linux 003

理解基本内容之后就是使用，每遇到一个，就把他记住，坚持半年再来看

以下是文本处理相关内容

一、三驾马车

https://mp.weixin.qq.com/s/w1nGKH-_hv5YSmAcRQFIcA

grep -f ：将id中的内容在info中查找

grep -c：将结果进行wc

grep -w：必须一样的，不模糊

grep -v：反选

二、马哥linux及练习题，来自生信技能树

如果只是生物信息学需要，请不要全部看完，太复杂了，看第2~9章节即可。 https://www.bilibili.com/video/av40331948/ 就是到P30即可，视频可能难度超纲，毕竟是程序员的知识点。

其实你应该是学习的是我的生物信息学之linux，视频链接在 https://www.bilibili.com/video/av28813815 学完应该可以完成 LINUX的练习题：

最低要求是完成我的 linux 20题 http://www.bio-info-trainee.com/2900.html

其次完成生物信息学数据格式的习题(blast/blat/fa-fq/sam-bam/vcf/bed/gtf-gff)，收集这些格式的说明书。

fasta和fastq格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3575.html

sam和bam格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3578.html

VCF格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3577.html

三、sort 

1、sort -u：去重

cut -f1 gtf | sort -u

2、-k field1[,field2] 按指定的列进行排序

四、paste

awk '{print $1}' tmp | paste -s -d + | bc

-s是把列放在一行，默认用    分隔

bc为任意精度算术语言提供解释器。BC的含义是：Binary Calculator，用于实现任意精度计算（往往是高精度计算），如echo 2*2|bc

四、查看使用命令的频率，并排序

history | awk '{print $2}'|sort |uniq -c|awk '{print $1"\t"$2}'|sort -k 1,1 -n

五、Tee是Linux命令，用于显示程序的输出并将其复制到一个文件中

六、查看系统版本： cat /etc/issue

https://blog.csdn.net/suma110/article/details/54382862