个人学习记录：叶绿体注释在线网页Geseq和CPGAVAS2的试用，以及用geneious软件注释

总结：PGA相较于这三种方法，有着批量处理、有log文件方便后期修正和结果检查等优点，缺点是可视化程度低，命令行操作新手不友好，而且可能会导致不熟悉软件特性的新手小白不可挽回的失去本地文件（哭了，删的可快了，还不进回收站的那种删）。实际使用的话，可能结合起来对比一下注释结果然后有所取舍会好一些，但是PGA还是学一下怎么用比较好。

网页都是可视化了的，选项照着点就行了，操作上比较直观，应该没有什么难度。

GeSeq：https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/geseq.html

似乎没有什么特别需要讲怎么操作的，最基础的操作是一样的，目标序列和参考序列喂进去然后得到结果。

值得一提的是，最后运行返回的结果很多但大多用处不大，相对于PGA来说，首先它不回去动你的本地文件，其次会给你一个注释后的图（实际上这个图用处也不大）。但是没有log文件，不能方便的检查注释存在的问题，之后的矫正工作会麻烦一些。

GeSeq在你提交后会有状态显示，显示finished就可以下载了（实际上没显示finished的时候也可以下载，但下载的只包括下面标签显示的那些文件），我试了几次，运行过程中都显示Status：busy，也不知道是用的人多还是就是运行中的意思，总之花的时间比GPA要多很多。

CPGAVAS2:  http://47.96.249.172:16019/analyzer/annotate

界面比较直观，操作也很直接，没有什么特别需要介绍的。

提交后跳转到如图的提示页面，等一会儿就可以把项目id在下面提交就可以看结果了，最下面会有打包下载，速度比较快，效果也不错，不过也没有PGA那样的log文件。

接下来试一下geneious ，操作比较简单，个人感觉相对于之前所有的方式都更直观，geneious是付费软件，但是有14天的试用期，试用期内所有功能都可以用，因为我之前试用期过了，我现在只能先用破解的旧版学习（做项目或研究的话还是尽量用找老板买个正版比较好，算是对开发者的尊重吧）。

新建文件夹，导入目标序列和参考序列（利用PGA里面的例子来试试）。

1. 选中目标序列  

2. 点带问号的那个箭头

3. 勾选Annotate from···，然后点下面的Source：选择参考序列所在的文件夹，我们选择导入了两reference的文件夹ref（2）【可以放多个参考序列，括号里面的数字显示里面的项目数】，点OK

4. 这时候就已经开始注释了，但是结果不会很好，因为similarity设置的是100%，毕竟不是同一个物种，序列有差别很正常，适当调低，进度条满了后再点apply就好了

5. sequence 里面点成环，完成

整体来说比较简单直观，但是结果可能并不一定最好。