肿瘤耐药做生信还只会药敏性分析？9分+创新性思路帮你解决找不到耐药公共数据的难题
粉丝小Q：上期听了你们肿瘤复发转移与耐药的培训班，收获满满啊！我想做肿瘤耐药的生信分析，可是我想做的癌种没有耐药相关临床样本公共数据，这该咋办？只能做一些药敏性分析了吗？
小云：这种数据确实比较少，一般如果没有耐药和敏感对比的临床样本公共数据集的话，大部分就是最后做一下药敏性分析，但是这样研究的主体就不是耐药了。
粉丝小Q：哈？那怕是不行啊，老板要求做得耐药方向，还有什么新思路推荐吗？
小云：摸摸头，不要捉急，您的问题确实也是想做肿瘤耐药生信分析朋友面临的一个困境，小云再去找找新思路，等我公众号分享吧！‘’
有付出还是有收获滴，不枉我在pubmed中泡了那么久，还真找到了1个能解决这个困境的思路：
那就是“用耐药和敏感的亲本细胞样本对比数据筛选耐药相关基因，将这些耐药基因作为一个基因集合，与GEO或TCGA临床队列得到的差异/预后基因取交集，得到耐药相关差异基因，然后就可以往后进行各种常规分析了”。耐药细胞的公共数据比临床样本的要多一些，这样就能解决一些癌种找不到数据集的难题啦！
研究背景
目前，EGFR-TKI治疗是肺腺癌的一线治疗(LUAD) 患者。虽然 EGFR-TKI 一开始取得了很好的效果，但大多数 LUAD 患者最终获得了耐药性。EGFR-TKI 耐药性的发展被广泛认为与肿瘤免疫逃逸、侵袭性肿瘤生长和转移有关。许多研究都集中在耐药相关基因对 LUAD 进展和治疗的影响，但很少有研究TKI 耐药相关差异表达基因（TRRDEGs）在预测 LUAD 患者预后和临床病理中的作用。因此，迫切需要阐明 LUAD 中 TKI 抗性和免疫之间的潜在关系，以确定更有效的治疗策略。
数据来源
研究流程及主要结果
通过分析吉非替尼耐药LUAD细胞GSE数据集中基因芯片表达数据筛选吉非替尼（典型TKI）耐药相关DEGs（GRRDEGs），并进行聚类分析、功能富集分析。接下来，将 TCGA 数据库中与 LUAD 预后相关的基因与选定的 GRRDEG 取交集获得预后相关GRRDEGs。对 61个预后相关GRRDEGs 进行多变量回归分析建立基于3个基因的预后模型，进行生存分析和预测性能评估并构建列线图。基于预后特征进行功能富集和免疫浸润分析，以及对化疗和靶向治疗反应预测（生信part：也可单独成文）。最后通过实验证实了FSCN1促进了 LUAD 进展的功能和通路（实验part：包含功能和一点机制，可继续深入做课题）。
文章小结
看完思路有没有觉得豁然开朗呢？不用再为没有耐药临床样本数据集发愁了，只要能找到耐药的细胞样本公共数据集，与GEO/TCGA临床队列一关联，照样可以就可以构建预后模型。
9分+的生信+实验，生信部分亮点在于筛选的预后相关耐药差异基因，换个癌种，只要能找到细胞数据集就能复现思路，生信分析也可单独成文（很多癌种受数据集限制不好做耐药生信分析，所以用这个思路的创新性也很不错哟）。
实验部分可以继续延伸作为大论文或者基金项目课题，一个思路解决文章和课题，绝绝子！
选分析方向可以从最新发表文献入手，当然最便捷的方法当然还是持续关注小云公众号中的生信思路推荐，想定制创新性思路欢迎直接call小云。
