「生信技能树」2021公益课(linux基础 & conda)
看完啦！
老师声音很好听，讲得也很棒，普通话也好，可以推荐！
BTW，由于是自用笔记，所以自己已经会的东西就没有记录啦，只记录了自己有点记不清或者新学到的东西嘿嘿嘿！
新姿势：
- wget：-c, --continue 断点续传（恢复获取部分下载的文件）
- source ~/.bashrc：刷新环境配置，即重新加载一下 ~/.bashrc 让修改生效，也可用 . ~/.bashrc ，. 等同于source
- 软链接：ln，分为软链接（常用）和硬链接（默认），软链接相当于Windows下的快捷方式。ln不加参数即为硬链接，加上-s参数即为软链接。常见用法：ln -s TARGET[绝对路径] DIRECTORY
尚未理解：
- 巧用alias19-conda的进阶技巧 P19 - 11:23
- 删除没有使用的包19-conda的进阶技巧 P19 - 13:06
快捷方式：
Ctrl + U 剪切光标位置到行首的字符
Ctrl + E 回到行尾
Ctrl + A 回到行首
Ctrl + W 剪切一个单词
Ctrl + Y 粘贴命令行剪切的内容
Ctrl + K 剪切光标位置到行首的字符
一些命令：
cd - # 返回上次的工作目录
ls -t # 以时间排序列出当前目录下文件
ls -R # 递归目录列出文件
ls -d # 显示目录本身，而非目录下文件
ls ./*txt # 列出当前目录下以txt结尾的文件
ls ../ # 列出上层目录的文件
ls -l # 列出当前目录下文件的详细信息
mkdir -p # 递归创建目录
mv # 移动或重命名
cp -r # 复制
rm -rfi # 递归删除/不显示警告讯息/删除前询问用户
head/tail # 查看文件前/后n行，默认10行。head常结合管道符用于控制输出行数。（管道符：|）
more # 逐页查看，按空格翻页，按回车换行，q退出
less -S # 单行显示
less -N # 显示行号
zless # 查看压缩文件
cat # 查看文本文件内容，输出到屏幕
tree # 以树的结构展示文件目录结构
tar # 解压
wc # 统计文本
cut # 文本切割
sort # 排序
uniq # 去除重复行（只去除相邻的重复行），-c 统计每个字符串连续出现的行数
paste # 文本合并，-d 指定分隔符，-s 按行合并
tr # 字符替换，-d 删除指定字符，-s 缩减连续重复字符
文件夹详解：
生物信息常见数据格式：
fasta：是一种基于文本用于表示核酸序列或多肽序列的格式。其中核酸或氨基酸均以单个字母表示，且允许在序列前添加序列名及注释。特征，2行，ID行和序列行。ID行以“>”开头，有时会包含注释信息；序列行一个字母表示一个碱基/氨基酸。
fastq：是一种存储了生物序列以及相应的质量评价的文本格式（测序的原始序列）。特征，4行。ID行，以@开头，记录必要信息；序列行；附加信息行（+ ，大部分后面啥都没有，有的是和第一行一样）；碱基质量行（PHRED值，根据ASCII表，用一个字符来表示一个碱基质量的好坏）。
gff：记录序列中转录起始位点、基因、外显子、内含子等组成元件在染色体中的位置信息。现在多用第3版，即gff3。
gtf：现在多用第2版，即gtf2。可以用cufflinks里的gffread命令互相转换格式。
进阶——三驾马车
grep：
正则表达式：
sed：
