个人电脑安装最新版Alphafold2完整版

     现在是2023-9-11，个人电脑是可以配置Alphafold最新完整版的，不过对计算机还是有要求的，不过也不是太高。在之前个人电脑是没有办法安装的，因为需要100GB显存，这个在个人电脑上无法达到，即使3090双卡，也只有48GB显存。不过由于Alphafold代码的更新，目前可以实现预测多长的氨基酸序列，就用多大的显存。

要求配置

硬件:

CPU: 8核心以上。

显卡:  推荐Nvidia 显卡 ，（8GB显卡最多可预测700个氨基序列的蛋白质，显存越多，可预测蛋白质残基序列越大。如果你预算有限，平时简单只跑一些Alphafold，做一些深度学习，动力学模拟的话，4060ti倒是个不错的选择，因为它有16GB显存，而且不贵。）

内存:   32GB内存，第一次安装的时候，为了防止内存不够，我又加了62GB的交换内存，预算不够，交换来凑，再后来实际测试中发现，加32GB内存+32GB交换内存也是够用了，预算充足的同学可以插更多内存条64GB或者128GB。

硬盘:  4TB固态硬盘，推荐使用的固态硬盘，4T固态硬盘目前价格大概在1000-1200左右，借点花呗还是可以搞的，机械硬盘我没试过，因为要传输比较大的文件，机械硬盘运行速度和传输速度都会比较慢。

软件：Linux 系统，这次安装Alphafold用的是Ubuntu2022.04版本，其他版本的linux 系统暂没尝试过，不过应该也是可以的，如果个人初学来说，推荐Ubuntu的，生态比较完整，社区用户多，如果遇到问题，容易搜到解决方案。

安装经验：

只要有一些计算机基础，其实也不难安装，照这官网（https://github.com/google-deepmind/alphafold）说的安装就行，根据个人经验来说，有以下几点需要注意。

1：首先你的电脑要装好Nvidia驱动，也是在命令行里面输入nvidia-smi，有显示如下：就说明你的系统驱动了显卡。安装显卡驱动，网上有许多教程，也挺简单的，这里就不再赘述。像Ubuntu 来说直接sudo apt  install + 指定版本 ，一般就可以。

2：安装好Docker（https://docs.docker.com/desktop/）如图1，并且可以以非sudo 权限（安装教程：https://docs.docker.com/engine/install/linux-postinstall/）运行，

然后安装镜像，下载的时间稍长。

3：安装Python ，这里我没用去Python官网下载python，直接用的Anaconda 里面的Python，版本为3.11。

4：下载文件，最耗时间的部分，就是下载文件，大概下载500多GB。我Linux电脑下载的很慢只有2MB/S，而且不管是把url（下载链接，就是每个download.sh里面下载链接）复制到浏览器，还是用Aria2，老是会下载中断。这怎么办呢？真别说，论下载速度，还得是迅雷，于是我把下载任务转移到了Windows系统上，把下载链接复制到迅雷下载器里面，在我的win电脑上，下载速度大概有10MB/S，差不多下了两三天吧。这里需要注意的是，先把下载链接添加到迅雷云盘里面再，再从云盘里面取回会比较快。这里是我保存到迅雷云盘里面文件（507GB）。其中pdb_mmcif文件没有保存到网盘里面，这个文件是在Linux系统分段下载，也不容易中断，大家可自行下载，2MB/S的话，我记得当时下了10个小时左右。

链接：https://pan.xunlei.com/s/VNe3hSqv5QKd8bTj1UMQoiOgA1#

提取码：4sqj

然后又一个问题来了，怎么把在Windows下载的东西传到另一台电脑上了，普通U盘肯定是不行的，且不说容量不够，传输速率也很慢。一开始也很头疼，不过刚好换下两块固态，想着买固态移动硬盘盒试试看，效果果然很不错，固态硬盘+固态移动硬盘盒。目前固态硬盘的价格低了很多，Pcie 4.0 固态+USB3.0及以上或者雷电接口，传输速率可以达到700MB/S，Pcie 3.0 固态也可以达到300MB/S，对于500多GB的数据，一个小时以内就可以传输完成，相对于下载几天的时间，这个速度还是相当快的。买固态的话https://www.bilibili.com/read/cv25774696/，这个专栏有介绍，想省钱的话512GB（180左右）+固态移动盒子（80左右），260左右也可以搞定。

5，运行：照这官网给的示例指令跑就行，注意，生成的结果文件要是绝对路径，不能是相对路径。

以 13600kf+3070（8GB显存）+32GB内存的配置来说，构建模型时长大概如下。

161个残基      生成五个模型   15min 

561个 残基      生成五个模型    43im

   如果大家对安装Alphafold感兴趣的话，我到时候会再出一期安装视频，希望大家多多点赞支持(づ ●─● )づ 。

  如果你觉得安装比较繁琐，也可以找我做Alphafold建模，用的是最新版Alphafold和完整的数据库，折腾一遭想回一点血 ┭┮﹏┭┮，不过由于我显卡显存受限，目前只能建700个残基以下的蛋白质。

1-500个残基：5元一个（包括5模型）。

500-700个残基：7元一个（包括5个模型）。

不想花钱也没关系，周日我时间较多，可以发我序列，免费建一个。