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• 计算免疫细胞相对含量是一种评估免疫系统状态和疾病诊断的常用方法。在研究中，通过测量某些免疫细胞的相对含量，可以帮助了解机体对疾病和治疗的免疫反应，甚至预测疾病的进展和预后。同时，这些数据也可以用于评估新型治疗方法的疗效，以及指导临床治疗策略的制定。可以使用xCell计算每个细胞类型的百分比，需要我们有一定的代码基础，有时候数据要的急，根本来不及学怎么办？

别着急，有了小果，只需要准备好数据就可以了。

要准备好的数据应该包括：

1、-Eset表示基因表达矩阵文件，以基因为行，样本为列，保存为 csv 文件；

2、-case 表示疾病组分组名称，字符型，注意要和 group_file 中保持一致，例如"septic_shock"；

3、-control 表示对照组分组名称，字符型，注意要和 group_file 中保持一致，例如"healthy"；

4、-group_file 表示样本表型信息，包含两列，第一列为样本名称，顺序必须和基因表达矩阵的样本一致，第二列为对应的表型分组，并且表头设置为”group”；

5、-cell_type 表示各个免疫细胞所属的细胞亚群，共三列，第一列为细胞全称，第二列为细胞缩写，名字和 xCell 中内置的一致，第二列为细胞所属的亚群名称，该文件为固定文件，程序运行只需要将该文件拷贝过去，直接进行利用，不需要自己制作。

让我们一起看看结果如何吧：

1、各个免疫细胞在各个样本中的相对浸润丰度热图。最上边不同颜色横条表示不同表 型的样本，最左边不同颜色表示不同细胞亚群，图中的颜色从绿到黄红表示细胞含量从低到 高

2、Epithelial 细胞亚群中各个免疫细胞在各组表型样本中的相对含量小提琴图。不同 颜色表示不同的样本表型，该图添加了显著性 p.value

3、HSC 细胞亚群中各个免疫细胞在各组表型样本中的相对含量小提琴图。不同颜色表示不同的样本表型，该图添加了显著性 p.value

4、Lymphoid 细胞亚群中各个免疫细胞在各组表型样本中的相对含量小提琴图。不同 颜色表示不同的样本表型，该图添加了显著性 p.value。

5、64 种免疫细胞在各个样本中的相对含量。

6、Stroma 细胞亚群中各个免疫细胞在各组表型样本中的相对含量小提琴图.不同颜色表示不同的样本表型，该图添加了显著性 p.value 值 。

7、六个表格文件，分别表示 6 个细胞亚群中的各个细胞在两种表型中的含量经过显著性检验后 的 p.value 值（下图为Epithelial）

以上就是全部结果的展示了，怎么样，是不是心动了呢？

戳链接直达：云生信  - 学生物信息学 (biocloudservice.com)

计算64种免疫细胞相对含量及可视化：www.biocloudservice.com/107/107.php

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