以太（Ethereal）生物 Shamash 在XCOM的实验室醒来后，被 Asaru 附身的卡特（Asaru 在其运送的公文包中，并在卡特被外星人袭击时意外逃逸）逃出生天并加入XCOM。经过一系列调查与战斗，XCOM终于发现了外星人的母舰，驾驶已改造完毕的复仇者号展开最终决战。

Asaru 在终局会重新选择附身到卡特、威尔博士还是韦弗特工身上（技能会随之保留），随后他们逃出了复仇者号的X Site，计划突袭 faux-以太起源（Origin）母舰。Asaru 声称只要它能连接到母舰核心（Mosaic Core）就能击溃并删除Origin。当敌人潮水般涌入之时，被附身者利用 Asaru 的力量命令所有外星人止步，并抹消了剩下的Origin。根据被附身者的选择，有如下分支结局：

韦弗特工

命令全部外星人自尽（这几乎使外星人灭绝），使母舰掉入地球大气层并摧毁，安乐死全部梦游者，知情者击毙或强迫其加入XCOM。大多数外星人设施被毁灭（甚至使用核弹），残留的外星人设施及物品被封锁以进一步研究。以太在命令外星人自尽后断开了与人类的连接。

福克局长

命令全部外星人止步后，拆解全部外星人设施，使母舰解除护盾后掉入大气层（保留了部分残骸）。之后与韦弗特工做的类似，但梦游者被留下继续接受医疗护理。以太也在灭绝外星人后断联了

True End 威尔博士

命令全部外星人投降，拆解全部外星人设施以换取它们的自由。遗迹和武器保留下来以供研究。世界重建后将母舰控制权归还给Zujdari并允许它们离开地球寻找新的家园。研究Mosaic发现梦游者能通过操控这个核心来治愈，被治愈后的人会失去这段时间的记忆。以太在外星人离开地球后断联。

剧情猜测

三个结局中外星人科技都被保存下来研究，但科学家并没有足够的外星合金以供测试（Seed 技术生成的基地没用外星合金）。这可能就是重制版正传中一开始还用实弹武器，获得外星合金之后技术力突飞猛进的原因。

正传系列中的 Elerium 元素在正传开始时就有出现，地球上保存了大量的 E 元素矿藏但几乎无法采集，当时的科学家还在研究。也许在前传结束后相关计划就被封存了。

外星人可能有机械陪伴生物，但没有狗，因此被问到狗叫时很难正确模仿，而是“会发出机械包覆的、大小和形状接近狗的生物的叫声 goff goff”。

根据游戏内文件，外星人可能有自己的信仰，“...或者对‘在上帝之下’这句话感到不适的迹象...”，有可能是受心灵软控的影响。Mutan 突变者的部落信仰也可能在这种控制下被扭曲成对 Origin 的忠诚。正传DLC中的EXALT可能继承了这一信仰，最终战从他们基地搜出大量信仰物。

XCOM1中出现的短距传送装置（传送电梯）在前传就已经出现了，但人类无法操控，或者不知道如何操控，因为梦游者可以正常使用。

前传末尾夺取并改造的复仇者号应该就是XCOM2的基地，这也能解释为什么开始时里面净是废墟，因为复仇者号在最终战中受到很大损伤。

前传中提到并见到了外星人的“种子”技术，通过一个装置可以吸收周围物质并生成基地。XCOM2中的外星模块化基地风格与前传基地类似，可能也有种子技术参与。

XCOM2的迷失者丧尸在前传应该是梦游者，对指定目标高度可控，非指定目标会重复行为，或聚集到指定地点。根据梦游者会聚集到外星塔并被成箱带走的特性，外星人很有可能根据这次入侵获得的实验数据才下决心发动“第一次”地外战争。但前传中的感染是通过水源传播的，XCOM2中则显示外星人投下了一个散发雾气或射线的装置。

重制版正传系列的指挥官可能是被Asaru附身的个体，详见其他文章。