国自然和SCI实验设计的必备技能：快速查询基因和通路的关系！

       最近在整理大家留言时，小薇发现，偶尔会有小伙伴在做国自然和SCI实验设计时，会因为不确定某个基因和某个通路的关系而无从下手。

今天小薇就给大家提供一个可以快速查询基因和通路关系的方法，可以一定程度上节省大家的试错成本，有需求的小伙伴们快看过来哦~

#01

首先我们先打开GeneCards(www.genecards.org/)并检索目标基因，以FOXP2为例，在检索结果中选择pathways进行快速定位后可以查看与该基因有关的

通路。

#02

如果想要研究的目标通路不在列表中，我们还可以进一步探究候选基因和目标通路内的基因之间的关系。为了节省时间，我们可以从GeneCards首页中快速跳转至PathCards，对目标通路进行检索（以MAPK信号通路为例），并获取参与目标通路的所有基因列表。

#03

接下来我们打开STRING数据库（https://string-db.org/），将FOXP2和上面的基因列表输入，分析完成后下载结果文件，在Excel中筛选与FOXP2互作的蛋白。

#04

如果还想探究候选基因和目标通路中的基因在某个肿瘤中的共表达关系，我们可以借助cBioPortal数据库（www.cbioportal.org/）。选择想要分析的疾病队列（以乳腺癌的TCGA

队列为例），并输入候选基因后，点击Co-expression模块获取基因的共表达关系。在结果列表中，我们可以选择下载数据，并在Excel表格中筛选目标通路中的基因共表达关系，并根据需求设定相关系数的阈值。

在本示例中，我们以p<0.05和r>0.5为阈值，在乳腺癌中筛选到与FOXP2共表达的MAPK通路基因共8个。

看到这里大家是不是觉得了解基因和通路的关系也并不复杂，除了检索文献外，花几分钟在数据库中进行查询，也可以获得不少有价值的数据。

小伙伴们还不快学起来，有实验设计需求时会更得心应手~小薇也欢迎大家多多留言和私信有关生物、医学科研的任何疑惑，我们会及时为大家答疑，并且汇总一些共性的问题进行分享哦！