尔云间生信代码|基于多肽片段的新抗原和新抗原来源蛋白分析

肿瘤新抗原（Neoantigen)是由肿瘤细胞突变基因编码的新生抗原。主要由基因点突变、删除突变、基因融合等产生的与正常细胞表达的蛋白不一样的新的异常蛋白。这些蛋白经过酶解之后形成的多肽片段，作为抗原经过DC细胞递呈给T细胞，可促使T细胞变为特异性地识别肿瘤新抗原的成熟活化T细胞，并使这些活化的T细胞数量增殖。新抗原为肿瘤特异性抗原，正常组织不表达，并且无中枢性T细胞耐受性，是近年来肿瘤抗原领域最受瞩目的抗原类别。利用肿瘤新抗原的免疫活性，人们可以根据肿瘤细胞突变的情况设计合成新抗原疫苗，对患者进行免疫注射，达到治疗的效果。

使用方法：

Rscript TCIA.R    -neoantigensData=   -phenotype=

参数说明：

USAGE:

TCIA.R -neoantigensData=-phenotype=

PARAMETERS:

-neoantigensData   the neoantigen data,the first column is sample name,the second  column is gene symbol,the third column is peptide,input tsv format.

-phenotype   the sample classification labels ,the first column is sample name which is consistent with neoantigensData column in order,the second column is the classification labels, input tsv format.

操作步骤：

1、打开命令行界面，输入“Rscript TCIA.R”调阅帮助文档，确定该程序所需的输入文件。

2、用户根据帮助文档中的参数说明内容，对参数进行设置。这里，必须输入参数有2个，分别是-neoantigensData，表示新抗原数据，第一列是样本名称，第二列是基因符号，第三列是肽，输入tsv格式；-phenotype表示样本表型信息，包含两列，第一列为样本名称，必须包含于或等于新抗原数据的样本，第二列为对应的表型。

3、完成参数提交后，按下回车键，整个程序即正式开始进入执行。每步执行内容都会给出提示。程序执行完毕后，界面会显示”Program execution is completed<span data-raw-text="" "="" data-textnode-index-1668559011678="16" data-index-1668559011678="1038" data-textnode-notemoji-index-1668559011678="1038" class="character" style="margin: 0px; padding: 0px;">"结束语。

结果展示：

共输出一个表格txt格式文件，两个pdf格式的图片文件

TCGA-LUAD.num_antigene_box.pdf

TCGA-LUAD.num_antiprotein_box.pdf

TCGA-LUAD.num_anti.txt

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