分子筛是一种包含有精确和单一的微小孔洞的材料，可用于吸附气体或液体。分子筛HPLC，又称为体积排阻色谱(size exclusion chromatograghy, SEC)，小分子量的化合物进入凝胶孔中，滞留时间长；大分子量的化合物不能进入孔中，会更早的被洗脱下来。分子筛色谱的优势在于能够处理至少1nmol的目的蛋白，并得到很好的分离效果，分离时间也很短，一般在3个小时以内，同时获得的层析分离峰也更小。

SEC进行蛋白纯化的优点：

1, 可进行缓冲液交换和脱盐。

2, 可分离其他纯化技术难以分离的相似品种（如蛋白片段和低聚物）。

3, 可与多种溶剂相容。

4, 不依赖于蛋白质的任何一种特殊形式进行保留和洗脱。

SEC进行蛋白纯化的缺点:

1, 分离效果严重依赖柱子的填装效果。

2, 蛋白质与介质间有非特异性相互作用，会降低分辨率。

3, 对复杂的蛋白质混合物分辨率低。

4, 为保证足够的分辨率，上样量必须较小。这对沉淀得到的高浓度蛋白质是一个问题。

根据流动相和固定相相对极性不同，液相色谱分为正相色谱和反相色谱。流动相极性大于固定相极性的情况，称为反相色谱。反向色谱具有分辨率高和重复性好的特点，使它在蛋白质及多肽分析领域占据核心地位。对于分子结构比较简单的多肽和某些蛋白质，用RPLC进行纯化制备是一项高效的手段。反相色谱HPLC主要用于分子量<20,000 Da的小分子量蛋白及蛋白质片段分离。