NUP62CL低表达表明肺腺癌预后良好，和免疫浸润相关

2023-01-28 10:12 作者:275276 0人读过 | 我要投稿

题目：

The low expression of NUP62CL indicates good prognosis and high level of immune infiltration in lung adenocarcinoma

摘要：肺腺癌 (LUAD) 是肿瘤发病率和死亡率的主要因素，已知是肺癌的主要亚型，在所有其他癌症中存活率最低。使用癌症基因组图谱 (TCGA) 数据库探索了免疫浸润与 NUP62CL 之间的关系，并检查了 NUP62CL 表达在预后和诊断 LUAD 中的价值。使用逻辑回归和 Wilcoxon 符号秩检验分析了 NUP62CL 与临床病理特征之间的关系。临床分期 ( p = 0.005)、N ( p = 0.004)，以及 NUP62CL 的表达减少。显示具有高 NUP62CL 表达的 LUAD 的预后比具有低 NUP62CL 表达的更差（p < 0.001) 通过 Kaplan-Meier 生存分析。多变量和单变量 Cox 回归模型的分析表明 NUP62CL 有可能成为 LUAD 预后的重要因素。在 LUAD 中，基因集富集分析 (GSEA) 提出了端粒重组和维持作为 NUP62CL 重要途径的关键作用。为了分析基因与肿瘤浸润免疫细胞之间的相关性，使用了 CIBERSORT。此外，CIBERSORT 显示肿瘤浸润 B 淋巴细胞和记忆 CD4+ T 细胞的浸润水平与 LUAD 中 NUP62CL 表达呈正相关。因此，NUP62CL 可能是 LUAD 的一个新的有价值的预后指标。

结果

与临床病理变量和 NUP62CL 表达的关联

评估了来自 TCGA 的所有患者特征的 NUP62CL 表达数据。数字 1个表明 NUP62CL 表达减少与临床分期 ( p = 0.005) 和 N ( p = 0.004) 显着相关。根据逻辑回归分析，NUP62CL 表达降低与性别 (OR=0.66, p = 0.019)、临床分期 (OR = 0.30, p = 0.009, IV vs. I)、T (OR = 0.50, p = 0.041，3 对 1），N（OR = 0.49，p = 0.007，3 对 0）和 M（OR = 0.37，p = 0.029，1 对 0）（表 2个). 因此，相对于低表达组，具有高 NUP62CL 表达的 LUAD 更有可能进展到晚期并远处转移。

与 NUP62CL 表达和临床病理特征的关联，包括：性别、临床分期和 TNM 分期

NUP62CL的生存分析和多变量分析

通过 Kaplan-Meier 生存分析， NUP62CL 低表达的预后优于 NUP62CL 高表达的预后 ( p < 0.001)，如图所示 2A. 单变量分析表明，NUP62CL 的高表达与 LUAD 患者的低 OS 有显着关系。其他临床病理变量，包括分期、T、N，也与 LUAD 患者的低生存率相关。多变量分析证明了 NUP62CL 是 LUAD 的独立预后因素的可能性

A，通过 Kaplan Meier 生存曲线对 NUP62CL 进行生存分析。B，NUP62CL 的单变量分析。C，NUP62CL 的多变量生存模型。M，转移；N，节点；T、肿瘤

GSEA 的 NUP62CL 链接信号通路的鉴定

对 NUP62CL 的高表达和低表达数据进行基因集富集分析 (GSEA)，以确定在肺腺癌中激活的重要信号通路。桌子 4个显示GSEA 提供的 MSigDB 集合 (c5.all.v7.0.symbols.gmt) 的丰富内容中显着差异的详细信息（FDR < 0.25，NOM p < 0.05）。图中显示了 NUP62CL 中差异富集的高表达表型 3A作为，DNA 依赖性 DNA 复制保真度维持，g2 DNA 损伤检查点，复制叉处理，通过重组维持端粒，DNA 损伤位点，双链断裂修复的正调节，有丝分裂重组，姐妹染色单体凝聚的调节，中心粒卫星，有丝分裂g2m 转换检查点。

A，GO项分析显示10个正相关组。B, NUP62CL高表达组和低表达组22种免疫细胞亚型的比例。红色表示高表达，蓝色表示低表达。C，LUAD样本中22个免疫浸润细胞的热图

肿瘤浸润免疫细胞与NUP62CL表达的关系

为了研究 NUP62CL 表达是否与肺腺癌中的免疫浸润相关，探索下载样本的基因表达谱并推断 22 种免疫细胞的密度，本研究部署了 CIBERSORT 资源。总共 535 个肿瘤样本根据 NUP62CL 表达分为两部分，268 个高表达样本和 267 个低表达样本。随后，使用 CIBERSORT 估计了这些肿瘤样本中 22 种免疫细胞浸润的相对比例。这些免疫细胞浸润的相对比例结果见图 3B. 在高表达组中，B 细胞幼稚 ( p = 0.021)、T 细胞 CD4+ 记忆激活 ( p = 0.026) 和激活 ( p < 0.001) 树突细胞显着增加。然而，观察到巨噬细胞 M2 ( p = 0.04) 和浆细胞 ( p = 0.036) 在低表达组中显着增加。此外，不同的肿瘤浸润免疫细胞亚群呈现出弱到中度的相关性

验证分析

为了确定NUP62CL的预后是否可靠，我们使用GEO数据库、GEPIA数据库和HPA数据库对NUP62CL进行验证。GSE13213从 GEO 数据库下载，包含 117 个样本信息. 从数据分析中发现，LUAD 患者的高 OS 与 NUP62CL 的低表达有关. 从GEPIA数据库发现，NUP62CL在肿瘤组织中的表达明显高于正常组. 发现晚期病理阶段和低 OS ( p < 0.001) 与 NUP62CL 的高表达显着相关. HPA 的免疫组织化学分析表明，肿瘤组织中 NUP62CL 表达的发生率高于正常组织

A，NUP62CL 在 GEO 数据库中的表达水平和总体存活率。B, NUP62CL 在 GEPIA 中的表达水平和总体存活率。C，从GEPIA获得的正常和肿瘤组织中NUP62CL的表达水平。D, NUP62CL在GEPIA不同病理阶段的差异表达。E, HPA免疫组化检测肺组织NUP62CL蛋白的表达

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