时空日报 | 空间转录组学揭示呼吸系统研究中的最新进展和见解

大家好，欢迎观看《时空日报》第39期。本期追踪到时空/单细胞组学相关研究文章共计7篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。

1、空间转录组学揭示呼吸系统研究中的最新进展和见解

Spatial transcriptomics: recent developments and insights in respiratory research

Military Medical Research; IF:21.100; DOI: 10.1186/s40779-023-00471-x

内容概要：介绍了近年来空间转录组学（spatial transcriptomics，ST）的最新技术，总结了ST如何应用于呼吸系统的生理和病理过程，特别是肺部，提出了当前的挑战和潜在的发展方向，包括高通量全长转录组、多组学整合、时空组学、生物信息学分析等。这些观点有望推动包括呼吸研究在内的系统机制的研究。

2、在单细胞水平上解析骨髓瘤及其微环境的空间结构

Resolving the spatial architecture of myeloma and its microenvironment at the single-cell level

Nature Communications; IF:16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-40584-4

内容概要：通过scRNA-seq和scATAC-seq技术，发现基因相同的亚克隆在不同部位表现出不同水平的空间转录可塑性，包括几乎相同的表达谱和不同部位的明显异质性，其中可能包括免疫治疗靶点的差异表达，如CD20和CD38。还发现巨噬细胞在局部病变的微环境中显著减少。这些结果表明，在多发性骨髓瘤中考虑空间异质性的相关性，可能对细胞间相互作用和疾病进展模型产生影响。

3、m6A-Atlas v2.0：多物种解析N6-甲基腺苷（m6A）表观转录组的更新资源

m6A-Atlas v2.0: updated resources for unraveling the N6-methyladenosine (m6A) epitranscriptome among multiple species

Nucleic Acids Research; IF:14.900; DOI: 10.1093/nar/gkad691

内容概要：介绍了m6A-Atlas v2.0，一个用于研究N6-甲基腺苷（m6A）表观转录组的资源。该资源包括来自13种高分辨率技术和两个单细胞m6A剖面的797，091个可靠的m6A位点。此外，使用三种方法（exomePeaks2、MACS2和TRESS）从2712个MeRIP-seq实验中识别了大于16百万个m6A富集峰，覆盖了42个物种的651种条件。

4、空间转录组学揭示早期化脓性汗腺炎的病理生理学

Spatial transcriptomic profiling reveals the pathophysiology of early-stage hidradenitis suppurativa

British Journal of Dermatology; IF:10.300; DOI: 10.1093/bjd/ljad274

内容概要：通过空间转录组学技术，发现早期化脓性汗腺炎（hidradenitis suppurativa，HS）患者表皮内的角质细胞明显活化，炎性细胞因子水平升高，包括IL-36G和CXCL8。此外，与B淋巴细胞有关的基因在HS的浸润免疫细胞中高度表达，表明“表皮源性”炎症细胞因子的重要性以及B细胞浸润在早期HS的病理机制中的作用。

5、GESTALT研究中人类免疫衰老的表观遗传标记

Epigenetic signature of human immune aging in the GESTALT study

eLife; IF:8.713; DOI: 10.7554/eLife.86136

内容概要：研究了血液中六种免疫细胞类型（幼稚B细胞、幼稚CD4+和CD8+T细胞、粒细胞、单核细胞和NK细胞）的DNA甲基化与年龄的关系，发现与年龄相关的低甲基化位点附近的基因富集于胶原生物合成和补体级联途径，而高甲基化位点附近的基因则映射到神经途径。此外，大多数细胞类型中与年龄相关的低甲基化和高甲基化位点都富集于ARNT（HIF1β）和REST转录因子基序，这两种基序都是缺氧反应的主要调节因子。这些特征表明，健康衰老中的DNA甲基化变化可能是对氧气可用性波动的适应性反应。

6、小麦对小麦黑斑菌的时空响应模式：转录组和X射线荧光显微镜分析揭示的无症状区域

Spatiotemporal patterns of wheat response to Pyrenophora tritici-repentis in asymptomatic regions revealed by transcriptomic and X-ray fluorescence microscopy analyses

Journal of Experimental Botany; IF:6.900; DOI: 10.1093/jxb/erad183

内容概要：通过基因表达数据和高分辨率元素成像，发现易感品种中钙振荡被修改，导致成熟病期“冻结”宿主防御信号，并沉默宿主的识别和防御机制，从而无法保护其免受进一步攻击。相反，中度抗性品种在病程后期观察到钙积累和加强的防御响应。此外，在易感互作中，无症状区域无法在疾病干扰后恢复。

7、COVID-19患者的scRNA-seq数据再分析：启发性和局限性

Re-analysis of scRNA-seq data in patients with COVID-19: insights and limitations

American Journal of Respiratory Cell and Molecular Biology; IF:6.400; DOI: 10.1165/rcmb.2023-0282ED

内容概要：重新分析了COVID-19患者的scRNA-seq数据，发现病毒感染会导致免疫细胞的异常增殖和功能失调，为深入了解COVID-19的免疫学机制提供了重要线索，同时也提示在分析scRNA测序数据时需要注意其局限性。

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