【分子对接】Autodockvina的快速简易的对接方

菜鸟博士Caesar

AutoDock Vina (Vina) is one of the docking engines in the AutoDock Suite, together with AutoDock4 (AD4), AutoDockGPU, AutoDockFR, and AutoDock-CrankPep, and arguably among the most widely used and successful docking engines. The reasons for this success are mostly due to its ease of use and its speed (up to 100x faster than AD4), when compared to the other docking engines in the suite and elsewhere, as well as being open source. The source code is available at https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-Vina

基本流程

寻找活性口袋（重点—难点）

Spacing=0.375

Vina spacing=1，

x=40*0.375=15

y=40*0.375=15

z=40*0.375=15

分子对接

详细步骤

1.打开Autodocktools 设置工作目录file>preference>set

2.小分子AMD的处理（包括蛋白配体GWE的处理）

MGL tools的作用就是生成pdbqt文件

文件格式的转化：AMD-mol2-----》pdbqt；GWE-pdb--------》pdbqt

首先打开受体蛋白的pdb

file-read molecule 或grid-macromolecule-open（不需要对分子进行加氢处理）

小分子处理

ligant open

或

grid>set map types>open ligand

除此之外还有一种处理方式：受体和配体的预处理

打开AutoDockTools，在菜单栏点击File>ReadMolecule打开6NJS文件夹中的6njs.pdb。

-受体准备-

①除水：在准备工作中蛋白中水分子已被删除，这一步即可省略。

②加氢：Edit>Hydrogens>Add>OK

③计算电荷：Edit>Charges>ComputeGasteiger

④添加原子类型：Edit->Atoms->AssignAD4 type

⑤保存为.pdbqt文件：File->Save->WritePDBQT，此时可在6NJS文件夹下看到多了一个“6njs.pdbqt”文件

-配体准备-

点击鼠标右键>delete 在Dashboard中把受体分子删除。通过ADT菜单栏Ligand->Input->Open打开KQV701.pdb文件，弹出一个对话框，点击确定

①调整电荷：弹出窗口提示配体分子的总电荷数不是整数。点击Edit->Charges->Check Totals on Residues>Spread ChargeDeficit over all atoms in residue>Dismiss

②判定配体的root：ADT菜单栏Ligand>Torsion Tree>DetectRoot

③选择配体可扭转的键：Ligand>TorsionTree>Choose Torsions>Done，表示该分子32个键中有13个可旋转的。

• 其中红色表示不可旋转的键，绿色表示可旋转键，紫色表示不可扭转，通常为肽键。如果要设置某个键不可扭转，那么先按住shift键，然后鼠标单击即可（颜色变成紫色）。
  ④保存为.pdbqt文件：ADT菜单栏Ligand->Output->Saveas PDBQT，此时可在6NJS文件夹下看到多了一个“KQV701.pdbqt”文件

接下来你可以按照下图设置显示形式，颜色按照前面的倒三角形里面选择显示二级结构，通过链显示颜色。

活性口袋的选择

选择Grid>Grid Box...设置对接的盒子大小、坐标、格点数、格点距离，这一步需要自己根据不同的结构来进行具体确认。一般来说最简单的方法是：查阅文献、晶体结构数据库，寻找配体可能的结合位点附近的重要氨基酸残基。对接的中心坐标并不一定非常准确，只要对接的盒子包含了配体可能结合的最大区域即可。

我这里没有详细去查，所以选择全部包裹。通过调整后，蛋白已被全部包裹。

创建对接信息文件

在6NJS文件夹中创建一个配置文件：6njs.conf，这个文件里面写上用于对接的详细参数：

receptor = 6njs.pdbqt

ligand = KQV701.pdbqt

center_x = 13.24

center_y = 54.43

center_z = 0.27

size_x = 20.6

size_y = 31.1

size_z = 23.1

energy_range = 4

exhaustiveness = 12

num_modes = 10

receptor：表示受体分子的路径

ligand：表示配体分子的路径

center_x，center_y，center_z：表示活性位点盒子中心的坐标，我们这里以配体扩张法定义对接盒子，即以原配体所在位置为中心向外扩张一定的范围。如果没有原配体可以通过文献查找或工具预测的方法获得。

size_x，size_y，size_z：指定对接盒子的大小。这里设置的大小至少要包裹活性位点的空腔，但不宜设置过大，负责对接结果不准确，具体的设置可根据对接结果的好坏重新调整。

energy_range：与最优结合模型相差的最大能量值，单位是kcal/mol。我们设置为4则表示vina最多计算到与最优模型的能量差值为4就终止计算了。

exhaustiveness：用来控制对接的细致程度，默认值是8，设置值与电脑的配置相关，影响计算时间。

num_modes：最多生成多少个模型。此时，6NJS文件夹中应该包括配体分子，受体分子，参数文件，vina程序共7个文件。

Spacing=0.375

Vina spacing=1，

x=40*0.375=15

y=40*0.375=15

z=40*0.375=15

勾掉mouse transforms，右键鼠标可以拖动ligand的位置

执行计算

设置输出的config参数

Run-autodock vina，选择设置好的Config文件，开始ok.

等待计算完成，一共得到10个模型结果，包括对接结合能分数，RMSD值，我们可以看到有多个结果的RMSD都小于2埃，说明本次分子对接结果还是比较可靠的。

注意：autodock报错 too many positional options

1.可能pdbqt文件带有空格

2。可能工作文件路径太长，或者上一级路径有空格