模糊集定性比较分析（fsQCA）论文写作训练营
测序数据评估及质控：评估测序质量（fastqc,multiqc)，去除接头（cutadapt),去除reads两端低质量碱基（fastx_toolkit)
SNV calling:序列比对（bwa）,索引建立及统计比对情况（samtools）,建立索引（ picard）,SNV检测（gatk）
SNV 过滤：gatk，数据库。
优先使用conda安装软件，网络OK的情况下，方便快捷，可以很好地解决依赖问题；不行的话，下载安装至biosoft/下
conda install fastqc
conda install multiqc
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picard="/biosoft/picard-tools-1.124/picard.jar" #添加到.bash_profilejava -jar $picard -hGATK=/biosoft/GenomeAnalysisTK-3.8-0-ge9d806836/GenomeAnalysisTK.jar #添加到.bash_profilejava -jar $GATK -h
