解密5分以上网络药理学的套路，读完你就能复现

5分起步：网络药理学+实验验证，中药作用机制研究

大家好，今天给大家分享一篇网络药理学相关文章，文章设计思路严谨，实验论证充足，讨论部分也很丰富，最重要的是，方法简单。大家感兴趣的可以研究一下这篇文章。

文章题目为：

“Network pharmacology based research into the effect and mechanism of Yinchenhao Decoction against Cholangiocarcinoma”，基于网络药理学的茵陈蒿汤抗胆管癌作用及机制研究，2021年发表于Chinese Medicine，影响因子5.455。

研究背景

胆管癌是一种罕见的胆道腺癌，其中，肝内胆管癌的发病率和死亡率近年来持续上升。其发病与很多危险因素相关，如乙肝病毒感染、肥胖等。现有的治疗方法包括手术、化疗、放疗等。早期患者手术反应良好，但晚期患者不适用。常用的化疗药物可能产生一些副作用。因而，中药被作为一种治疗胆管癌的替代方案。传统中药剂方茵陈蒿汤（YCHD）具有清除肝胆湿热的功效，且在很多癌症治疗中起到有效作用。

本文利用网络药理学方法，在YCHD的有效成分、相关靶点、通路及疾病间形成网络，致力于探究YCHD在治疗胆管癌中的作用及潜在机制。此外，本文也添加了实验验证YCHD主要成分对胆管癌的治疗作用。

研究思路

本文研究思路如下图。

首先在数据库中筛选YCHD中主要化何物，再鉴定与胆管癌相关的基因，形成PPI网络以筛选最相关的靶蛋白。其次，对靶蛋白进行功能分析，探究YCHD主要成分对胆管癌治疗起作用的关键功能和通路。而后，对筛选的到的主要化合物和主要靶蛋白进行分子对接，探究他们之间的结合亲和力。最后，通过实验对以上网络药理学研究结果进行验证。

主要结果

1、化合物-靶点网络分析

研究共筛选得到32中活性成分（如下表格），其中最相关的五种化合物分别为：槲皮素、山柰酚、谷甾醇、异鼠李亭和豆甾醇。随后，构建化合物-靶点网络，该网络包括244个节点，其中有3种YCHD组成草药（茵陈蒿、栀子和大黄），32中活性化合物，以及209对关系对。这些结果表明，YCHD可能是通过多种化合物针对多种靶点对胆管癌进行治疗的。

2、交联靶基因的鉴定

将YCHD中三种草药相关的靶基因与胆管癌相关的基因进行交联，共得到96个重叠基因，其中栀子岁对应的靶基因最多，被认为是最YCHD汤剂中最有效的成分。

3、PPI网络构建

对以上96个重叠基因进行PPI网络构建，筛选出最主要的5中靶点：AKT1、IL6、MAPK1、TP53和VEGFA。

4、GO和通路富集分析

对以上5个靶基因进行GO和通路富集分析，结果表明，它们相爱难改观的生物学过程主要有：RNA聚合酶II启动子正调控转录、负调控凋亡过程、正调控转录和DNA模板化。主要富集的通路与癌症、免疫和病毒感染等通路相关，包括乙肝感染、MAPK信号通路、PI3K-Akt通路和MicroRNA。

5、草药-靶点-胆管癌网络分析

建立了草药-靶点-胆管癌网络，该网络包括80个节点（其中有3种草药、27种化合物、46个靶点及4条关键通路）和247条关系对。

6、靶点相互作用验证

对以上鉴定的5种主要化合物和5个重要靶点进行分子对接，其亲和力均低于-5.0kcal/mol，表明亲和力良好。这些结果说明化合物和靶点之间相互作用关系可信。

7、实验验证：YCHD可抑制胆管癌细胞的增殖

5种化合物均可造成癌细胞IC50的减少。

8、实验验证：槲皮素和山柰酚可诱导细胞凋亡

高剂量的槲皮素和山奈酚使癌细胞凋亡率增加。

9、实验验证：槲皮素和山柰酚对关键靶点mRNA的影响

槲皮素和山柰酚降低了AKT和VEGFA的表达，增加了P53和MAPK的表达。

10、实验验证：槲皮素和山奈酚对关键靶点蛋白表达的影响

槲皮素和山奈酚降低了AKT、VEGFA和IL-6的表达，增加了P53和MAPK的表达。

讨论

本文一大亮点即为讨论部分比较详细，这里简单列一下本文讨论部分是如何着手的，感兴趣的可以查看原文学习一下这个讨论部分的写作。

第一段为胆管癌治疗及胆管癌治疗中的缺陷，即西药具有一定的副作用。

第二段顺势介绍中药和YCHD治疗胆管癌的优势，及其在肝胆功能中的作用，引出本研究目的。

第三段讨论YCHD中五种化合物的作用，包括他们对胆管癌的作用及参与的信号通路。

第四段讨论5个关键靶点的作用，同样包括他们的作用和参与的生物过程和信号通路。

第五段讨论关键靶点富集到的生物学功能。

第六段讨论关键靶点富集到的主要信号通路。

第七段是对实验验证部分的讨论，综合了几种化合物、靶点、生物功能和信号通路的作用，阐述YCHD治疗胆管癌的作用机制。

第八段是综合讨论YCHD治疗胆管癌的作用机制。

第九段为本研究的优缺点汇总。 

今天的分享就到这里了，总体来说，本文设计严谨，思路简单，且讨论充分，对我们写论文具有很大地参考意义！有兴趣的朋友可以下载原文研究学习！