方式，需要结合企业的实际状况，可酌情选择使用。