遇到问题

在读取GEO数据库的CEL文件时，出现了报错，无法找到包pd.hursta.2a520709，命令如下：

rm(list=ls());gc();

setwd("C:/22SHB021F/")

library(GEOquery)

library(affyPLM)

library(affy)

library(oligo)

gse="GSE72094_RAW"

baseDir <- "C:/22SHB021F/"

workDir <- file.path(baseDir, gse)

celfiles <- list.files(workDir, "\\.CEL$")  # 匹配以.CEL 结尾的文件。

data.raw <- read.celfiles(filenames = file.path(workDir, celfiles))

因为之前别的数据集是正常读取的，而按照通常的解决思路的话，直接把这个包安装上即可。没怎么想就用BiocManager试了下

BiocManager::install("pd.hursta.2a520709")

结果BiocManager并不存在这个包。

后经搜索引擎查找发现需要自己创建这个包，这类包是CDF包，开始操作

构建CDF包

查找GSE72094_series_matrix.txt文件发现测序芯片为GPL15048

进入GEO数据库，

下载CDF文件

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL15048

下载第一个

使用makecdfenv包创建CDF包pd.hursta.2a520709，代码如下

BiocManager::install('makecdfenv')

library(makecdfenv)



make.cdf.package("GPL15048_HuRSTA_2a520709.CDF.gz", "pd.hursta.2a520709",

                species = "Homo sapiens", compress = TRUE)


install.packages("pd.hursta.2a520709", repos =  NULL, type="source")

再次读取GEO数据库的CEL文件，就可以正常运行了。

兜兜转转终于把问题解决了，希望小云能帮大家少走弯路。

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