此文章可帮助你查看自己的数据受否受细胞周期的影响，并以降维图的形式清晰明了的展示。

文章中其中用到的文件获取方式https://pan.baidu.com/s/1HCsHRXNX9Il8u8RIPXSEug?pwd=2626

在进行单细胞分析时，由于细胞会处于各种细胞周期，此时不同类型地细胞可能因此表达相同细胞周期相关地基因，这些细胞周期相关基因会影响降维地效果，因此有必要进行细胞周期分析，将细胞周期相关地基因通过一定地方法回归掉，以此降低细胞周期相关基因对降维地影响。

10X单细胞转录组测序—常规流程

在我之前的文章中有包含细胞周期分析，甚至在刚开始的时候就已经将周期相关基因全部删掉了，在这里再做一个详细的介绍。

在进行完高变基因分析后，可将得到的seurat对象PBMC.all保存成PBMC.all2，用PBMC.all2进行以下分析，分析完再按照原文章中的流程继续分析。

首先进行一遍最普通的降维分析

细胞周期分析

由于我的样本是小鼠样本，基因名为小写格式，但seurat包里只提供了人类的大写的细胞周期基因，需要进行转化，这里你可以在文章开始处直接获取mouse_cell_cycle_genes.rds，然后进行周期分析。

查看细胞周期的分布

不出意外的话，不同周期会区分的很明显，且相关基因也会分布不均匀。

去除细胞周期的影响

去除后周期分布

不出意外的话会发现周期分布变均匀了，且基因的分布也会变均匀，但也会出现去除效果不好的现象，实属正常，不会有非常完美的去除效果，总会有瑕疵存在。若细胞周期基因不在研究范围内，可直接将细胞周期相关基因删掉。删除方法如下：

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