欢迎光临散文网 会员登陆 & 注册

【网络药理学】一、药物靶点筛选

2023-02-27 17:19 作者:智霸忠缘  | 我要投稿

一、药物靶点筛选

1.主要常用数据库

(1)TCMSP(https://old.tcmsp-e.com/tcmsp.php)

①在搜索框选择搜索类型,并输入所需搜索的内容。(例:Rhamnocitrin)

②点击搜索的药物或成份。

③“Related targets”即为筛选出的相关靶点。

④依次点开筛选出的相关靶点,以“Target name”为搜索词,前往Uniproy网站(https://www.uniprot.org/)翻译基因名。

⑤在左侧选择Human,第一行Gene Names的粗体即为所需基因名。(例:NOS2)

⑥将所有翻译后的基因名整理进EXCEL备用。

(2)ETCM(http://www.tcmip.cn/ETCM/index.php/Home/Index/index.html)

①搜索药物或成分。

②点击搜索出的药物或成分。

③将Candidate Target Genes中的基因复制到EXCEL备用。

(3)Pubchem(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)

①搜索药物或成分。

②点击搜索出的药物或成分。

③在“Chemical-Gene Co-Occurrences in Literature”栏目下点击“View More Co-Occurrence and Evidence Data”。

④右键基因,点击“在新标签页中打开链接”。

⑤将基因名复制到EXCEL备用,其他基因同上。

⑥复制“Canonical SMILES”栏目下的分子式,备用。

(4)Swiss Target Prediction(http://www.swisstargetprediction.ch/index.php)

①选择“Homo sapiens”,在下方搜索框中粘贴在Pubchem中复制的分子式,按回车键。

②点击导出EXCEL。(如图中红框)

③打开下载好的EXCEL文件,将Common name下的基因复制到EXCEL中备用。

2.其他数据库

(1)HERB(http://herb.ac.cn/)

(2)HIT(http://www.badd-cao.net:2345/)

(3)SymMap(https://www.symmap.org/)注:有时能打开,有时打不开。

(4)STITCH(http://stitch.embl.de/cgi/input.pl?UserId=Wf0i71NrGUrm&sessionId=RWKdhm1uKaf9)

(5)NPASS(https://bidd.group/NPASS/index.php)

(6)BATMAN-TCM(http://bionet.ncpsb.org.cn/batman-tcm/)



【网络药理学】一、药物靶点筛选的评论 (共 条)

分享到微博请遵守国家法律